前市政局鑒於鯉魚門炮台的曆史價值及建築特色，於1993年決定將之修複，並改建成一所以香港海防曆史為主題的博物館。整項計劃耗資約3億港元，由建築署設計及興建，其建築設計曾於2000年榮獲香港建築師學會周年大獎銀獎，其綠化效果獲得“綠化都市顯才華”銀獎。
香港海防博物館於2000年7月25日正式開放，展出了香港曆史博物館的精選藏品共400多件，另有超過20件向國內及本港文博單位借展的珍貴文物，全部均與香港的海防曆史有關。
香港海防博物館為鯉魚門炮台的曆史揭開了新的一頁。
香港博物館
香港博物館位於九龍尖沙咀海防道九龍公園內S61-S62座。其前身為“香港博物美術館”，後分為“香港藝術館”和“香港博物館”，博物館於1975年對外開放。
該館以香港自然曆史和人文曆史為基本陳列，重點展示了香港6000年的發展曆程。
陳列分三部分：一、介紹香港的自然環境；二、以出土文物、古代石刻及古窯址等實物反映了香港地區的人類活動；三、展示了香港從一個小漁村發展為大都市的過程。
該館藏品45000餘件，分為考古、本地史、民俗史及自然曆史四大類。考古類藏品中，有著名的麥兆漢神父藏品及芬戴禮神父藏品；本地史藏品中以曆史圖片為主，最早的圖片為19世紀60年代所攝；民俗史藏品方麵，有中國傳統的漁船模型、捕魚裝備、傳統農具及日用器具；自然史藏品主要是世界各地的岩石和礦物以及香港常見的蝴蝶及軟體動物貝殼。
香港博物館還經常舉辦專題講座，介紹本地的考古、民俗和自然曆史，以提高觀眾在這方麵的知識和欣賞品位。
1993年內，香港博物館舉辦了多項饒富趣味的展覽和教育活動。先是大受歡迎的“羅衣百載：香港服飾演變”展覽，展出博物館的服飾珍藏，吸引遊人達66900人次，並於4月閉幕。6月至9月間舉行了“百年樹人：香港教育發展”展覽，旨在說明香港早期的本地教育發展。博物館又與廣州中山大學人類學博物館和深圳市博物館合辦了一個有關華南古越族出土文物的大型展覽，展出逾200件來自開封、西樵山、深圳及香港的出土手工製品，反映出史前時代至漢朝古越族人的生活方式。這一展覽在首個月內即吸引了觀眾17259人次。為配合展覽，博物館舉辦了一個為期兩天的講座。
1996年，博物館繼續舉辦名為“香港故事”的長期展覽，內容是介紹香港由石器時代至今約6000年的發展史，吸引觀眾245319人次。博物館教育活動的參加者十分踴躍，周末節目有講座、示範講座及錄影帶播映。此外，博物館舉辦的傳統手工藝班以及參觀新界區古跡的活動，報名人數均超額，“考古工作室”和“中國民間木刻版畫拓印”學生工作坊亦然。
此外，與教育署合辦、為曆史科教師而設的香港史專題研討會亦座無虛席。博物館還舉辦第二屆香港傳統行業及工藝研究校際比賽，反應熱烈。
三棟屋博物館
三棟屋博物館館址在荃灣地鐵站旁，是由古老村屋改建而成的民俗博物館，專門展覽反映荃灣曆史及早期鄉民生活的物品，並按每家不同的四季生活來布置，它真實地反映出中國南方的舊農村生活。
三棟屋博物館位於新界荃灣古屋裏2號，是新界曆史最悠久的客家圍村之一。香港在20世紀70年代興建荃灣地鐵站時所有村民已經遷出，三棟屋則於1981年被列為法定古跡，並於1987年修建成為博物館，開放給市民及旅客參觀。重修後的博物館陳列了古老的農具和客家的日用品，占地2000平方米。三棟屋卓越的修複成績榮獲亞太區旅遊協會頒發的1990年度的“太平洋古跡大獎”
三棟屋是典型的客家圍村，1987年完成修葺工程，成為康樂及文化事務署的博物館，讓旅客從中了解當時客家人在香港的生活麵貌。
三棟屋於1786年由陳姓客家人建立，原先隻有三列房舍，由族長陳任盛興建，隨後他的後人先後在村的兩旁及後麵加建房子。陳氏家族於18世紀中從廣東移居香港的荃灣，並移平沿海的土地作耕種之用。位於中軸線上的正方，擺放了陳氏先祖的神位，麵向正門，正門石楣上刻有“陳氏家祠”四字。
三棟屋的曆史悠久，建築風格非常獨特，布局一如棋盤，左右對稱，中軸線上建有前廳、中廳及祠堂，兩旁為四間獨立的居室，左右及後排的橫屋將整條村莊圍攏起來。