二十八、靈岩庵
坐落在二曲溪南一線天靈岩洞前坪上。靈岩之下，有三洞並列，東側為伏羲洞、中間為風洞、西側為靈岩洞（又名馘妖洞），清董天工《武夷山誌》載：靈岩洞，高丈餘，廣可數丈，深稱之。又名葛仙岩，亦名馘妖洞。相傳有葛仙者祛妖於此，創庵居之，曰靈岩庵。
葛仙，意指葛洪，東晉著名道士，字雅川，號抱樸子，丹陽句容（今屬江蘇）人。為著名道士葛玄的從孫，少年即好神仙之術，從葛玄弟子鄭隱學道。西晉太安元年（302年）從軍任將兵都尉，因軍功遷伏波將軍。西晉末因避亂隱於山林修道。東晉初，朝廷曾賜爵為關內侯，由於好道棄爵遁於羅浮山修道。葛洪道行高深，曾以道法雲遊天下名山大川，亦曾到武夷山駐足。清《武夷山誌》記述之葛仙，即此。
該庵遺址無存，僅有“馘妖洞”摩崖石刻佐證。靈岩洞洞寬約33米、深約22米、高約7米。
二十九、雲窩道院
又名丹樞道院，坐落在上雲窩，南宋道士陳丹樞創建。陳丹樞，宋白玉蟾《雲窩記》中說：“丹樞陳先生辟穀不粒，年已七八旬，方瞳漆發，其顏猶童，未知何許人，而終日凝神，不語不寢，動與常人異，所附身僅一破衲。”明詩人蔡廷秀有詩道：“丹爐石畔白雲窩，地僻山空少客過。門外月明風定後，一潭秋水鏡初磨。”是其環境的真實寫照。陳丹樞曾收女弟子劉妙清。道院有水月亭等建築。遺址現尚有石臼、石灶、石門等遺存。
三十、棘隱庵
坐落在雲窩道院之右，建於南宋，創建人陳丹樞之女弟子劉妙清。陳丹樞在雲窩道院修道時，東陽女道士劉妙清來拜他為師，陳丹樞給她說修道既清苦又艱難，劉妙清以“但欲覓片地可以安茅茨，無使雨我頭，無使霜我肌”表示修道決心，陳丹樞才收其為弟子。劉妙清即在雲窩道院右側建棘隱庵，取何仙姑“幽居山林間，荊棘隱此身”之句意為庵名。白玉蟾題詩讚此庵道：“苔枯綠錢老，鬆古清陰瘦。結廬臥白雲，柏子燒春晝。”明天啟六年（1626年），棘隱庵故址被改建為王文成公祠（王陽明祠）。現遺址無存。
三十一、玄元道院
坐落在五曲溪北接筍峰（亦稱小隱屏）頂。建於明嘉靖三十五年（1556年），創建人為道士汪三寶、劉端陽。道院建構飛簷單層平列，規模小巧玲瓏，具南方特色。
汪三寶，字麗陽，號疾頤，江西鉛山（一說貴溪）人。生性超脫，淡泊名利，工詩文，善書畫，與劉端陽為道友，並以詩文書畫相交。劉端陽，號古鬆，江西建昌人，生性與汪三寶相儔，故二人同遊，宿大王峰下止止庵，拜謁白玉蟾後，萌發在武夷山建道院修煉的想法，至接筍峰，見其是四麵懸崖陡壁，奇險無比，但有藤可攀登，有“丹賄萬仞，兀立齊天”的妙處，是極佳修煉處，故二人即止此建道院，閉門清修，直至終老。汪三寶遺蛻置癡頤窩，劉端陽遺蛻置南冥靖（俗稱狐狸洞）。
道院遺址現有後重建的房屋（隱屏茶屋，現廢棄），附近有承露井和仙奕亭（1980年建，但已不在原址）。癡頤窩有牆垣和門壘，南冥靖保存完好。
三十二、清真道院 三十三、隱屏仙居
清真道院，又名清微真館，坐落在五曲溪北隱屏峰（亦稱大隱屏）頂，建於明萬曆五年（1577年），創建人姚體信。姚體信曾任福建糧備道，因事來崇安，崇安縣令朱璉陪他到五曲遊，登隱屏峰頂，感到此處“亭高出鳥外，客到與雲齊”，真如仙境，縣令附和並問他是否有意在此建構？他默許，故而動工興建。後朱璉調離，因此把建築事宜托付給武陵人鍾銳（鍾銳為接任朱璉職務後任）。明末道院因無人管理傾圮。清順治十五年（1658年），道士金象重建，名隱屏仙居。金象，字乾陽，號鶴奴，河南新安人，初在三茅山修道，後在廣東羅浮山修煉二十餘年，後來武夷山，在隱屏峰清真道院舊址建隱屏仙居。年七十歲，登峰涉險像平地一樣，性情狷潔衝靜，能詩善畫，康熙初（約1662年）坐化其中。現遺址無存。但其地保留著一片原生性常綠闊葉林，極為茂盛。
三十四、天遊觀
坐落在六曲溪北天遊峰頂，為重簷樓閣式建築，莊重而雄麗。原建有三清殿、宣經樓、竹波樓、天遊閣等。始建於宋（白玉蟾詩說：岩頭舊有煉丹台），肇建人道士劉碧雲、張希微（劉碧雲生平不詳；張希微，時號晞微先生，又號晞真）。後由法師張虛一棲居於此，並奏請敕賜“天遊觀”匾額。明永樂年間（1403—1424年）道士高景愚在此修煉。明正德年間（1506—1521年），福建布政使屬官蔡潮捐資修葺廣之。嘉靖五年（1526年）衝元觀提點詹本初募捐複修。不久，福建巡按禦使樊獻科在一覽台上建仙堂亭，後改名一覽亭。天啟年間（1621—1627年）福建督學葛寅亮將一覽亭改建為天遊閣。清康熙四十五年（1706年），崇安縣令王梓又在天遊閣後增建太虛亭、碧雲亭。觀內原有耿定力的“天遊”、沈儆炌的“憑虛禦風”、葛寅亮的“天遊閣”、韓士望的“一覽台”和張瑞圖的“最勝”、“升雲駐鶴之巔”，以及元林錫翁等名人題匾，惜現已無存。民國二十五年（1936年），由福建省政府主持，將天遊峰統建為中正公園，將天遊觀改為紀念堂，其山門牌坊匾額“中正公園”四字為於右任手書。抗戰後，在此設立武夷山最早的氣象站。1949年後，一度作為茶葉加工廠，後廢棄，景區開發前僅留一牌坊、一亭、一崗樓和幾堵殘牆。
景區開發後，福建省武夷山管理局（武夷山風景名勝區管理委員會前身）於1980年拆除殘牆重建天遊觀。重建後的天遊觀亦為重簷樓閣式建築，磚木結構，麵闊五楹，進深三間，層數三層，建築占地麵積241平方米，建築麵積506平方米，並於1987年、1997年兩度維修，總投資60萬元，匾曰“遨遊霄漢”。又於1990年在其後的振衣岡建妙高山莊（磚混結構，二層，建築占地245平方米，建築麵積395平方米，當時造價29.13萬元），以待留宿遊人。20世紀90年代後期，在天遊觀內立彭祖和其二子彭武、彭夷神像，以紀念神話傳說中武夷拓荒的始祖。
三十五、純陽祠
坐落在天遊峰一覽台後，明天啟間（1621—1627年）建，創建人為福建督學葛寅亮在武夷山之學生。其祠原為葛寅亮之生祠，葛寅亮謙辭不要為其立祠，故改為專祀呂祖純陽（呂洞賓）祠，民國時建中正公園拆毀。遺址約位於“第一山”石刻處，現為遊覽通道，僅存一方摩崖石刻，但風化嚴重。
三十六、仙遊館
坐落在天遊峰東側振衣岡上，宋時建，該館為祀張希微（號晞真）而建。其名原稱晞真館，南宋紹興末（約1162年），因漁人在九曲溪中拾得石刻一方，上有“仙遊”二字，旁題款為“子真書”，以此為晞真囑更其名為仙遊館。仙遊館毀於清中葉。
原址於1990年建為妙高山莊，現改為武夷山大氣監測點位站和氣象站，以及員工宿舍，遺址原貌已被破壞，無法確定四至範圍。
三十七、蒼屏道院
坐落在六曲溪北蒼屏峰東南壁下，始建於南宋，創建人鄭簡堂。蒼屏峰東南壁斜覆成洞，洞深約5米、長40米。道院依崖而建，呈橫條狀布局。建構寬宏，巨石壘門，夯土為牆，建構獨特。遺址大至分為三層，上層在洞內，另二層在洞外。元人林方遊蒼屏道院留詩雲：“頡頏霞佩久蹁躚，峭壁淩層駕紫煙。天下名山無此境，世間何地更尋仙。雲迷古洞還丹室，鶴護仙家種玉田。我欲攜書來此隱，蒼屏峰下弄雲泉。”可以想見當時此處的清幽與環境之美。清順治年間（1644—1661年）道士金象又於舊址建茶隱寮為隱修所，清末毀於兵。遺址現存殘磚、石基等遺物。崖壁上有1940年摹刻的“打倒日寇保我中華”、“台灣少年團到此一遊”等石刻。
三十八、山當庵
又名仙山庵，坐落在三仰峰東麓的白葉窠。建於元代，創建人張誌道。張誌道，崇安人，號原中，少年才華橫溢，但無誌仕途，好研玄學，博通道家諸經典。有好事者薦之朝廷，詔之托以病不赴，特尋得此處，見四麵青峰環抱，背靠三仰高峰，環境清幽，是一勝境，特在此建庵隱居，以避入仕。他在此閉門修道終老。逝後庵將傾廢，明嘉靖間（1522—1566年），有遊方道士重修，頗具規模。明代名士吳拭遊此有詩讚道：“流泉何處來？更進十餘步。幽竹搖澗端，群芳失前路。鳥啼風滿裾，雲隔山如霧。靜言愜有得，少坐多獨遇。是以守真人，得地為至務。”現遺址被辟為茶園，尚存斷牆及石砌坡岸遺存。
三十九、開源堂
坐落在六曲溪北的小桃源內，原名三元庵，又名桃源觀。始建為佛寺，名石堂寺，建於唐初，石堂寺原在雲窩茶洞，五代後唐天成年間（926—929年）遷入小桃源南側。北宋天聖三年（1025年）大雷雨，造成山崩，佛寺被毀。元時於北側（即現址）建劉文簡祠，祀劉爚。後道士將祠改建為三元庵，主奉三官大帝。明嘉靖初（約1522年），將庵改建為雲石堂，修建了三清殿、三皇元君殿、三官殿、真武殿、娘娘殿、功德祠等殿堂，占地麵積有1000多平方米，修真高道多選此地居之。清代道士又改建為開源堂，但後又衰微破落，有多處殿堂倒塌。
民國二十五年（1936年），著名華僑胡文虎偕原海軍部長薩鎮冰來此朝山遊玩，見道觀破敗不堪，遂捐資500大洋重修。道觀建構獨特，全為木質結構，布局單列，造型古樸典雅，頗具南方建築特色，並由胡文虎題寫觀額“小桃源”。
1985年福建省武夷山管理局（武夷山風景名勝區管理委員會前身）出資10萬元對道觀進行了全麵維修，作為景區對外開放的道觀。道觀處地方圓約20餘畝，道觀建築麵積634平方米。匾額書“桃源洞天”四字，兩側楹聯為“玉爐燒煉延年藥，正道行修益壽丹”，頗具養生妙訣。在道觀前的山坡上，1996年由武夷山風景名勝區管理委員會投資23萬元雕刻老君雕像一座，高達16米、寬達11米、厚10米，由整座峰岩雕鑿而成，雕像莊重而慈祥，笑顏可掬，栩栩如生。
2003年年底，泉州紀先生感恩老君佑護，還願300萬元作為重修開源堂道觀啟動資金。2004年春，道觀進行大規模改造，將原建築拆除，在原址上重建道觀，中為大殿，兩旁有養生弘法樓、齋堂、居士樓等。建築全部用原始杉木建造。曆時兩年，占地約2000多平方米，耗資1000餘萬元。
桃源洞口仍保留一座古山門，扼桃源洞口，石砌山門，兩層山字頂門坊，石條瓦，高3.5米、寬3.3米、厚1.25米，門洞寬1.25米、高2.3米，門額石匾，正麵：“龍飛甲子年 桃源洞 孟秋吉旦立”，背麵：“透天關 王明佳書”；門聯石刻為：“喜無樵子複觀奕，怕有漁郎來問津”。
四十、天壺道院
又名天壺觀，坐落在七曲溪北天壺峰次級，宋時建，創建人不詳。道院分前後布局，山門遠立，據險扼要。入山門百餘步，再登磴道數十級至前院。前院有崖洞，寬8.5米、深11.5米、高2～3米，打鑿平整，洞前有打鑿石床（長5.5米、寬1.7米）和水槽（長1.35米、寬0.82米、深0.72米）。再前行百步至後院，後院寬大，占地約800平方米，分三層布局，院內有石鑿天池，寬2.5米、長10.5米、深0.8米，水質清冽。據清董天工《武夷山誌》載：“白玉蟾浴丹其中。”元學者杜本曾為道觀書匾。
道院明以後廢棄。道觀遺址現有山門、前院岩洞、後院天池及基址保存較好。山門位於峰半岩脊，門寬2.1米、高2.1米，木門額，已朽塌。門兩側殘牆大致呈“L”形，長約30米、厚1.1米。
四十一、碧霄道院 四十二、碧霄洞
碧霄道院，坐落在三仰峰東側俗稱老君岩下。宋時建，創建人不詳。道院規模宏大。南宋著名道士白玉蟾曾在此棲止過。清初毀於火，乾隆間（約1741年）名士周士芳重建，民國中再毀於兵燹。遺址寬約62米、深約22米。現被辟為茶地，有殘牆，基址尚存，地上散落許多石條、石礎、灰磚、碎瓦等。
碧霄洞在道觀後的三仰峰小仰半壁，洞口朝東北坐西南，為武夷山風景名勝區最高之岩洞，清董天工詩雲：“武夷何處高？碧霄近河漢”。碧霄洞是一條長形岩洞，寬30米、深21米，分兩層平列，下層稍淺，上層稍深，洞前有石砌洞門，據險而立，入洞需跨越一近十米長，深數十米之獨木橋，奇險無比。洞中有石灶、石凳、石桌等，上層岩壁上有摩崖石刻“武夷最高處”，稍低處還有一幅，已風化嚴重，僅能辨認“武夷”、“九曲”等數字。碧霄洞傳為白玉蟾煉丹處，洞外有煉丹井。清乾隆名士周士芳（別名宗懷，浙江杭州人，工詩文，善書），因與朋友來遊武夷山，到天遊觀和三仰遊，經碧霄洞，見此景色秀麗，隨生入道之心，即隱居碧霄洞，後重建碧霄道院。
四十三、知白庵
坐落在三仰峰南側之三隱台，建於明萬曆初（約1573年），創建人為道士黃合賢。黃合賢，號知白，大梁人（今河南開封市南），少年即好道，曾到三茅山修道，拜閻希言（傳此人當時有三百餘歲）為師，得他傳授秘訣，年過七十，顏如童子。他見此地有“清切牆頭月，蕭疏竹外風。草床天地曠，夢上碧霄空”的詩情意境，而在此建知白庵。後朝廷有旨，應召入京，編修《道藏》，極受寵褒。回庵再修，無疾而終。明末（約1644年），道士張蚩蚩（傳為張三豐）曾在此庵棲息一段時間，後到虎嘯岩隱居（因此庵在明末毀於兵燹而遷址）。清順治十七年（1660年）道士虞善長重建，規模宏敞，殿、堂、樓、閣俱全。崇安縣令韓士望為庵中積翠樓題匾。清中葉再毀於兵。現遺址荒蕪，但基址、牆垣、門垣遺跡均有保存，遺址麵積約2000平方米，揭示了當年建築之宏大。遺址內發現“重建三隱台知白庵碑記”碑一塊，碑立於順治十七年（1660年），高220厘米、寬82厘米、厚12厘米，碑下還有60厘米高的基座。遺址西側不遠處還發現道士虞善長的一塊墓碑，全文為：“康熙乙醜（注：康熙二十四年，公元1685年）仲秋日吉旦 羽化師善長虞先生墓 住持餘複茂立”。
四十四、仰雲庵
坐落在三仰峰南側之三隱台，與知白庵相鄰。建於明萬曆中（約1595年），始創人林一煥。林一煥，字中瑩，浙江人，萬曆二十一年（1593年）孝廉，萬曆中任崇安縣令，治政清明，好為公業，曾在衝佑觀左建徐仙樓祈雨迎仙。因好奉道，與知白庵道士交往，故主持建仰雲庵於知白庵旁。仰雲庵規製基本與知白庵相似，磚木為主，塊石為基，條石鋪階，山門石構。延續至清初，道士王文宗重修並增建屋宇。清末毀於兵。遺址麵積約400平方米，現僅留下殘桓及基址。清僧成能有詩讚道：“一室懸天半，乘雲獨去尋。靜看花解語，孤坐鶴知心。曲水晴分細，煙嵐晚共深。明朝何處客，總在數山陰。”
四十五、金雞社
坐落在七曲溪北的北廊岩麓下，建於明嘉靖中後期（約1544—1566年），創建人為道士張廷安。
張廷安，福建崇安（今武夷山市）人，少年入道，原棲於北廊岩後黎花架（又稱後金雞洞）處修道，得異人傳天罡五雷正法，能呼風喚雨，極有道行，嘉靖中（約1544年）曾被朝廷召入京師祈雨，十分靈驗，被封為“讚教真人”。數年後再回武夷山舊址，後建金雞社，廣收門徒，常在旱年為地方祈雨，祈祝極為靈驗，後於此坐化。
金雞社建構較大，麵溪背岩，橫向布局，截路立門，主殿供奉三清，偏殿配祀金雞神，故稱金雞社，張道人以金雞神化身自詡。金雞社占地約500平方米。明時遊人盧誠甫到此，留連忘返，題詩說：“獨眺北廊岩，愛此神仙宅。……真人茲岩棲，宴坐閱朝夕。……”清時李東來繼居並重修。李東來性落拓，但善書畫，尤喜畫竹，多有人求其畫，不予，如逢其愜意，則所畫精美，人以為寶。由此，金雞社往來者更多，香火極盛。清中葉武夷佛教興盛，道教漸漸衰微，李道人仙逝後，庵之香火漸廢。
現建築已廢，岩麓有深約15～20米、長約200米的平地，大致可分三層，東高西低，每層有石砌擋牆。東側上層灌木叢生；中部長約30米，2000年6月建有觀曲亭，亭內立有“天後宮鐵甲將軍立碑亭記序”碑，岩壁有“壽”字等三幅石刻；西側下層已辟為茶園。遺址多殘磚碎瓦，庵基地鋪方磚尚有殘留。
四十六、百花莊
坐落在七曲北岸獺控灘後，臨溪。始建於明代中期（約1500年），創建人道士黎崇真。黎崇真原為浙江天台道士，雲遊至武夷山，至此處時正百花盛開，問鄉人言此處四時花開不謝，即決意在此建居修煉，取名百花莊並刻石於猴藏岩石壁。明嘉靖舉人、太倉學正、福建閩清人王應槐與黎崇真友善，其時曾來百花莊造訪黎道人，為其景色所陶醉，寫有《百花莊放歌》：“桃花紅，李花白，春到般般鬥顏色。洞中仙主宴群仙，管領東風吹不得。三十六峰何處村，武夷便是武陵源。欲尋漁父無舟路，惟見桃花開滿園。憶昔洛陽買花人，姚黃魏紫總皆春。車馬紛紛爭富貴，何如棲隱曲溪濱。曲溪傳說多仙子，不愛繁華植桃李。羅浮擎得一枝來，種向仙家白雲裏。先春壓倒百花莊，笑殺人間紅與紫。”盡情地描繪了此處環境之優美。清乾隆間（1736—1795年），崇安學者董天星重建，更名為起雲居，增建樓閣屋宇，名樓為淩霄樓，規模宏大。現俱廢。