疏入，皇帝的答複是：“命已之。”要他們不要這樣搞。這答複，有可能出自朱由崧，也有可能出自馬士英，因為後者可以代皇帝批複，同時對於興大獄抱著多一事不如少一事的態度。然僅過八天，另一個東林死敵張孫振，便再上一疏，這次矛頭所指已非複社愣頭青，而是東林巨魁、崇禎大僚吳甡和鄭三俊，以及現任蘇鬆巡撫祁彪佳。[77]
原因在於，複社僅為枝葉，後者才是大樹之根，抑或“針插不進，水潑不入”的地方保護傘。例如，祁彪佳之為阮大铖忌，主要是因為用顧杲為幕僚，從而被目作庇護者。閱《祁忠敏公日記》，確有多筆涉及顧杲。九月二十八日：
旬餘來，盛傳銓部（吏部）議欲轉（改調）予，予知非欲優待，乃以議論意見不合，有外予之意也。前以一揭救左公祖（指左光先，“公祖”係尊稱），已拂當路意。又因錢牧齋（錢謙益）言，東義之警有嘉禾二友早知於未變之前，惟錫山顧生名杲者能知二友，乃聘來晤於吳門歸舟。及予至吳門，屢於禮賢館晤之……不知顧生曾以討檄得罪阮圓海，而予獨取用，又觸忌甚矣。[78]
十月十六日：
薄暮，顧子方（顧杲，表字子方）偕台州顧南金入署，留酌於水鏡齋。顧甚知南中局麵消息，語多所未聞，且深勸予言去。[79]
從以上看，祁、顧相識乃是近期的事，祁從前並不知道顧杲曾主持《留都防亂公揭》。祁與顧交往，沒有庇護關係，祁遇事會谘詢於顧，與其說顧受益於祁，不如說倒是消息靈通的顧杲對祁彪佳幫助更多。南京政局日壞，祁是從顧杲那裏了解到，辭職的建議也來自顧杲，而祁彪佳接受了這建議。十月二十一日，祁彪佳接錢謙益信，“已知予深為時局所忌，勢不能留”[80]。二十六日，與赴任途中路過的楊龍友晤，楊是馬士英親戚，祁彪佳乘便表示歸誌，“求其轉達馬瑤草，必放予歸”[81]。十一月初一，得知柳祚昌“參徐九一、楊維鬥諸君子”事[82]。十一月初五，從友人書信讀到張孫振對他的指控：
至是，見掌河南道張孫振言予力爭皇上監國（當初，祁彪佳認為朱由崧立即登基不妥，宜以監國過渡）、阻建年號，請與吳鹿友（吳甡）、鄭玄嶽（鄭三俊）同誅而末之。誣予無所不至，甚且指為奸貪。予唯一笑置之。[83]
由是請辭益堅，終於十一月十四日得到批準。其間有一重要情節，即祁彪佳拿到張孫振彈劾奏章後，曾轉交給楊龍友，後者傍晚即過府拜訪，且帶來馬士英手劄一封，“以予才固殊絕，不肯即放”。楊龍友還轉達馬士英如下看法：“但論其（指祁彪佳）做官甚好，不必問意見異同也。”[84]祁虎佳對此感受良好，記入日記時，對馬士英略其姓氏而稱“瑤草”，語氣欣慰。有野史說，張孫振劾祁彪佳為馬士英所嗾，據此則明顯不實。換言之，張孫振的幕後另有其人。這個人，從祁彪佳日記的線索求之，隻能是“阮圓海”。
由祁彪佳所記，阮大铖與其黨徒步步緊逼、張網掘阱的態勢，一目了然。不少史著，包括《小腆紀傳》、《清史稿》，甚至權威的《明史》都說，顧杲、黃宗羲遭到逮捕。如《明史》稱：“大铖又誣逮顧杲及左光鬥弟光先下獄。”[85《]
小腆紀傳·黃宗羲傳》記述：“時方上書闕下，而禍作，與杲並逮。”[86]
這是一個錯誤，顧、黃並未被捕。但逮捕令確已下達，對此，黃宗羲述之甚明：
阮大铖得誌，以徐署丞疏逮子方及餘。時鄒虎臣（副都禦史鄒之麟）為掌院，與子方有姻連，故遲其駕帖。弘光出走，遂已。[87]
具體經辦者加以拖延，以此幸免。吳應箕也是逮捕對象，“周鑣下獄，應箕入視，大铖急捕之，亡命去”。[88]幸免者還有侯方域，他得到風聲逃離南京前，留書阮大铖，立此存照：
昨夜方寢，而楊令君文驄（即楊龍友）叩門過仆曰：“左將軍兵且來，都人洶洶，阮光祿颺言於清議堂，雲子與有舊，且應之於內。
痛罵辣諷：
士君子稍知禮義，何至甘心作賊，萬一有焉，此必日暮途窮，倒行而逆施。……仆且去，可以不言語，然恐執事不察，終謂仆於長者傲，故敢述其區區。[89]
並非人人有此幸運，複社名流陳貞慧確實被捕，幾死[90]。又下令逮捕呂大器、左光先（浙江巡按、左光鬥堂弟）、戶科給事中吳適。呂大器因先已返回四川老家，”以蜀地盡失，無可蹤跡而止“[91]；左光先倒是抓到了，但押解途中”亂亟道阻，間行，走徽嶺得免“[92]；吳適不幸，真的身陷囹圄，罪名是”東林嫡派，複社渠魁“[93]——至此，東林、複社已公然是論罪依據。終於，屠刀也舉起來了，刀下之鬼便是周鑣、雷祚，兩人於乙酉年四月初九（1645年5月4日）遇害：