另一個較多關注的研究角度是將濱海新區與浦東新區和深圳特區相比較。由於深圳和上海浦東新區的開發比較早，已經基本完成了以工業拉動經濟增長的過程，在對外開放、體製改革和科技創新等方麵積累了豐富的經驗。而濱海新區還處於製造業的擴張發展階段，第三產業還比較滯後，生產型的現代服務業在GDP中所占比重較低，區域整體的經濟能級比較低，所以濱海新區的改革將圍繞創建全國規模最大、水平最高的現代製造和研發轉化基地進行。由於濱海新區還處於製造業擴張的產業發展階段，所以有的學者認為與浦東新區突出改革的綜合配套性和深圳特區完善改革的工作機製不同，濱海新區的綜合配套改革還處在消除基本製度障礙的基礎性改革階段（楊建文，胡曉鵬，2007）。在製度環境和行政管理體製方麵濱海新區與浦東新區和深圳特區也有顯著差異。還有學者在對天津、上海和深圳三地綜合配套改革進行研究後認為，三地的改革試驗麵臨一些相同的障礙。一是體製障礙，由於三地受到部門分割、城鄉分割和區域分割的限製，對綜合配套改革的實踐會有一些體製上的製約；二是功能障礙，三地在服務功能的形成，政策功能的協調，製度功能和區域整合功能的形成方麵還比較差；三是政策障礙，三地的先行先試比較寬泛，在具體實踐過程中還需要突破一定的政策障礙；四是思路障礙，即三地在綜合配套改革階段需要擺脫過去發展思路的束縛（陳文玲，2007）。
關於濱海新區綜合配套改革試驗的基本特征，有學者認為主要有三個方麵：一是改革措施的綜合配套性。濱海新區的改革試驗是以經濟改革為主，涉及社會領域、政府體製、涉外經濟、生態環境等在內的全方位、多領域的改革；二是改革的試驗與示範性。濱海新區通過先行試驗一些對全國具有重大意義的改革開放措施，既可以解決製約濱海新區加快發展和開發開放的體製機製性障礙，加快實現濱海新區的功能定位，也能夠為全國的改革提供經驗和示範；三是改革內容的層次性。濱海新區的綜合配套改革包括麵上的共性改革和先行先試的改革兩個層次（趙修春，2007）。
在濱海新區綜合配套改革的路徑選擇方麵，現有研究認為既不能延續以往那種政府強製性的改革路徑，也不能完全放棄政府的引導而依賴經濟主體的自發製度變遷，而要將政府主導的強製性改革轉變為政府引導的誘致性改革，從而發揮各方麵的改革積極性（郝壽義，2007）。還有學者提出濱海新區開發開放的經濟運行機製架構，認為應該以理論界的研究成果為依據，以國務院《關於推進天津濱海新區開發開放有關問題的意見》為指導，以決策機製、信息傳遞機製和激勵機製為主體，從而確保濱海新區經濟運行機製的高效運行（黃鬆玲，郭小平，2007）。
對於濱海新區綜合配套改革所麵臨的障礙，現有研究認為既有加速工業化和經濟發展間的問題，也有行政管理體製和區內協調發展機製的問題（趙修春，2007）。同時由於新區結構複雜，其本身由不同的行政和功能區組合而成，如果不能解決區域內整體的一體化問題，區域整合功能的形成將會受到限製（陳文玲，2007）。針對這些障礙，學者們建議濱海新區將以下工作作為推進綜合配套改革的戰略舉措：創建全國一流的科技研發轉化基地；建立土地整理儲備製度；探索建立功能區帶動行政區發展的聯動機製；建設開放程度最高的東疆保稅港區；充分發揮產業發展基金的作用；加快相關配套法律體係的建設；解決行政管理體製不順的問題等（國家發改委體改所課題組，2007）。未來濱海新區的經濟發展既要依托現有比較優勢的支撐，更要構築一些新優勢，如發揮區域優勢，增強現代製造和研發轉化、國際航運與物流、海濱休閑旅遊、改革開放示範化先行和生態宜居這五大功能；優化產業結構，提升濱海新區的產業競爭力；完善區域服務功能，提高濱海新區的服務效率等（戴學來，2006）。此外，還有的論文將綜合配套改革試驗區置於建設中國北方對外開放門戶的角度進行探討，認為要高度重視深化涉外體製改革，著力推進自由貿易港區和國際航運中心建設；積極推進科技體製改革，努力建設國際化研發轉化基地和良好服務環境；注重發揮製度遷移機製作用，提供有利於發揮門戶作用的體製保障（李家祥等，2007）。
東疆保稅港區建設是濱海新區改革的重要舉措之一，現有研究認為東疆保稅港區的建設已經具備了成熟的條件，包括濱海新區的開發開放為東疆保稅港區提供了政策支持；天津港的改革發展為建設東疆保稅港區奠定了紮實基礎；海關特殊監管區域的創新實踐，為建設東疆保稅港區進行了有益探索；東疆港區大規模吹填造島，為建設保稅港區構築了有利的地理優勢（孟廣文，2007）。東疆保稅港區建設和發展的總體戰略目標是，實現國際集裝箱港與自由貿易區二者融為一體，將特定的港口作業區與倉儲、物流、加工區等賦予自由貿易港區的發展政策。建成適應國際樞紐港要求的具有國際中轉、國際配送、國際采購、國際轉口貿易、出口加工和現代金融服務等基本功能的保稅港區（李文增，2006）。在未來東疆保稅港區的建設方麵，有的學者建議應該從以下幾方麵著手：以高起點、寬視野搞好規劃建設；在開發建設經營體製、口岸管理體製、綜合經濟管理體製、行政管理體製等體製方麵實現創新突破；建立和完善法規保障體係；積極主動地做好資本運作；把人才培養放在重要位置；調動各方麵積極性參與建設（孟廣文，2007）。除了對東疆保稅港區的研究以外，有關金融改革的研究也是濱海新區研究的顯著特色，包括對濱海新區成立產業投資基金、創業風險引導基金的探討，設立全國保險改革試驗區和OTC市場的研究等。