遺址現已辟為茶地，僅存部分牆基，其“百花莊”和“功成鹵龕”二幅石刻依然如舊，後一幅石刻下方就岩打鑿一個龕位，深0.9米、高0.85米、寬0.75米。
四十七、翠虛庵
坐落在七曲溪北鍾模石前。該庵又名三敲庵。建於明末清初（約1644年），創建人支永昌。支永昌字紹先，北平（今北京）人，明崇禎間舉孝廉入官，為蜀中刺史，明亡不仕，遁入武夷先隱涵翠岩，後見此地亦幽，即於此建庵（因建時舉棋不定，曾經三次反複推敲，故名三敲庵）。晚年又移涵翠庵終老，逝後葬於天壺峰下。支永昌逝後，清康熙二年（1663年）孝廉周弁（字載俅），崇安人，雖少年登科，因性情耿直不諂，與朝官不和，棄官隱於此庵終老。該庵建構規模宏大，磚牆石門，配置齊全，占地約2500平方米。遺址現辟為茶地，然牆基及門庭基礎均保存較好，尚存數段夯土殘牆。遺址後的鍾模石下岩洞內有一墓穴，被盜，有完整棺木在，墓碑上刻“開山道人吳隱玄墓道”，其餘小字模糊不清，不知吳道人與翠虛庵是何關係？未見記載。經考古專家考證，棺木為近、現代物件。
四十八、兩岩道院
坐落在八曲溪北鼓樓坑內，原為兩岩書堂，肇建人為南宋吳世卿。吳世卿，單字適，又字公衡，崇安人，鹹淳進士，官至濠州知州，因不諳世俗，棄官隱武夷山八曲建兩岩書堂。吳世卿逝後，書堂為道士陳衝素所居並改為道院。陳衝素，字虛白，頗有道行，曾著道書《規中指南》，評述修煉內丹之密旨。後雲遊不知所終。遺址現辟為茶地，範圍約600平方米，已看不出建築的痕跡。
四十九、涵翠庵
坐落在八曲溪北的鼓樓坑涵翠岩半壁，又名活水洞。建於明萬曆間（1573—1619年），創建人謝智。
謝智，字活水，建安（今建甌市）人，十二歲即喪父母，成為孤兒。因此奉道長齋，少年曾師事於李材（李材，嘉靖進士，官刑工兩部主事、都禦史、鄖陽巡撫，萬曆間被謫官戍漳州鎮海衛，後寓居建安，曾到武夷山見羅書院講學），但不入仕，聞得武夷山八曲石岩有奇洞，特從建安遷移至此，辟洞建庵以修道，並在此終老。萬曆戊戌（1598年）進士、官至工部侍郎（少司空）的董應舉常來遊，謝智逝世後，該洞成為董司空別業。明末，有北京人支永昌繼此以居。支永昌，字紹先，明崇禎舉孝廉，官蜀中刺史，明亡棄官入武夷山修道，居此庵終老（期間曾至鍾模石建翠虛庵，晚年又回此庵終老）。
涵翠庵依岩洞而建，上下三層呈橫列布局，上層為圓形名月窟，下層稱雲巢，中層為神龕和書堂，因謝智號活水，故稱此洞為活水洞。在岩洞邊沿壘石為牆，建中門、偏門各一，入口再建山門並留空地種植花木蔬菜等，內無柱無瓦，明亮寬宏。站在庵門遠眺，八曲風煙盡收眼底。明少年詩人張於壘題《曆鼓樓岩之活水洞》詩道：“山山岩穴互相依，九折羊腸倚夕暉。亂石生雲雲作石，流雲欲駐石還飛。”寫出其“阻深幽敻、絕地千尺、橫倚天際”的奇險境況。
洞長30米、深4～6米、高2.5～5米，現存山門、基礎，崖壁上勒有李材題“涵翠岩”三字和董應舉《謝洞記》大幅摩崖石刻一方，洞中還留有一塊清乾隆三十五年（1770年）重立的謝活水墓碑。
五十、石鼓道院 五十一、鼓子庵
坐落在八曲溪北的鼓子峰南壁半腰吳公洞內（吳公洞西低東高，長約130米、深7.5米，岩壁斜覆，風雨不侵）。北宋始建，名石鼓道院。開創道教神霄派的著名道士王文卿（1093—1153），於北宋宣和年間（1119—1125年）曾隱於此修煉。王文卿一名俊，字予道（一為述道），號衝和子，又稱王侍宸，建昌南豐（今江西廣豐）人。其道派為神霄派，擅長雷法，在理論與組織上，對神霄派的形成與發展作出了重要貢獻，成為神霄派的創始人，為神霄派祖師，其弟子遍及大江南北。石鼓道院建築獨特，宋代就被稱為“仙家鼓樓”。明大臣曹學佺稱之為“棧道勾連”。明弘治年間（1488—1505年）受火災，嘉靖前期（約1522—1540年）道士江子靜重建，並命名為棲仙館，後改稱鼓子庵，內有迎仙亭、雲影池、拂雲石等。嘉靖三十三年（1554年）福建巡按監察禦史邢台趙孔昭更其名為蓮子庵，並勒石於壁。明學者徐熥為庵作記，文中記：“院中道人二十餘。”可見頗具規模。清初為僧人所占，改為佛寺，順治年間（1644—1661年）還曾增修。
現道院已廢棄，僅存遺址。洞內建築依山勢分多層構建，尚有多處牆基、夯土殘牆、石台階等，洞外沿有人工打鑿的方槽，中部稍矮洞內地上就岩打鑿一方池，長2米、寬2.3米、深0.45米。遺址地上散落許多碎磚瓦、石臼、石磨等，岩壁上也有人工打鑿的方形、圓形孔槽和排水溝等。洞東端岩壁有“並蓮峰”等石刻，半崖有虹橋板3塊，半插岩壁，半懸岩外。洞西側稍下古道上還立有一石門，門匾上書“鼓子峰”三字。
五十二、和陽道院
坐落在九曲北岸的道院洲上。和陽道院又名清微太和宮，始建於元至元二十五年（1288年），肇建人為道士彭日隆。道院規模宏大，僅次於武夷宮，號稱“衝佑之亞”。道院建築有：都宮門、寥陽殿、佗殿、修廡洞房、道紀堂、凝雲閣、宜晚亭、清虛堂、雲堂、齋堂、大音閣、朝元閣，還有庖庫、儲藏室、賓客館舍等一百餘間。宮內主祀玄帝、武夷十三仙。由於建築規模宏大，工程延續32年，直至延祐七年（1320年）才竣工。
彭日隆，號隱空，崇安人，原是衝佑萬年宮的道士，曾遇異人傳授雷法，能禱雨並極驗，因此福建行省參政魏天祐、僉憲張天翼、府判母逢辰等名士都禮尊他，其徒詹氏、程氏、範氏、支氏各有家財，他們全力支持他建和陽道院，所以能建此巨構。道院建成，元代最榮耀、禦賜為一品爵的正一天師第三十八代“正一教主、三山符篆”的張與材，特別趕來為其題匾，更其名為清微太和殿，後稱清微太和宮。元著名學者虞集為之作記。明永樂十四年（1416年），崇安發生特大洪水，道院被水衝毀，後人將其遺址名為道院洲，以作紀念。構建和陽道院時，還有件事頗具神秘色彩，這就是虞集在其《清微太和宮記》中寫的：“良材巨木在上流山穀中，水多灣磯，久莫能致。一夕，大雹雨，乘流而至，殆神助焉，乃作寥陽之殿。”
五十三、靈峰觀
坐落在九曲溪北靈峰南麓寒岩下。始建於南宋，創建人邱公。邱公初在寒岩下之洞中修道，僅結廬三間，被稱為邱公洞，得道後仙去，鄉人遂將其擴建為靈峰觀（又稱靈峰道院），觀之香火鼎盛。南宋淳熙二年（1175年），呂東萊（1137—1181）來武夷與朱熹相晤，見此地風光幽麗，隨在道院傍辟屋講學，並為道觀改名為元都觀。元初（約1279年）鄉裏采藥人餘藥坡重建，名沿舊稱。建寧知府李真嶠遊武夷，慕名訪道觀，見稱元都觀與元朝相悖，請改“元”字為“玄”字，隨更名為玄都觀。元翰林學士承旨趙孟頫（1254—1322年，號雪鬆道人），亦慕其名，為玄都觀書匾，道觀大盛。明初因兵亂損壞嚴重，成化十八年（1482年），道士王道元募捐重修，清末毀於兵燹。明程銈以詩讚說：“靈峰一望白雲多，誰共幽人采芰荷。九曲探源還我事，飄飄巾舄映晴波。”
現遺址被辟為茶地，有殘基遺存。
五十四、碧雲庵
坐落在九曲溪南的仙岩半壁，建於南宋端平間（1234—1236年），創建人王遂。王遂，字去非，又字穎叔，金壇人，嘉泰二年（1202年）進士，官吏部主事時，遊武夷遇朝廷頒旨於九曲溪放生潭建礁祈雨，故捐資此庵以便設礁，庵旁飛來石上加建香亭（又名禱雨亭）。後王遂於淳祐三年（1243年）調任建寧太守，常來武夷遊，寫有《遊武夷》詩。該庵於清中葉荒廢，現僅留殘基。
五十五、雲岩庵
坐落在九曲溪南雲岩半壁，原為一深邃的大岩洞，高達10米、長70米、深3～5米。據清董天工《武夷山誌》載：“相傳昔為巨蟒所踞，有詹法師者驅之，仍創庵曰雲岩庵。”後陸續有遊方道士蟄居，明時道士蘭複（字信之，號虛白）在此庵坐化。清時庵香火逐漸衰微。
詹法師，生平無考，約為唐時人，為遊方道士，頗有道法，在武夷山周圍民間亦有很大影響，民間多供奉其神位，故該庵曾一度繁盛。
庵的構建絕大部分鑲嵌洞中，僅有前庭及庵門伸出洞外，庵門塊石壘砌，條石門柱，門外加建廊室，構建堅固莊重，庵內經堂神龕相共，全依洞鑿成，後部為臥室及藏經室，因洞深而陰暗，且曲折深邃，確似巨蟒所踞之所，明詩人鄭主忠遊此有詩道：“巨蟒驅教出石門，緇流從此習雷文。誰知今日遊人到，隻見空岩鎖白雲。”
該庵雖荒廢年久，但因建構堅固，至今遺址保存較好。
五十六、白雲道院
坐落在山北排峰岩南，又名白雲深處，始建於南宋，為雲遊道士郭道人建。郭道人，不知其名，自號臥雲子，原為湖州（今浙江吳興一帶）道士，有高深道行，南宋紹興間（1131—1162年）與其徒諸葛行正，到市中行走，有路人指著郭道人說：“此人我見他死在京師，何以又在這裏見到呢？”郭道人即和其徒說“有人認識我，此地不能居”，於是和其徒諸葛行正一起到武夷山此處隱修，並建白雲道院傳道。乾道中（約1169年）郭道人仙去，其徒洞陽子繼之。元時有三山（今福州市）道士張與玉（號霜崖）居此，張道士有異術，故多羽流與他從學，白雲道院盛極一時，崇安道士張誌道曾與之學，得其術，有人推薦到朝廷，他托病不去，在道院終老。明學者劉孔敦到此遊時，題《白雲深處》詩道：“再入煙霞第幾重，白雲隱隱罩山峰；低徊忘卻歸來路，惟聽樵歌伴晚鍾。”至清中葉，道院香火漸衰，現遺址被辟為茶地，僅留道院門基及道士墓葬等物，遺址麵積2000多平方米。
五十七、碌金庵
坐落在山北鐵郎寨西北碌金岩東麓。建於明萬曆年間（1573—1619年），創建人道士周千秋。周千秋，字喬卿，號一邱，莆田人，風雅，能文能詩，性好道，一生不仕，常與粵西方伯、萬曆進士謝在杭（名肇淛）以詩文相唱和。中晚年入武夷山建碌金庵靜修，後其子迎歸裏。由其徒何一鶚（字翔宇）繼其主持庵事。其詩清麗順達，有飄然物外之感，友人來訪常以詩贈，如《友人過訪山中詩以送之》雲：“森森灌木欲摩霄，薜荔成陰壓斷橋；有客徘徊尋石齒，逢人指點轉山腰。到來戀我溪岩靜，別去愁他道路遙；試向萬峰高處看，穿雲雙屐下迢迢。”明隱者張蚩蚩常與之來往。該庵遺址現被辟為茶地，除石砌坡岸和偶爾可見的斷磚、陶片外，不見其他建築痕跡。
五十八、凝雲道院
坐落在山北馬頭岩南麓，建於明隆慶初（約1567年），肇建人為著名道士張德恩，鄉人稱之為煉師，頗有道行。道院初建時名凝雲庵，為古典園林式建築群，占地麵積6600餘平方米，建築群布局錯落有致，寬宏典雅。主建構有凝雲閣、橘隱堂、息機窩、修真殿、鳴球亭、湧翠台、經堂、別室等，附屬建築有香積廚、香客膳宿設施。道院茂林修竹掩映左右，桃杏梅桂次第迭開。院中有蓮花池，岩巔泉水飛注池中，池中蓮花映日，人稱之“小蓬萊”。明學者吳中立（隆慶五年進士）遊該庵時題詩道：“一徑桃花繞竹林，石樓高結萬山陰。人間自有桃源路，不用漁郎別處尋。”並將此詩勒於道院後之岩壁，現尚依稀可辨。清代改為凝雲道院，林則徐曾為道院題匾。
凝雲道院清至民國一度盛勢，1949年後道士還俗，道院一度為民用，20世紀80年代後陸續遷出居民，1998年申報世遺時被拆除，現僅留下幾堵殘垣斷壁。遺址南側有一突立的岩石，上刻“高岡獨立”四字。遺址前古道下方有一方形古井，長寬各2米，深1.2米，四時不涸，至今仍能飲用，名聖水泉。
五十九、神通道院
坐落在山北大坑口南側神通岩東麓。建於清光緒二十九年（1903年），創建人道士熊羽飛。熊羽飛道行高深，創道院後即閉關辟穀煉真，後坐化留遺蛻不腐，後人將其裝金，成為武夷山清、民國時期眾多善男信女膜拜的“肉身”仙像。民國時期曾增修擴大院宇，“文革”期間毀損。
遺址東西長36米，南北寬18米，現已辟為茶園，但還可看出中部留有一個長方形天井；南端靠牆有一個就石打鑿的水池，池內長3米、寬0.87米、深0.9米，池壁厚0.2米；水池旁有就石打鑿的平坦地麵，中間有一條排水槽。遺址上還有殘存的石砌牆基、台階和散落的門托、拄礎、條料等石料，其中一方條料大概是門額，雕有八卦陰陽魚圖。另外還有兩段土夯殘牆。
六十、養恬庵
坐落在山北杜轄岩下，建於明萬曆七年（1579年），為道士程始陽、隱士吳中立二人共創。庵的構製分上洞、下洞二組。上洞稱為小有洞，是一處憑崖據險而建的修道起居之所，主建為靜環室，室的左傍建雲水草樓和飛天閣，室的右傍建呂仙亭，亭中供呂仙並設石棋台和石凳等，室前依深壑建石門稱不二門，堅固險阻，有“一夫當關萬夫莫開”之勢。下洞稱為會仙洞，供奉道家諸神，構建呈長條橫列布局，設有經堂、會仙樓、知客寮以及生活附建，建築全嵌於覆岩之下，不施片瓦，洞口建石門，橫額“土國在”三字。洞內有田園數畝，竹木扶疏、山泉汩汩，實為一處“仙家洞府”。吳中立勒“景陽洞天”四字於岩壁。程道士好友吳拭來訪，見此奇構慨然題詩道：“……熊岩結木末，蛇穀盤山根；天勢側崖勢，石竅開洞門。危柯似振魄，崩壁欲推轅。……澗鳥啼鬆磴，藤花落槿藩。……”
程道士俗名良初，道號始陽，又號常靜，新安（今屬安徽歙縣）人，頗有道行，世人稱為“草鞋仙”。後坐化庵中，其屍直至清時不腐。他少年入道，初學道於三茅山，後雲遊至此，見此地靈奇而止此。吳中立，字公度，號景山，福建浦城縣人，明隆慶五年（1571年）中進士，當他將放任官職時，其父突然逝世，因而歸裏守製，由此絕意仕途。製滿入武夷山遇程道士，並相攜到杜轄岩，二人誌同道合，隨共創養恬庵，名洞“景陽”即以二人之號合稱。明末清初（約1644年），崇安隱者邱四可曾入庠，後棄學隱此。曆代曾有道士繼任。清末民初（約1911年）荒廢。現遺址尚有大量屋基、斷牆及三座石門，洞內還有數方摩崖石刻等。
六十一、清微洞真觀 六十二、水簾道院
坐落在山北水簾洞內。建於南宋，創建人為道士江成真。江成真，號心隱，建陽人。少年時即來武夷山，從張岩隱學道，能祈雨而聞名，朝廷知其名，詔授道判（統管一方道士之首），晚年建清微洞真觀修煉丹藥，後坐化於觀中。
明嘉靖初（約1526年），道士楊本空複建，稱水簾道院，道院有亭宇，宇稱雙龍宇，亭名升真亭（又名洽龍亭），上有望仙台，下有浴龍池和潛龍井。嘉靖中（約1544年），崇安人王廣，幼年時墜河中，被一僧人救起，後到水簾拜楊本空為師，刻苦修煉，並遇一異人傳授法術，行走時，人在遠處看他有兩個身子。他在觀中自刻某日某時逝世，到時，沐浴更衣，與其他道人告別，端坐而逝，並留下遺蛻。福建巡按禦使樊獻科約同僚遊水簾道院，見道院在水簾之下，仰視飛泉如白龍懸注，因易道院名為白龍觀，並為之記。明玉蝶仙作《謁廣仙》詩道：“扶筇攀石磴，來謁廣仙子。滿洞空白雲，一榻瀟瀟水。邂逅養愚翁，烹茶問行止。一笑暫歸去，遙指清風裏。”
道院現已無存，遺址長約90米、深約12米，景區開發後辟為遊覽區，尚有石門、浴龍池和就崖打鑿的石龕等遺跡，崖壁上有“活源”等十餘方石刻。
六十三、深密庵
坐落在山北的蘆岫岩南麓。明萬曆二十四年（1596年）春建，創建人為道士毛守中、文士鄧定宇。毛守中、鄧定宇二人皆江西人，毛守中早已入道，鄧定宇常與之遊，萬曆二十年（1592年）同來遊覽武夷山，覺得“遍探九曲及三十六峰，惟蘆岫一區，武夷無出其右；山環水繞，絕境秘藏，決意結茅以安瓢笠”。崇安教諭劉炅與二人有舊，遂以薄俸相資，佐其營創。江西他二人的許多舊友，亦都出資相助。第二年夏建築落成，有庵堂，旁有閑閑室、白雲鄉等，頗具規模，鄧定宇書匾“白雲深處”，劉炅書匾“深密庵”。其後多有雲遊道人居此。清中葉廢。現遺址已辟為茶地，尚有基礎、殘牆、斷磚、碎瓦等遺留，中部有一個長方形的天井，長10米、寬6米、深1.2米，四周以石板砌成，遺址占地麵積約2000平方米。
六十四、猶龍道院
坐落在山北玉華岩（又稱白花岩）東麓的玉華洞內。玉華岩體高峨雄偉，橫亙數百米，石壁潔白，故又稱白花岩。岩體東向有一上覆下斂的巨大岩洞，寬約120米、深約20米、高約50米，名玉華洞，俗稱蝙蝠洞。洞內古時多有隱者在此修煉。明萬曆年間（1573—1619年），道士汪清慧在此建猶龍道院，道院規模宏大，整個建築依崖就勢，呈長條狀布局，長64米、深18米，構建為土木建築，不施片瓦，風格獨特。明詩人丘雲霄有詩道：“石磴交迷紅葉亂，牧童遙指碧花叢；坐侵斜菊初經雨，巾掛長鬆不受風。萬井平依千嶂落，一峰寒入翠雲重；登臨不盡茱萸醉，漫引青藜東複東。”
道院衰微後，清代僧人圓中在道院舊址重構蝙蝠庵。圓中圓寂後，衣缽弟子相繼，至民國初期香火猶存。
遺址現尚留有大量牆垣及石鑿用具等遺存，岩壁上有摩崖石刻一方，因風化嚴重，僅能辨認十餘字，作者與年代已不辨。遺址北側有一石鑿水池，長1.4米、寬0.87米、深0.65米。