正當竇太後自己覺得安全無虞的時候，她的養子，也就是當朝的皇帝劉肇，他隱忍不言但是絕對是在慢慢的成長之中，所以他要聯合一批人將守舊勢力搞掉。
此刻能用的隻有身邊的宦官，但在當時，竇憲兄弟掌握大權，劉肇與內外臣僚無法親身接近，一同相處的隻有宦官而已。劉肇與認為朝中大小官員無不依附竇憲，唯獨中常侍、鉤盾令鄭眾謹慎機敏而有心計，不諂事竇氏集團，便同他密謀，決定殺掉竇憲。由於竇憲出征在外，怕他興兵作亂，所以暫且忍耐而未敢發動。恰在此刻，竇憲和鄧疊全都回到了京城。當時清河王劉慶特別受到劉肇與的恩遇，經常進入宮廷，留下住宿。劉肇與即將采取行動，想得《漢書·外戚傳》一閱。但他懼怕左右隨從之人，不敢讓他們去找，便命劉慶私下向千乘王劉伉借閱。夜裏，劉肇將劉慶單獨接入內室。又命劉慶向鄭眾傳話，讓他搜集皇帝誅殺舅父的先例。
永元四年（92年）六月二十三，劉肇臨幸北宮，下詔命令執金吾和北軍五校尉領兵備戰，駐守南宮和北宮；關閉城門，逮捕郭璜、郭舉、鄧疊、鄧磊，將他們全部送往監獄處死。並派謁者仆射收回竇憲的大將軍印信綬帶，將他改封為冠軍侯，同竇篤、竇景、竇瑰一並前往各自的封國。劉肇因竇太後的緣故，不願正式處決竇憲，而為他選派嚴苛幹練的封國宰相進行監督。竇憲、竇篤、竇景到達封國以後，全都強迫命令自殺。
劉肇成功奪回政權，再現了漢宣帝劉詢誅霍禹的故事。
在一舉掃平了外戚竇氏的勢力後，劉肇開始親理政事，每日臨朝聽政，深夜批閱奏章，從不荒怠政事，故有“勞謙有終”之稱。
劉肇當政時期，曾多次下詔賑濟災民、減免賦稅、安置流民、勿違農時、並多次下詔納賢。在法製上也主張寬刑，並在西域複置西域都護。漢和帝十分體恤百姓疾苦，多次下詔理冤獄、恤鰥寡、矜孤弱、薄賦斂，告誡上下官吏反省造成天災人禍的自身原因。漢和帝永興元年（公元105年），墾田麵積達732萬多頃，為東漢之最，戶籍人口達5325萬多人。劉肇親政後使東漢國力達到極盛，時人稱為“永元之隆”。
如果這些都不能滿足大家對東漢朝前期的局勢好奇，那麼我就為大家細細講一下和帝時代的真正功績。
政治上麵，漢和帝做到了三點：第一，唯賢是舉；第二，寬緩為政；第三，重用宦官。這一次改革著實的削弱了明章時期的對外戚和宦官的束縛，而且這一個時代的宦官是實打實的宦官（內中特點，大家懂得）。
先說第一點，唯賢是舉。
劉肇深感吏製建設對一個政權的重要性，因而非常重視官吏的選拔任用。據統計，他當政時期，曾四次專門下詔納賢。這既反映出東漢吏製的空虛與墮落，也表現出和帝為改變這種現狀而做出的積極努力。
第二點主要是針對竇太後的身後之事而言的。
劉肇當政時期，在法製上主張寬刑，他任用的掌管刑獄的廷尉陳寵，便是一個富於同情心的仁愛之人，每次斷案，都依據經典，而“務從寬恕”。
劉肇對有過失之人，也能根據情況，從寬處理。永元九年（97年），竇太後死，由於宮廷緊守秘密，和帝為梁貴人所生的事實始終沒予公開。太後死後，梁家才敢奏明朝廷，為梁貴人討一個說法。這時和帝也才知道了自己的身世之謎。但在如何安置竇太後的問題上，三公上奏：“請依光武黜呂太後故事，貶竇太後尊號，不宜合葬先帝。”劉肇和帝卻念及竇太後對自己的養育之恩，認為“恩不忍離，義不忍虧”，不應有所降黜，於是不降尊號，諡為章德皇後，而對梁貴人、宋貴人的問題也都妥善安置。梁貴人被追封皇太後。