曹雪芹的叛逆思想深深地擊痛、惹惱了封建勢力，引來了當時統治勢力的摧殘和迫害。據專家推測，這正是《石頭記》後數十回佚亡的主要原因。當脂硯齋在往外傳寫八十回以後內容時，發生了很大的顧慮，遭遇了意外的困難的原因之一。最值得思考的是，壬辰本脂批有“索書甚迫”的文字。
為了控製民眾思想，乾隆皇帝大興文字獄，“一字違礙，每興大獄”，對文人思想加以野蠻鎮壓。像《紅樓夢》這樣的大流行於世的小說，豈會不引起統治階層的注意？據史實記載，乾隆二十五年庚辰春，皇帝在永璿家見到《石頭記》，並帶走了一本，事後聲稱要查清此事，雖未窺全豹，不盡了然，但卻是禍事的初起。
據胡子晉《萬鬆山房叢書》本第一集《飲水詩詞集》“唯我”有一段跋語說：“…某筆記載其《紅樓夢》刪削源委，謂某時高廟〔乾隆〕臨幸滿人某家，適某外出，檢籍，得《石頭記》，挾其一冊而去。某歸，大懼。急就原本刪改進呈……”而郭則沄《清詞玉屑》卷二也說：“…乃作是書；曰太虛幻境者，詭其辭也。初不甚隱。適車駕幸邸，微睹之……亟竄易進呈……”說的是，這些人為了避禍，將《紅樓夢》諱上的話語悉盡刪改，世上於是有了改刪版的《紅樓夢》。據目擊的宮內人傳出，“進呈”本的樣式，是一本黃綾裝麵的大冊，上麵已將“脂硯齋”等字樣掃數刪淨了，一些穢語也淨化了。至兩年後的九月，脂硯齋便記下了“索書甚迫”的話語，顯然與此有關。此時他已加緊了批閱，為保全書稿而努力。曹雪芹此時顯然已經知道有一個相當大的勢力意圖毀壞他的書稿，他與脂硯齋都在想辦法如何保全書稿，可惜的是，惡勢力終究拿走了他的稿子。第二年，雪芹病重下世，雖然愛子夭亡也是一個傷害健康的原因，但更悲憤的還是他一生的心血為人所毀壞。在雪芹英年早逝，抱恨而去後，脂硯齋終於沒有辦法保護全稿，隻勉強將友人處分借的書稿湊齊了，可是已有“獄神廟五六稿，為借閱者迷失”了！損殘的細節，更不計其數，他苦撐著做了一些力之所及的補綴工作。雪芹臨終死不瞑目，這位奇才的大恨，敦誠記在了他的挽詩中：“鄴下才人應有恨”，“目豈瞑”，說的正是此意。
有清代學者在《能靜居筆記》雲：“於翁（宋於庭，即宋翔鳳）言：曹雪芹《紅樓夢》，高廟（清高宗乾隆皇帝）末年，和珅以呈上，然不知所指。高廟閱而然之，曰：‘此蓋為明珠家作也。’後遂以此書為珠遺事。”如果這個孤證是真的，那麼《紅樓夢》極有可能是被官方所“腰斬”的！
和珅出身本微賤，憑著一副鬼伶俐，對文墨之事頗有些了解，靠著一派揣摩迎合，博得了乾隆的喜歡和信任。乾隆時期有一個最偉大的文化工程，就是下令收集全國的書籍，編纂一部規模浩大、包羅萬象的《四庫全書》。這原本是一件好事，但皇帝出於政治顧慮，害怕世人還能看到金代到明代的滿漢兩族之間的曆史矛盾而引起分裂情緒，因而將很多有“礙語”之處暗暗地刪、改、抽換若幹部分，最不容許留存的則全部焚毀，宮內武英殿設有專門焚書的大爐。這種不正當的陰謀做法，不但對曆史線性規劃之書冊如此對待，就連民間劇本、小說也是同樣嚴厲辦理。朝廷曾下令於各省地方大吏，徹查奏報。這套書的總主持人就是和珅。他對刪、改、換的章法自然是諳熟於心。
就在《四庫全書》即將編完之際，乾隆又找到和珅，要他查一查民間流行的《石頭記》手抄本一事。憑著鬼伶俐，和珅很快就弄明白了這部書的來龍去脈以及“聖意”。於是，他通過管該旗的上司，來尋求雪芹的全稿。當他判明這書隻曾傳出過前八十回時，便物色適當人選，編造四十回假書，湊成“全本”，再按整治《四庫全書》的辦法，用偷梁換柱的手段，對《石頭記》前八十回也偷偷加以“潤色”，使其換步移形、奪胎換骨於不知不覺之間。於是，他找到了高鶚，一個人他嫌進度太慢，後來又找到了程偉元……