1907年1月27日，羅斯福把摩根等壟斷大財閥招到了白宮，發表了一通談話，他強烈譴責了富有階層對美國經濟命脈的操控和對美國政治試圖進行幹預，說這番話的時候，他的眼睛一直在盯著摩根。讓70歲的摩根感到一陣陣寒意。
羅斯福無疑要對美國經濟來一場大刀闊斧的改革了，而改革的對象首先就是他們這些最富有、最有經濟實力、又掌握著美國經濟命脈的人，這些壟斷資本家們感覺很不安心，他們必須找到對策，絕不能任政府宰割。
就在這時候，摩根捐助羅斯福的事後來被媒體披露，造成了很壞的影響。羅斯福總統予以堅決的否認，他認為因為當年的北方證券公司的問題，摩根對他是不滿的，不可能給他提供政治捐款。摩根和他的合夥人決心利用這個事件製造對自己有利的形勢，弗裏曼譴責總統：“羅斯福表麵裝得公正，事實上他是為了競選成功而答應同我們妥協，他答應過我們不會對鐵路、鋼鐵部門動手，不然我們怎麼會給他捐款？可是他不守規矩，當上了總統就違約了。”
華爾街當然地站在摩根一邊，羅斯福陷入十分不利的局麵。不久，羅斯福就在掌握著強大的金融資本的財閥麵前退讓了，並發表了一份國情谘文。事實上，這份國情谘文是摩根財團為他起草的，當然要站在財團的立場上用總統的話說出來：“政府規範企業的行為並不是要毀滅大企業，而隻是針對大企業存在的一些疏漏提出一些矯正措施，大工業企業對現代化的發展是重要的。”
羅斯福妥協了，摩根露出一絲不易察覺的微笑：“妥協的是總統，不是我摩根。”
第二年的秋天，羅斯福答應了摩根的一項收購計劃，同意讓鋼鐵集團收購田納西煤炭鋼鐵公司。鋼鐵壟斷的步伐並沒有因為羅斯福總統的銳意改革而中止，摩根要幹的事就一定要幹，因為他已經和總統聯合了。
老羅斯福以“托拉斯馴獸師”而著稱，但最後，他還是栽在了摩根的手上。可見，推動美國政治的本質上還是金錢，就像中國那句古話：有錢能使鬼推磨。摩根就是這樣用金錢動搖了這位年輕的強硬的總統。摩根集團有了政府權力做保障，加上自身強大的經濟力量，逐漸削弱和擊垮了競爭對手，其實力遠超過其他任何個人或團體，任何人隻要一談論到涉及商業問題時，首先想到的都是摩根。摩根成了美國金融界當之無愧的霸主，甚至曾經強大的約翰·洛克菲勒等人也一度聽命於他。西奧多·羅斯福也公開承認了他的地位。摩根和羅斯福之間維持著一種微妙的關係，可以用六個字來概括，那就是——合作、衝突、製衡。
有盈利也會有虧損
在摩根力量成熟的這幾年，他還麵臨了另外一係列的困難，尤其是經濟上的困難。他所投資的眾多行業中，有盈利的，也有虧損的，雖然總體來說發展得都不錯，但是由於他選擇重組鐵路以及合並工業公司的時候，經常要受到法律條文的限製，這些最終形成的超級公司在市場中的運作也帶有很多的不確定性，尤其是在風雲變幻的股票市場中。
鐵路行業中，摩根使一批企業聯合起來，組成了像美國鋼鐵公司那樣的大型超級公司，為了使自己的計劃能夠實現，並且減少債務，他必須得到各個組成公司的所有者的認可，這就意味著要大量地發行股票，將風險轉移到股票投資者身上。這樣帶來的直接結果是，重組的鐵路公司和新成立的超級公司的資本股價都過高了。因此這些公司都發行了太多數量的股票，隻有當這些公司獲得了很高的業績時，才能分發足夠的紅利。但有一些時候，某些公司並不能完成這個目標，當然投資者也就不能獲得紅利。1903年，發生了一場被戲稱為“富人的危機”的事件，一些“未經消化的有價證券”流通到市場裏，導致交易市場上幾乎所有的股票都貶值了，投資者遭受了極大的損失，人們對摩根操縱的股票市場怨聲載道。
在龐大的美國鋼鐵集團成立的最初階段，對於公司是否能順利發展，人們並不樂觀，但是鋼鐵集團在1903年的蕭條下漸漸地渡過了難關，因為當時鋼鐵工業還比較年輕，有能力快速發展。事實證明，摩根的這次決定是正確的，其結果也是令人滿意的。在1912年，普若委員會對他進行了調查，塞繆爾·恩特米爾詢問他在1901年建立鋼鐵集團並讓J.P.摩根公司托管時，有沒有想到這也許是對商業強力有效的一擊。