專業和獨立的風險管理架構是銀行整體組織機構設計的核心組成部分，組織結構與一定的風險管理模式具有一致性。總分行體製的組織結構是規模管理的產物，它反映出層級管理下風險分散管理的實際狀況。業務單元製則比較適用於客戶、產品、區域等多維度的風險考量，體現了風險集中管理的思想。
從組織結構的變遷情況看，國際先進商業銀行大都經曆了從層級管理向業務單元製管理轉變的階段，其風險管理模式也相應地從風險標準不統一、風險管理機構分散的模式逐步轉變為標準統一、集中管理的模式。組織結構是銀行治理結構設計的重要內容，同時也是銀行風險管理的重要體製背景，不能忽略組織結構變化對風險管理體製的影響。不適宜的組織結構將會使風險管理陷入“皮之不存，毛將焉附”的尷尬境地。
銀行的經營戰略與組織結構之問應當具有均衡關係。銀行能夠承受什麼風險，就在這個範圍內發展什麼業務，據此設定不同類型的機構，並定義不同機構之問的權責關係。銀行的經營體製和風險管理體製也在一定程度上決定著組織結構。比如公司業務重心上移的問題、業務前後台分離的問題等，既是風險控製的有效措施，也是按照成本與效率相互均衡的原則來定義和優化組織結構的要求。因此，組織結構是銀行治理結構設計的重要內容，同時也是銀行風險管理的重要體製背景，不能忽略組織結構變化對風險管理體製的影響。不適宜的組織結構將會使風險管理陷入“皮之不存，毛將焉附”的尷尬境地。
風險管理的各項活動必須融入業務流程。“業務流程是企業實現客戶效用的手段”①。流程銀行的基本要求是整個銀行的各種經營管理活動盡可能各有特點，但不允許隨意安排，它們之問的相互關聯，結構嚴密。任何處於業務流程之外、與整個業務流程沒有關係的活動不包括在內，流程之內的活動必須按規定嚴格執行。
①邁克爾·哈默：《企業行動綱領》，中信出版社，2002年。
在業務流程中，客戶可以從銀行得到效用和價值，這就要求銀行內部流程必須實現效率和質量上的平衡，把業務流程作為效率與質量的共同載體。在部門銀行模式中，部門是主要經營管理載體，部門職責決定了流程的設計，從而確定了組織的基本框架和業務運轉模式。
國內商業銀行要實現部門銀行向流程銀行的轉變，首先必須打破部門的劃分，由部門銀行中的“流程服從於組織”模式向“組織服從於流程”模式轉變。
由於部門職責的確定具有很強的主觀隨意性和邊界劃分模糊的特點，早已不適應商業化進程中銀行對經營效率和服務質量的追求。國內商業銀行要實現部門銀行向流程銀行的轉變，首先必須打破部門的劃分，由部門銀行中的“流程服從於組織”模式向“組織服從於流程”模式轉變。
風險管理覆蓋了銀行業務流程的每個環節，難以與經營活動相割舍，因此流程銀行是風險管理為主的銀行模式。業務運作上的“流程優先”有兩個關鍵：首先是“精心組織”，業務流程需要設計一個總體框架，在這個框架下確定需要完成的各項工作，然後將這些工作進行細分，確定具體的執行者、實施時間和操作地點；其次是“協同作戰”，要創造一種環境，
使置身其中的業務流程管理的人員能夠圍繞一個目標緊密聯係在一起。
在流程銀行中，要從業務流程的角度對所做的工作進行管理，管理者的理念隻能按程序融入流程，而不能高於流程，且應當在流程實施中發揮。商業銀行要建設流程銀行，就必須由目前的總分行層級管理模式向業務單元製轉變，通過流程中的團隊組織，提高業務運行的效率和質量，從而控製住操作風險和信用風險。