西夏滅亡時，蒙古軍隊進行了毀滅性的屠戮，據史料記載，蒙古軍隊攻靈州時，西夏有30萬軍民被殺，城郭付之一炬。駐鹽州時，四麵搜殺遺民，西夏人紛紛躲藏到深山之中挖洞避之，但免者百無一二，白骨蔽野。圍中興府時，成吉思汗下令對西夏居民“殄滅無遺，以死之，以滅之”，西夏王陵被摧毀，陵碑被砸碎，陵墓被挖掘一空。西夏境內千裏幾成赤地，造成長達30年之久難以恢複元氣的境地。西夏滅亡後，境內的黨項族人及其他民族的居民，是否被蒙古人斬盡殺絕了呢？從現有資料來看，有不少西夏人躲過了這場災難。
根據史料記載，中統二年（1261年），忽必烈平定渾都海叛亂後，在原西夏境內置西夏中興行省，省治設於中興府。至元二十三年（1286年），遷西夏中興行省於甘州，改稱甘肅行省，下設中興路，後又改為寧夏府路。這是“寧夏”之名正式使用之始。元朝政府還開始疏浚唐徠渠、漢延渠、秦家渠等舊有渠道，組織開墾中興、西涼、甘、肅、瓜、沙等州的土地，於是西夏遺民紛紛回歸家園，先後有四五萬人之多。元朝政府給回歸的西夏遺民發放糧食種子和農具，還在黃河中建造大船，用來接送歸降的西夏流散遺民。有位黨項人朵兒赤被忽必烈任命為中興路新民總管，開始招攬流落他鄉的黨項人。他上任後，開墾良田，興修水利，使寧夏等地的賦稅增加了數倍之多。忽必烈很滿意，升任他為營田使。西夏遺民有了這樣一位深受元朝統治者賞識的官員，對當時流落他鄉的西夏遺民產生了極大的吸引力，加上西夏滅亡後，元蒙統治者內部發生爭奪汗位的鬥爭，西夏地區統治鬆弛，黨項人開始返回家園。
西夏滅亡後，原西夏國境內究竟有多少遺民？尚無現成的統計資料。但可以從刻印佛經的數量，施散西夏文佛經的地域範圍來考察其梗概。西夏國俗，國中所有人都要敬奉僧人，如果有女子未嫁，都要先嫁給僧侶，然後才能正式婚配。西夏滅亡後，這種習俗一直流傳到元代中期。元著名學者馬祖常寫的《河西歌》雲：“賀蘭山下河西地，女郎十八梳高髻，莤根染衣光如霞，卻召瞿曇作夫婿。”瞿曇為佛的代名詞，這裏指僧人。從這首詩裏可以看出西夏故都中興府一帶，在元代依然有大量的西夏遺民過著舊日的佛事生活。從元朝刻印西夏文大藏經的數量及施經地區，也可以看出寧夏、甘肅一帶西夏遺民的情況，元代先後五次，共印190部，每部以3620卷計，共印687800卷。數量如此巨大的佛經施於寧夏等地，說明元代寧夏、甘肅等地西夏遺民數量相當可觀。
黨項人中也有相當一部分融入了蒙古族。據《蒙古秘史》記載：“豬兒年成吉思汗崩，後將唐兀賜百姓，多分與了也遂合敦。”也遂是成吉思汗的寵妃，攻打西夏時，一直陪伴在成吉思汗左右，成吉思汗念其辛苦，下令將西夏投降軍民多分一部分給她當奴隸。因此有一部分西夏人變成了蒙古人。在鄂爾多斯台地的邊緣，內蒙古鄂托克前旗的布拉格蘇木、鄂托克旗的巴音陶亥鄉和查布蘇木聚居著一部分黨項族後裔。他們已按漢族習俗將唐古特氏族改為唐姓。據不安全統計，在鄂托克旗和鄂托克前旗共計四萬多蒙古族人中，唐古特約占20%，共八千多人。他們一直生活在黃河流域這塊土地上，分為上唐古特、下唐古特、黃河畔唐古特、布熱沁唐古特。
此外，在今陝西北部米脂、橫山，以及寧夏中衛南長灘一帶，居住著許多拓跋複姓和拓姓漢族居民，他們有可能是黨項拓跋氏的後裔。西夏滅亡後，居住在夏、綏、銀、宥、靜五州之地的黨項拓跋部落為免遭滅頂之災，改為拓姓，後來漸漸融合於漢族之中。
除了在西夏故地居住的黨項人外，還有相當數量的黨項人移居內地。蒙古統治集團將黨項人列為色目人之一，黨項貴族中願意效力於元的有識之士，也深受蒙古統治者的重視和信任。元初，世祖忽必烈曾下詔求西夏賢士，因此，黨項貴族中有一些人被元政府起用擔任了從中央到地方的重要官職。元武宗海山還在西夏貴族中選了位妃子，生了個兒子，即為後來的文宗。這位西夏王妃死後，被追諡為文獻昭聖皇後。除了入朝為官外，隨軍東征南下，也是西夏遺民移居內地的主要途徑。元代軍隊分宿衛、鎮戍二部。在戍衛京師和宮廷的宿衛軍中，有全部由黨項人組成的“唐兀衛”，領河西軍3000人；在鎮守諸軍中，又有一軍皆西夏人的唐兀軍。