道光二十六年（1846年），杜文秀向雲貴總督賀長齡上訴，長齡未能秉公辦理。杜文秀與丁燦庭、白廷楊、劉義、沐文科北上京城叩閽，要求嚴懲永昌屠回案的凶犯，為死者昭雪。二十七年七月，道光帝命陝西巡撫林則徐為雲貴總督“赴滇審辦”。林則徐以“隻問良萎，不分回漢”相標榜，實為永昌官紳所左右，認為滇西回民“良善少而頑梗多”，判回民四百九十一名，冤殺各縣回族士紳七十六人。馬元：《林則徐與“白綾血書”》，《雲南回族社會曆史調查》，雲南人民出版社，1988年。更以“安撫”為名，將保山孑遺“回民二百餘戶分起押送前往”瘴毒之地潞江西岸的官乃山居住。《林則徐敘文集》，第1171頁。杜文秀於二十七年九月被刑部押解回滇，他看到永昌慘案如此了結，從此不再對清廷抱有幻想，遂暗中結盟，建立了“忠義堂”、“永勝堂”，聯絡各地義士，宣傳太平天國金田起義消息，最終被迫走上了武裝反清的道路。
鹹豐六年（1856年）八月杜文秀在蒙化率眾起義，九月十六日奪取大理城。九月二十五日，杜文秀被推為“總統兵馬大元帥”，建立大理政權。杜文秀高舉反清革命旗幟，大理政權提出了“連回漢為一體，堅立義旗，驅逐韃虜，恢複中華，剪除貪汙，出民水火”的宗旨。奉行民族平等政策，規定各族之間“均宜一視同仁，不準互相淩虐。違者，不拘官兵，從重治罪。”《管理軍政條例》轉引自白壽彝《回民起義》（上海書店，2000年）。這一政策對於當時“民族仇殺”事件層出不窮的雲南來說，意義更加重大。
大理政權在用人方麵，實行唯才是舉的原則，大量吸收非回人才參加到各級軍政機構，德才出眾者還委以重任。如大司寇李芳園是漢族，大司衡姚得勝是白族，大司藩李正學是彝族。大理政權關注民生，發展生產，興利除弊，輕賦薄斂。大理政權製定的《管理軍政條例》規定：“攻破城池，三日內招撫流離，不準奸淫搶擄，焚燒民房，亦不準擅自殺人，借故複仇。”“文武官員，無論鎮守地方，或攻開地方……倘有以官壓市，輕價估賣，使百姓含冤不服……一經察覺，不論大小官員，擬斬。”並嚴禁士兵“無故下鄉，滋擾良民”、“縱放牲畜，踐踏田禾。”規定“每年征糧一次，其餘大小苛斂一律豁免。”《管理軍政條例》轉引自白壽彝《回民起義》（上海書店，2000年）。並發放耕牛、種子，招民墾荒，興修水利，擴大農田。這些政策的執行，使農業生產得到恢複和發展，大理地區人民安居樂業，深得民心。
1867年，杜文秀調大軍20萬，東征昆明。1868年2月間，昆明已處於西、南、北三麵包圍之中。這時大理政權發展到頂峰，共占有全滇53座城池。可惜這時太平天國起義已經失敗，清廷能夠抽調優勢兵力來對付大理政權。直到1869年，昆明仍未攻下。1870年，各路清軍發動猛攻，義軍失利，20萬大軍大部分陣亡。
此後，由法國洋槍洋炮武裝的清軍迅速向大理政權發動全麵進攻。1872年11月，清軍兵臨大理城下，這時義軍主要將領彪旗大將軍楊榮叛變。清軍用開花洋炮四麵環攻，並挖地道穿城下點燃火藥攻之。杜文秀冒死指揮作戰，義軍退守帥府和幾座清真寺內，誓死抵抗。二十六日，為保全百姓性命，杜文秀服毒（民間傳說服孔雀膽）後赴清營。大理城破後楊榮等已降的大理政權高級軍政人員盡被殺，十一日，大理城內外回民被驅趕至洛陽村，以大軍圍困，屠殺持續三天兩夜，男女老少無幸免者，鮮血染紅洱水。
杜文秀領導的反清起義，也得到了我黨的充分肯定。李維漢（羅邁）早在延安時期就指出“運動的領導者中有許多傑出的人物，如白彥虎、杜文秀等，他們是百折不回的英雄。”李維漢：《李維漢選集》，人民出版社，1987年。毛澤東同誌於1941年7月接見海固起義的指揮員馬思義時也說“你們回族人民在中國曆次革命運動中都起過一定的作用，尤其是太平天國時期。”《十年紀事：1937—1947年毛澤東在延安》（1947年），中國共產黨新聞網。
八、革命先驅馬駿
第一次世界大戰結束不久，1919年1月18日，戰勝國在巴黎召開“和平會議”。北京政府和廣州軍政府聯合組成中國代表團，以戰勝國身份參加和會，但和會在帝國主義列強操縱下，明文規定把戰敗國德國在山東的特權全部轉讓給日本。北洋政府竟準備在“合約”上簽字，此舉激起了中國人民的強烈反對。北京等地的廣大青年知識分子發起了轟轟烈烈的“五四”運動，揭開了中國新民主主義革命的序幕。在這場運動中，一批回族愛國誌士也積極投入革命的洪流，其中馬駿、郭隆真、劉清揚等成為“五四”運動的領導成員，並和周恩來等發起組織了早期馬克思主義團體“覺悟社”，後來他們都成為中國共產黨早期的優秀黨員和領導人。