但是，《馬賽曲》麵臨保皇派的反對，在霧月18日政變後不久，《馬賽曲》被禁止。
《馬賽曲》的作者也遭遇坎坷。1792年8月10日，同自由派軍官關係密切的工兵上尉魯日·德·李爾被停職。
魯日·德·李爾隻好離開軍隊。1793年9月，他以“嫌疑犯”的名義被捕。兩年後，熱月黨人解放了他並恢複了他的軍籍。但是，他不喜歡拿破侖。1804年，他直截了當地寫信質問拿破侖說：“你把自由變成了什麼？你把共和國變成了什麼？”1817年，他在巴黎定居下來，但他的作品被禁止出現在巴黎的舞台上和國家圖書館裏。他甚至在70歲時因為欠債被關進監獄，後來在朋友的擔保下才被釋放。光榮的三天（指1830年7月27日—29日，巴黎人民舉行起義推翻查理十世的三天）使《馬賽曲》複活了，人們在巴黎歌劇院演唱了這首歌曲。魯日·德·李爾領到了撫恤金，並且得到了一件很講究的大衣。但這件大衣沒穿多久他就去世了。
魯日·德·李爾於1836年6月26日去世，享年76歲。1915年，法國總統普安卡雷下令將他的骨灰移至巴黎榮譽軍人院，並發表講話說：“《馬賽曲》是一個不願意屈膝於外國的民眾發出的複仇和憤怒的吶喊。”
在法國曆史上，法國國王路易·菲力普推崇這首歌曲，把它看成是1792年結束的資產階級革命的象征。1848年，《馬賽曲》開始在歐洲傳播，而在它的祖國，但在1834年的政治審判中，第二帝國卻宣布它為“煽動顛覆”的歌曲。但是，拿破侖三世曾一度模仿其已故叔叔，在普法戰爭時允許唱《馬賽曲》。1880年最終確定了《馬賽曲》的地位，政府規定學校必須教唱《馬賽曲》。第一次世界大戰證實了《馬賽曲》具有凝聚人心以麵對死亡威脅的作用。但在國外，《馬賽區》仍是一首革命歌曲。結束流亡生活的列寧就是在《馬賽曲》的歌聲中回到俄羅斯的。在第二次世界大戰中，法國抵抗運動接受了這一歌曲，在巴黎獲得解放時，戴高樂將軍曾高唱《馬賽曲》。和平時代來臨了，瓦萊裏·吉斯卡爾·德斯坦（當時的法國總統）讓人對《馬賽曲》作了進一步潤色。然而，在21世紀前夕，《馬賽曲》卻在法國體育場被一些人報以噓聲（喝倒彩）。因此，它現在能否起到凝聚人心的作用是令人懷疑的。
有人說，即使歐洲州旗已經深深地受人喜愛，但從音樂性，至少從知名度來講，馬賽曲仍然是獨一無二的。