湘軍水師采用的這種編製，比綠營水師有較大的獨立性，指揮統一，機動性強。遇有戰事，傾巢出動，比較容易掌握水戰中的主動權，而不像綠營水師那樣，常常受製於陸師將領的外行指揮，坐失戰機。
4.湘軍水師的訓練和戰術
在同太平軍的長期作戰中，湘軍水師逐步建立起了一整套較完整的訓練製度，並形成了具有獨特風格的水戰戰術。對於湘軍水師的訓練，曾國藩非常重視，他提出的總要求是：“技藝極熟，則一人可敵數十人；陣法極熟，則千萬人可使如一人。”同時，曾國藩還在《水師得勝歌》中對湘軍水師訓練規定了具體作法：“第六水師要演操，兼習長矛並短刀；蕩槳要快舵要穩，打炮總要習個準；斜斜排個一字陣，不慌不忙聽號令；出隊走得一線穿，收隊排得一絡連；慢的切莫丟在後，快的切莫走在前。”對此，每個水師官兵都必須背熟，並嚴格照辦，也是各級考核的標準。
除了訓練之外，湘軍水師在宿營、維護戰船兵器等方麵也有明確的規定。
湘軍水師宿營的原則是：“小船依洲，大舟橫流，相距欲疏，以避暴風撞損。”（王定安；《湘軍記》卷二十）水師官兵平時必須食宿在船上，每天隻允許每船派一人上岸采購蔬菜等物品。違紀者“平時上岸打百板，臨陣上岸就要斬”。（曾國藩：《水師得勝歌》）依靠嚴厲的紀律，使湘軍水師始終保持戰船滿員，一遇情況就可以立即投入戰鬥。
湘軍水師平時對戰船和兵器注意保養，總的原則是：戰船保持清潔，裝備置放整齊，槍炮經常擦拭，彈藥貯備得當。這些措施，有效地提高了湘軍水師的戰鬥力。
在作戰方麵湘軍水師有自己的一些特點，如接敵首取逆風逆水，次取順水逆風，最忌順風順水。因為順風順水雖然省力，進則疾馳如飛，退就寸步難行了。
作戰初期，湘軍水師以快蟹進攻，以長龍作後備，派舢板搜索。結果戰船受到太平軍小劃攻擊，損失慘重。之後，便改變了戰術，用舢板進攻，以近戰為主，長龍擔任火力掩護和指揮之責，取得了明顯的效果。起初，戰船為避免炮傷，複蓋了漁網濕絮牛皮藤牌等物，但作用不大。湘軍水師將領楊載福、彭玉麟幹脆下令全部撤去，主張猛打快進，一直衝到太平軍火炮射擊死角以內，使太平軍火炮失去作用。在水戰中，作戰官兵皆直立在船板上，“直前無所回避”。（《曾文正公雜著》卷二）有俯首避彈者，都“以為大恥”。（王闓運：《湘軍誌·水師篇》）因此，湘軍水師的凶悍遠勝過綠營、八旗水師，就是湘軍陸師也難以與其相比，他們完全是一幫窮凶極惡的亡命之徒。
湘軍水師在作戰中有一定的陣法，特別注意保持較疏散的隊形，曾國藩在《水師得勝歌》中告誡水師：“切莫擁擠吃大虧”。湘軍水師遇到難以對付的暴風時，原則是棄舢板保大船。而戰敗時，則棄大船乘小舟歸。
上述戰法，有效地提高水師的作戰能力。
5.湘軍水師的軍餉
湘軍水師官兵的待遇很高，營官每月薪水銀50兩，辦公銀150兩，亻夫價銀60兩，共計260兩；哨官每月餉銀18兩；頭篙、舵工6兩；艙長4兩8錢。（《曾文正公奏稿》卷二三）水師統領凡3000人以上的，每月加銀100兩，5000人以上的加200兩，萬人以上的加300兩。1個水師營每月支銀1911兩2錢。（王闓運：《湘軍誌》篇十五）
湘軍水師的薪餉靠就地自籌，主要是靠辦捐輸、運餉鹽、興厘金、撥丁漕、請協濟、提關稅、收雜捐7種辦法。後來，湘軍水師由於控製了長江中、下遊水麵，不僅糧草供應有了保障，而且餉源也更多了，這也是湘軍擊敗太平軍的一個重要因素。
6.長江水師
同治四年（1865年），在太平天國運動失敗之後，湘軍水師主力奉命改編成清軍經製長江水師。
新成立的長江水師基本上按照綠營水師軍製進行整編。長江水師的最高將領為水師提督，歸兩江總督和湖廣總督節製。首任長江水師提督為黃翼升。
長江水師共有官兵1.2萬餘人，戰船774艘，分編為24個水師營。其中，提標5個營、嶽州鎮4個營、漢陽鎮4個營、瓜洲鎮4個營、湖口鎮5個營及狼山鎮2個營（兼轄）。長江水師的營可以分成3種：即副將營、參將營、遊擊營。各種營的官兵人數、戰船數量都有一定的規定。比起原來的綠營水師，長江水師營官的級別要高得多。水師副將營，共有6個，每營官兵770多人，督陣大舢板1艘、長龍2艘、舢板40艘；參將營，共有7個，每營官兵520多人，督陣大舢板1艘、長龍2艘、舢板30艘；遊擊營，共有11個，每營官兵370多人，督陣大舢板1艘、長龍2艘、舢板20艘（嶽州和漢陽鎮標中營營官雖為遊擊，但戰船編製卻仿照參將營）；提督、各鎮總兵配有督陣大舢板2艘。
督陣大舢板每船設哨官1人（外委），水兵20人（舵手1人、頭兵1人、炮手2人、槳手16人）。長龍每船設哨官1人（都司或守備）、水兵25人（舵手1人、艙兵1人、頭兵1人、炮兵4人、槳手18人）。舢板每船設哨官1人（千總、把總或外委）、水兵14人（舵手1人、頭兵1人、炮手2人、槳手10人）。
總兵以下至遊擊，可在戰船收泊處岸上建立一辦公地點。但必須“以船為家，不得在署常居。都司、守備各官以至兵丁，不得陸居”。（《清史稿》卷一三五）總兵配有座船3艘、副將、參將、遊擊各2艘，守備以下軍官1艘。
長江水師提督在安徽太平府設立衙門，在湖南嶽州設立行署，各駐半年。提標水師轄有中營（副將營，駐太平）、金陵營（參將營）、裕溪營（參將營）、大通營（參將營）、蕪湖營（遊擊營）。