十五日，起義部隊與駐宜川的李瑞成連配合，裏應外合占領宜川。起義部隊整編為旅，李象九任旅長，唐澍任參謀長，下屬三個營：謝子長任第1營營長；韓子豐任第2營營長；李瑞成任第3營營長。時起義部隊內部在行動方針等重大問題上發生分歧，由於李象九執意主張打出“第11旅”旗號，堅持守城禦敵，給井嶽秀部調遣兵力，圍剿駐宜川城起義部隊提供了機會。當井嶽秀部完成對宜川城包圍後，扼守鳳翅山的雷進才連放棄陣地，宜川城無法再守。這危急關頭，謝子長遂甩脫李象九，帶領部分起義人員衝出重圍轉戰韓城。不久，李象九接受楊虎城部王保民旅改編，稱“獨立旅”，李象九任旅長。唐澍、謝子長、閻揆要決定徹底拋開李象九，繼續堅持開展革命鬥爭。十二月三十日，部隊在韓城二次起義，改編為西北工農革命遊擊支隊，唐澍和謝子長分任正、副總指揮。
民國十七年（1928）一月一日，唐澍、謝子長率部北上，向清澗、安定進發。由於倉促攻打宜川失利，部隊受到重創，至陝甘邊界的豹子川時，僅剩十餘人，唐澍、謝子長決定分散隱蔽，起義遂告結束。同年二月初，謝子長奉陝西省委指示前往洛南三要司許權中旅工作，任營特派員兼副營長。五月，與唐澍、劉誌丹等組織渭華暴動，謝子長任新成立的西北工農革命軍軍委委員兼第3大隊隊長，率部英勇作戰，由於寡不敵眾，起義失敗，後返回陝北開展武裝鬥爭，任陝北特委軍委委員。民國十八年（1929）夏，受命到宜川做爭取改造梁占魁土匪部隊工作。同年秋奔赴甘肅、寧夏進行兵運活動，利用公開職務收集各地躲避追捕的中共黨團員和革命群眾，爭取民團、哥老會，在陝、甘、寧邊界地區活動，後遭襲擊而失散。民國十九年（1930）八月，任中共陝北行動委員會軍事指揮部總指揮。十月中旬，調往上海中共中央特科受訓。九一八事變後，西北抗日反帝同盟軍成立，謝子長任總指揮。
民國二十一年（1932）二月，反帝同盟軍根據陝西省委指示，正式改編為中共工農紅軍陝甘遊擊隊，謝子長任總指揮，之後，遊擊隊消滅了栒邑（今旬邑）、彬縣、長武、宜君的部分民團，攻占了栒邑縣城。四月下旬，推行王明左傾路線的陝西省委書記杜衡（後叛變）來遊擊隊巡視工作，采取“左”的懲辦政策，把由於作戰經驗不足、兩次攻打山河鎮失利的責任全部推到指揮員身上，謝子長總指揮職務被撤，被派往甘肅搞兵運工作。五月，謝子長組織靖遠兵變，成立了中國工農紅軍陝甘遊擊隊第3支隊，任總指揮，不久在水泉戰鬥中失利，謝子長奉命返回西安。八月三十日，陝西省委委派謝子長為陝甘遊擊隊總指揮，率部南下耀縣地區，采取避實擊虛、以退為進戰術，在照金、富平、同官（今銅川）一帶殲國民黨駐軍400餘人。後北上保安，兩次進攻縣城未克，遂撤至合水平正川一帶分散活動。十二月上旬，陝甘遊擊隊改編為紅26軍，並在宜君楊家店進行整編。這時杜衡再次來到部隊，誣蔑謝子長、劉誌丹犯了“右傾機會主義”“土匪路線”“梢山主義”錯誤，撤銷了其領導職務，並擅自決定給謝子長以留黨察看處分，送上海中共中央局“受訓”。民國二十二年（1933）初，謝子長到達上海，中共中央在了解情況後，撤銷對其的錯誤處分，並分配其到北方局工作。四月，謝子長到達張家口察綏民眾抗日同盟軍吉鴻昌部第18師，協助師長許權中指揮作戰，九月，第18師被打散。十一月，中共中央駐北方代表孔原派其回陝並任駐西北軍事特派員。翌年初返回安定，根據陝北特委指示，著手恢複紅1支隊，發展武裝力量。
民國二十三年（1934）七月八日，中國工農紅軍陝北遊擊隊總指揮部在安定縣陽道峁成立，謝子長兼任總指揮。七月十七日，率部攻入安定縣城，營救出被捕中共黨員和群眾200餘人。為粉碎陝北軍閥井嶽秀部對陝北革命根據地發動的第一次“圍剿”，率部至南梁地區。七月二十八日，在閻家窪子召開紅42師連以上幹部和陝北遊擊隊各支隊幹部聯席會議，謝子長任紅26軍42師政委。八月十五日，謝子長率紅42師第3團和陝北第1、第2、第5支隊由南梁到安定，在井武塌、張家圪台作戰數次，連獲勝利，士氣大振。八月二十六日夜，在攻打清澗河口的戰鬥中，國民黨駐軍憑借有利地形和工事負隅頑抗，紅軍連攻數次，仍未攻克。謝子長重新組織力量，實行強攻，迫使守軍放棄據點，逃往清澗縣城。戰鬥中，謝子長胸部中彈，血染衣衫，指揮戰鬥直至勝利。戰後，謝子長不顧重傷在身，又揮師北上，攻打安定董家寺，擊潰一個營，徹底粉碎了國民黨對陝北革命根據地的第一次“圍剿”。九月十五日，謝子長帶傷指揮，再次攻克安定縣城，擊斃團總李丕成。時謝子長傷勢加重，在擔架上指揮作戰。