在此期間，美國當局對台灣的命運憂心忡忡，擔心中共可能進攻台灣，從而嚴重削弱美國在遠東的戰略地位。杜魯門一改他在1月5日聲明中所持的不幹涉中國收複台灣的立場，於6月27日在宣布將第7艦隊部署在台灣海峽的同時，竟厚著臉皮公然提出台灣地位未定的謬論，推行所謂“台灣中立化”政策。但杜魯門的此項政策仍滿足不了反華反共勢力的胃口。國會中有些人特別是共和黨人攻擊政府束縛了蔣介石的手腳，不讓他去進攻大陸，消滅共產黨軍隊，重新奪回中國。
麥克阿瑟也認為該政策實際上保護了中國大陸，使之免遭蔣介石50萬軍隊的攻擊。參謀長聯席會議則擔心僅靠第7艦隊和蔣介石的現有實力能否保衛台灣。他們於7月27日向杜魯門提出一係列激進的建議：立即給蔣介石提供作戰物資和補給品；向台灣派出軍事調查團；允許國民黨空軍對大陸實施空襲和布雷；增派美國軍隊去台灣。對軍方的這些建議，杜魯門沒有完全采納，隻同意立即向蔣介石提供大規模軍事援助和向台灣派駐軍事調查團，允許國民黨飛機對大陸實施不間斷的偵察，但不能進行空襲。
麥克阿瑟在得知上述決定後，以為政府已放棄了“台灣中立化”政策，因此覺得有必要親自去趟台灣，給蔣介石撐腰打氣。在經過參謀長聯席會議（未通報杜魯門和艾奇遜）同意後，他於7月31日率一個由16人組成的盟軍總部代表團前往台灣。由於天氣惡劣，麥克阿瑟一行比預定時間晚到了一個半小時。在台北機場，他受到國家元首般的迎接，蔣介石親自在那裏恭候。這是他第一次也是最後一次與蔣介石會晤。他同蔣進行了兩天的會談，討論了美軍與國民黨軍的合作安排，在設立美“駐台軍事聯絡組”及台灣軍隊劃歸他統一指揮等問題上取得一致意見。在會談中，蔣還主動提出要派軍隊赴朝參加“聯合國軍”，但麥克阿瑟考慮到華盛頓方麵認為在這個時候采取這樣的行動會嚴重危害台灣的防務，因此未置可否。
麥克阿瑟對台灣的訪問，立即引起了一場軒然大波。杜魯門和艾奇遜大為吃驚。在台灣，蔣介石則利用麥克阿瑟的訪問大造輿論，宣稱：“由於我們能再次同老戰友密切合作，勝利就有了保證。”
這給人造成一種印象：似乎美國已經同蔣介石結成或即將結成密切的反共同盟；美國甚至要把台灣武裝起來反攻大陸。杜魯門寫道：“這一切意味著，麥克阿瑟錯誤地理解了我們關於台灣的政策，更讓人放心不下的是，他自己不但沒有意識到到這一點，而且熱衷於一項更具冒險性的政策。”
麥克阿瑟沒有料到他的台灣之行會召來這麼多的批評，為了解釋自己的想法，他立即發表聲明：
這次訪問所涉及的隻是軍事方麵的問題，而且隻限於如總統所指示的防止台灣被軍事進犯的問題，而執行這個指示是我的責任。它與政治事務無關……那些過去一直鼓吹在太平洋地區推行失敗主義和綏靖政策的人向公眾惡意歪曲了這次訪問。我希望美國人民不要被那些狡猾的暗示、輕率的推測和無恥的謊言引入歧途。這一切隻是那些隱姓埋名之人的慣用伎倆，由那些遠離實際情況萬裏之外的人從國內和國外居心險惡地傳播給公眾。這一切即使不是別有用心，也勢必在此世界麵臨嚴重危機之時引起分裂，從而破壞了人們對美國目標、美國製度和美國代表的信任。
麥克阿瑟的聲明無異於火上澆油，向政府挑戰，令杜魯門大為光火。他本來就對麥克阿瑟沒有好感，知道他是個刺頭。早在1945年6月，他就感到，戰後美國的一大問題是對那位趾高氣揚、權勢很大的五星上將麥克阿瑟先生究竟該怎麼辦。“我們居然不得不派這種自命不凡的老頑固出任要職，真是令人遺憾透頂。我真不明白，羅斯福當年為什麼不把溫賴特調出來，而讓麥克阿瑟為國捐軀。”現在，他完全有理由撤麥克阿瑟的職，但他努力克製住了這種想法，因為麥克阿瑟的威信太高了，撤了他會帶來很多麻煩。為了讓麥克阿瑟能夠全麵理解美國的對台政策，他派助手艾夫裏爾·哈裏曼於8月4日赴東京作詳細的解釋。同時，他還命令國防部長約翰遜向麥克阿瑟發去一份措詞強硬的電報，為了國家的最大利益，絕不允許美軍采取可能觸發全麵戰爭的任何行動。
哈裏曼在東京向麥克阿瑟詳細解釋了美國的政策。麥克阿瑟從這些解釋中得出的印象是：美國在遠東沒有固定而全麵的政策；外國特別是英國對華盛頓的影響十分強烈；美國並不明顯地要向共產黨采取攻勢，而是滿足於試圖阻止他們的行動；一旦台灣受到攻擊，美國會去保衛它；杜魯門對蔣介石懷有一種強烈的敵意，任何對蔣介石表示好感的人都可能引起總統的不悅。上述印象使麥克阿瑟產生了“一種憂慮和不安的感覺，即華盛頓的上層人士對遠東的形勢了解得很少，而且錯誤地降低了它的重要性”。