礦主們的頑固態度大大激怒了罷工工人，廣大民眾也極為憤怒，紛紛支持10月8號的大罷工。總統都不能調節這場勞資糾紛，那還能指望誰呢？還是請摩根出麵吧，也許他有辦法使事情朝著好的方向發展。
羅斯福總統派出戰爭部長伊萊休·魯特與摩根商議，他們在“海盜號”談論了數小時，最後決定由法院來判決這件事，為此還將成立一個專門的仲裁委員會。
10月14日，摩根在他的合夥人培根的陪同下趕往華盛頓麵見總統。培根是羅斯福在哈佛大學的同學，有他在，這次會麵的氣氛可以稍稍融洽一些。
因為幾個月前，摩根也在這裏與總統見過麵，那次是為了解決他的北方有價證券公司被政府起訴的問題，最後摩根氣憤地無果而歸。
這一次，他想調節煤礦管理者和工人之間的緊張關係，使持續了幾個月的工人能早日停止罷工，恢複工作。
這次的會麵，雙方都抱著解決問題的誠意，商議的結果也是積極的，羅斯福總統對於摩根所做的努力表示高興，摩根也願意配合總統完成使命。他對煤礦管理者做了不少勸說和協調工作。
最後，仲裁委員會綜合各方意見，得出結果，將煤礦工人的工作時間從每天的10小時縮短到9小時，並且讓工人得到10%的加薪。
一場空前規模的罷工事件就這樣解決了，10月23日，所有罷工工人都回到了各自的崗位上。羅斯福總統給摩根寫了一封信，對他所做出的努力表示感謝。
總統妥協了
無煙煤礦工人大罷工和平解決了，摩根得到了羅斯福的讚揚，也重新贏得了民眾的好感。羅斯福總統同樣也獲得了民眾的讚揚，要知道，在對待工人運動方麵，1877年鐵路工人大罷工時，海斯總統采取了行政強製措施；1894年普爾曼工人大罷工時，克利夫蘭總統竟然動用了軍隊，造成了流血衝突，這在美國曆史上是少見的，也是美國民眾不能接受的。這一次，摩根協助總統和平地解決了長達幾個月的大罷工，這應該算是摩根的功勞吧。
可是摩根沒有忘記當年總統一上任就給他的下馬威，對於總統主動示好，他淡然處之。他並不想主動接觸總統，畢竟他已經是無冕之王了，在美國，他是那麼有實力，以至於他雖然不能決定哪一位能當美國總統，但他可以決定哪一位不能當上。
這次事件以後，羅斯福總統和摩根之間呈現出一種微妙的關係，北方證券公司事件留下的隔閡有所緩解，桀驁不馴的總統在處理問題時也多了一份審慎的思考。羅斯福的第一個任期是卓有成效的，他打擊托拉斯的行動受到民眾的支持與讚揚，羅斯福本人又是個超黨派的自由共和黨人，民主黨對他也青睞有加。1904年，又到了大選之年。
摩根原來是準備支持哈拿當下一任總統的，讓他取代羅斯福也可以解他心中的怨恨，可是哈拿實在是有負厚望，竟然一直生病，臥床不起，沒法參加競選活動。摩根估計了一下形勢，羅斯福沒有強大的競爭對手，他的連任勝算很大。於是，他指使自己的合夥人弗裏曼給羅斯福捐了15萬美元。在臨近競選的日子裏，羅斯福對與商業有關的事務尤其謹慎，他不願意給敏感的媒體留下話柄，好像他的行為跟商人們對他的出資捐助有關。事實上，曆屆美國總統幾乎都與利益集團的支持有關，龐大的競選經費也大多來自大財閥的捐助，他們上台以後當然要為他的資助者說話辦事，製定有利於他們的政策，這是大家都明白的道理。
摩根這一次能摒棄前嫌，支持羅斯福的競選並且給予資金上的讚助，是因為他認為共和黨人的政治主張以及管理方法對像他這樣的大壟斷財閥是有利的，他這一方掌握著國家經濟命脈，與政治勢力結盟很有必要，盡管美國一直標榜自由資本主義，但政治和經濟勢力的結合還是不可避免的。
羅斯福成功連任總統。在他的第二任期內，重新開始打擊商業上的不規範行為，他對很多金融巨頭依然毫不客氣，這次打擊的勢頭十分迅猛，做法也很強硬，符合他作為改革派的一貫作風。
20世紀初，像摩根這樣控製著全國幾條大鐵路的現象已經引起了人們的憂慮，羅斯福認為政府不能再袖手旁觀，必須對鐵路運輸和跨州貿易進行有效地監管和規範。於是他促成了《赫伯恩運價法》的通過，此法案可以擴大州際商業委員會在鐵路管理方麵的權力，過去調整運費是運輸公司的事，通過這個法案，該委員會有權調整最高運費，同時也禁止鐵路公司為關係公司免費運輸貨物，這對消費者是有利的，有利於淨化商業環境。