1990年的揚州會議，集中研討學報的管理問題，涉及學報管理的各個角度和方麵，這些內容在以前是很少研究和討論的，顯示了學報研究工作在向縱深發展。1993年全國性的學報編輯討論會，冠以“學報編輯觀念的更新”之名。這次討論會的主題是和當時改革開放的新形勢相契合的。1992年春，鄧小平同誌南行講話之後，使改革的勢頭更為猛烈。社會的大發展，必然帶來新的事物的出現，隨之，人們的觀念也勢必發生變化。這次研討會形成的共識是：要提高學報質量，提高學報的效益，就必須深化改革；而要深化改革，就必須解放思想，更新觀念。1993年、1994年兩年召開的學報學術討論會，討論的問題與社會主義市場經濟體製的建立這一曆史創舉結合在一起。社會主義市場經濟體製的建立，對我國的社會生活產生了巨大的影響，對高校學報工作必然帶來影響，如何在新的形勢下進一步推動學報事業的發展，已成為學報界思考的一個問題。諸如學報的地位和作用問題，學報的質量與評價問題，學報編輯隊伍的穩定與建設問題，編輯人員的素質與待遇問題等。有些長期研究解決而又未能解決好的老問題又以新的形式出現，如學報質量有不同程度下滑等。但無論如何，麵對市場經濟大潮，高校學報編輯們的信念沒有被社會上的各種誘惑所動搖，而是一如既往地關注著學報的質量。
其次，這一時期學報編輯研究有三個顯著特點：一是學報研究突破了常規性模式，研究領域深入到編輯學、學報編輯學、編輯史研究的深層次，並向構建編輯學體係之路邁進，尤其是1995年以後。這在前一段研究的基礎上又推進了一步。二是在加強學報編輯學、編輯學史研究的同時，開始介入和研究編輯學出版現代化的問題。20世紀90年代以來，科學技術的迅猛發展，使我國的出版業從整體上又發生了變化，學報編輯出版印刷亦發生了變化。計算機輸入代替了傳統的鉛排，新型的膠印取代了傳統的鉛印。編輯出版的信息化、現代化，要求高校學報編輯人員充分利用計算機網絡技術，采用計算機排版的新成果。編輯出版現代化手段的使用，給學報編輯人員帶來新的認識和思維方式的變化。三是各種類型的編輯學專著、學報編輯研究論文集相繼出版，使編輯學、學報編輯學、編輯學史的研究一路而來，期間的發展變化脈絡清晰。
據研究者統計表明，1990年至1996年，我國共出版和再版編輯學方麵的理論著作65種，這個數字不包括台灣、香港、澳門地區，也不包括報紙編輯學、影視編輯學等，主要指的是書刊編輯學。發表的專題性論文逾幹篇。編輯學研究的目的在於指導編輯實際工作，更好地為我國的出版業和社會主義精神文明建設服務。同時，編輯學著作的出版呈現一種“百家爭鳴”的活躍局麵。如對“編輯”概念的界定，以及由此而引起的其他理論問題，一直是編輯學界爭鳴與探討的焦點問題。爭鳴與探討的結果，使編輯學的研究日趨完善。同時對編輯學的研究呈具體而細化狀態，出版了諸如《雜誌編輯學研究》《學報編輯學概論》等專門化的著作，從不同學科、不同角度對編輯工作的規律作了有益的嚐試和探討。編輯史的研究，也有不少專著問世。這既是對編輯實踐的理性認同，也是對編輯學研究的本體回歸。1994年4月，由張積玉先生主編、陝西師範大學出版社出版的《社科期刊撰稿與編輯規範十二講》，為我國高校社會科學學報的撰稿和編輯規範化向國家標準、國際標準接軌，起了直接的作用。也為其他社會科學期刊提供了有益的經驗和借鑒。從這些專門著作的問世，可看到學報編輯研究的發展曆程。
成立於1992年10月的中國編輯學會，為加強學術觀點的交流、編輯學科的建設、編輯理論隊伍的培養，起了積極的作用。總體上說，一是討論了編輯學研究的方向和重點；二是研究了編輯學的學科定位；三是討論了編輯學研究的範圍；四是推動了編輯學概念的爭鳴。從整體上推進了編輯學學科建設的進程。對高校學報編輯學的研究起到了積極的推動作用。
第三，欄目設置。這一時期，隨著社會主義市場經濟體製的確立，高校學報本著為現實服務的思路，加大了刊發與改革開放和市場經濟相關文章的數量。一些有實力的高校學報還開辟了專欄，為地方經濟建設服務。此外，最具特點的是，“地方文史研究”或“區域文化研究”的欄目出現在各個層麵的各類學報上，無論是綜合性學報，抑或師專層次的學報，都看準了這一發展趨勢。這實質上是研究地方曆史，挖掘區域文化，以此為地方經濟和文化建設服務的直接形式，各高校學報都在發揮各自學校所在的地方優勢。這是一種成功的嚐試。
第四，這一時期的封麵裝幀，也發生了變化，向著更淡雅的審美方麵發展。一些學報直接使用對比顯明的白紙黑字，或紅字。同時，借助於計算機的優勢，一些學報的封麵取淡色，且由重到輕，再托上文字。1997年以來，一些學報的封麵設計，既借助計算機的優勢，也借鑒近年書籍封麵設計的思路，在學報封麵上鑲一幅或山水彩照，或建築景觀的照片，再將封麵題字用陰影投襯的形式表現出來。可見，高校學報封麵的設計也在伴隨著科技的發展和應用，以及新的審美形式的變化而變化。此外，學報從封麵到內頁用紙，也發生了質的變化，封麵多用進口銅版紙，內頁多用60到80克膠版紙，開本也向著國際流行標準型大16開本過渡。書刊在與世界接軌的大背景下，高校學報的印刷裝幀已上了一個新的台階。