水師嶽州鎮標轄有：中營（遊擊營，駐嶽州）、荊州營（副將營）、沅江營（參將營）、陸溪營（遊擊營）。
水師漢陽鎮標轄有：中營（遊擊營，駐漢陽）、田鎮營（副將營）、簰州營（參將營）、巴河營（遊擊營）。
水師湖口鎮標轄有：中營（遊擊營，駐湖口）、安慶營（副將營）、吳城營（參將營）、饒州營（參將營）、華陽營（遊擊營）。
水師瓜洲鎮標轄有：中營（遊擊營，駐瓜洲）、孟河營（遊擊營）、江陰營（副將營）、三江營（遊擊營）。
狼山水陸鎮標總兵兼受兩江總督、江南水陸提督和長江水師提督管轄，該鎮中歸長江水師提督指揮的有：綏海營（副將營，駐海門）和綏通營（遊擊營，駐通州，即今南通）。
長江水師每月兵餉、雜費共需銀5萬餘兩，主要來自在嶽州、漢口、湖口、大通、瓜洲五口設卡抽稅。長江水師在漢陽、吳城、金陵草鞋峽設立船局；在安慶、武昌設立火藥局；在長沙設立子彈局。此外，還不時地向外商購買一些槍炮彈藥。
長江水師擔負從荊州到長江口的水麵巡防任務，以哨官為專汛，以營官為本轄，各負其責。遇有作戰或會操時，各地的總督、巡撫有權調動駐所轄地區的長江水師部隊，而日常訓練和營務等事宜則統由長江水師提督負責。
淮軍水師
同治元年（1862年）初，在太平軍的淩厲攻勢下，江蘇巡撫薛煥的綠營戰敗，上海陷於一片混亂。曾國藩為保住上海，令李鴻章帶領由部分湘軍和新招的兵丁共13個營，6500名官兵馳援。這支援軍到達上海及蘇南地區後，迅速膨脹，後來竟擴充到200多個營，10多萬人，這就是著名的淮軍。淮軍由於在上海等地作戰，比較容易獲得外國製造的包括後膛槍炮在內的新式武器，成為當時清軍裝備最精良的部隊。太平天國失敗後，湘軍陸師截撤，而淮軍則多數被保存下來，駐防直隸和江淮沿海地區，演變成防軍。
淮軍也有一支水師，這是在李鴻章到達上海後逐漸組建的。其軍製幾乎完全沿襲湘軍水師，但也有自己的特點，這就是沒有水師統領，而是各自立營，為陸師作戰充當配角。由於裝備了較多的“洋槍”、“洋炮”，淮軍水師是當時中國水師中火力最強的。
水師善字營，這是淮軍組建最早的一支水師部隊。它的前身是安徽無為外委孫善成指揮的5艘炮船。孫善成出身於湘軍外江水師，很有水上作戰經驗。李鴻章原想將該部編入淮揚水師之內，但因故未成。於是，就單獨成立了水師善字營，隨淮軍主力東援上海。
水師師船營，這是李鴻章到上海以後，將原駐守該地的水師曾秉忠部接收改編的。當時，曾秉忠部擁有船隻360艘，是由廣東水勇組成。人員和船隻雖多，但戰鬥力不強。李鴻章大刀闊斧，攔腰砍去一半人員和破舊船隻，留下的編成師船3個營，分別由曾守忠、蔡謂川、曾敏行統帶。
水師魁字營，該部原為鄭國魁、鄭國榜所率領的槍船，水兵成分大多數是皖北一帶販運私鹽的團夥成員，十分凶悍。槍船編人淮軍後，改編成水師魁字左、右營，鄭國魁、鄭國榜分任2個營的營官。在淮軍水師中，該部戰鬥力最強。
水師銘字營，這是淮軍將領劉銘傳部所轄的，共有2個水師營，營官是馮席珍、靳春和。
水師鼎字營，這是淮軍將領潘鼎新部所轄的，營官是徐道奎。
此外，還有張遇春部所轄的水師春字營，李正佩統帶的水師親兵營等。
以上淮軍水師各部合計有10多個營，戰船和人員不算少。但各營均配屬給陸師將領指揮，形不成合力，無法象湘軍水師那樣進行獨立作戰。因此，在擊敗了太平軍和撚軍後，就大部分被裁撤了。
淮軍除轄本建製水師外，還有兩支配屬的水師，一支是淮揚水師，一支是太湖水師。
淮揚水師是曾國藩於鹹豐十年（1860年）開始組建的一支新水師，統領為原湘軍外江水師將領黃翼升。次年四月，淮揚水師仿照湘軍水師軍製建立了9個營，以歐陽利見、蔡東祥、王東華、陳東友、張元龍、張光泰、楊宏勝、成俞卿、賴榮光分任營官。這9名營官全是從湘軍水師中調來的。
李鴻章援救上海時，淮揚水師奉命隨同前往，接受李鴻章指揮。當時，淮揚水師約5000人，是李鴻章手下的一支重要兵力。到上海後，淮揚水師又擴充了3個營，營官分別為張學仕、龍玉麟、李才喜。淮揚水師的水兵募自湖南，戰船在湘、鄂等地建造，火炮是從廣東購的舊“洋炮”，最初的軍餉是曾國藩從華陽鎮厘金中支用的。
同治元年（1862年）五月，黃翼升帶領淮揚水師衝過天京江麵，分駐浦口、三江營和上海。六月，到上海的戰船共有82艘。
在太湖水師到達蘇南之後，淮揚水師曾與之協同作戰，攻擊當地的太平軍。不久，淮揚水師奉命調往淮河地區，脫離李鴻章指揮。長江水師成立時，該水師大部編入長江水師建製。
太湖水師是曾國藩於同治元年（1862年）八月在安徽創建的。該部戰船均為銅陵建造。官兵大多來自湘軍外江水師，統領也由外江水師的李朝斌擔任，湘軍內江水師也抽出了部分兵力和戰船予以加強。太湖水師共編成10個營，編製也與湘軍水師相同。
同治二年（1863年）七月，應李鴻章的要求，曾國藩命令李朝斌帶領太湖水師趕赴蘇南地區作戰，擊敗了太平軍水營最後一批有生力量，太平軍水營最高統帥——航王唐正財也不幸陣亡。
太平天國運動失敗後，太湖水師減為7個營，改成清軍經製部隊，仍稱太湖水師，隸屬於江南水陸兼轄提督。同治八年（1869年），太湖水師又奉命縮編成江蘇裏河水師5個營。