年輕的隼流忍者隼龍發現父親隼·喬神秘失蹤，唯一的線索是一封信，告訴隼龍自己與人決鬥，若不能回來則是敗了。隼龍要帶上隼流世代傳承的神劍——由古神龍之牙鍛造、擁有破邪斬魔之力的龍劍，去美國找考古學家瓦爾特·史密斯。
隼龍趕到美國，卻被一個女孩偷襲擊暈，醒後卻被托付了一座神秘的雕像並被放走。找到史密斯之後，隼龍得知喬和史密斯兩人當年在南美洲意外發現了封印著邪神的神秘雕像，而雕像共有兩座，分別封印著邪神的一部分。喬和史密斯決定分別保存，使兩座雕像無法合一。這時有人突然奪走了邪神像並殺死史密斯。
中央情報局的特別行動隊長福斯特也找到隼龍，要求隼龍配合奪回邪神像。麻醉隼龍的女孩則是福斯特的手下，臥底在邪鬼王手下的間諜。把邪神像交給隼龍同樣是為了阻止邪神的複活。
最終隼龍找到幕後黑手邪鬼王的巢穴，救醒被控製的父親喬，卻發現邪鬼王的手下捉了那個女孩艾琳·露以脅迫自己。喬舍身擋住邪鬼王的致命一擊，隼龍也終於幹掉了邪鬼王，但邪神還是在月食中複活。曆經一場艱苦激烈的戰鬥，隼龍打倒了邪神。最後，隼龍和不願再聽命於福斯特的艾琳相擁而去。
1990年《忍者龍劍傳II—暗の邪神》
《忍者龍劍傳》係列第二作，也是三部曲中人氣最高的作品。隨著技術的成熟，本作的完成度被提升到了一個很高的高度。影分身的加入使遊戲有了多種玩法，但對於熟練的玩家而言，影分身卻又大幅削弱了遊戲難度，這也是本作比較矛盾的一個方麵。
尋父事件一年後，艾琳被神秘敵人擄走，美國特種部隊成員羅伯特告訴隼龍，這是黃泉一族幹的，它們聽命於凶魔天帝阿修塔爾，巢穴則在拉夏之塔。
隼龍找到艾琳，卻發現是阿修塔爾偽裝的，反被阿修塔爾用上作中死去的邪神之骨所鑄成的邪神劍偷襲受傷，羅伯特趕到救了隼龍。原來邪神並未真正死去，被消滅的不過是其中一部分，阿修塔爾鑄造邪神劍，就是希望以隼龍和艾琳為祭品，重新複活邪神。
之後，隼龍打敗了阿修塔爾並趕到祭壇後，卻意外發現了本應該死去的邪鬼王。邪鬼王依靠邪神之力複活，並以邪神劍為鑰匙，隻要吸取足夠的鮮血和力量，就能打開黑暗之門，複活邪神。
最終隼龍再次打倒了邪鬼王，但邪神劍還是吸收了邪鬼王的血，使邪神附身到邪鬼王身上，以這樣的方式複活。艾琳被邪神劍的震蕩波擊中倒地，隼龍竭盡全力再次幹掉了邪神。最後，龍劍化為一縷靈魂，進入艾琳身體，救活了艾琳。
《1991年忍者龍劍傳III—黃泉の方舟—》
紅白機《忍者龍劍傳》三部曲的最後一作。也許是向玩家的妥協，本作的難度是三部中最低的。雖然影分身被取消，但刀光的加入和受創動作大幅度減小，還有天火鏢等攻擊道具的強化，使遊戲難度一下變得比前兩作平易近人許多。雖然本作中加入了不少新要素，並以降低難度的姿態希望吸引更多的玩家，但由於這時已經是FC的末期，作品本應有的魅力大打折扣。但即使這樣，本作的口碑依然十分不俗，也是中國玩家最熟知的一作《忍者龍劍傳》。
上作的邪神劍事件結束後的某日，在研究所外，艾琳被人追殺至懸崖，而追殺者竟然是隼龍！無路可逃的艾琳最後失足掉入海中。
事實上，追殺艾琳的隼龍是假冒的，帶著種種謎團，真正的隼龍潛入研究所，希望能找到線索。而在研究所，隼龍遇到一個自稱克蘭西的神秘男子，他提醒隼龍要去岩石城堡才能尋到真相。同時，隼龍從研究所的大型顯示器上發現了一個老熟人——尋父事件中的中央情報局特工福斯特。