明政府內部的爭鬥，給後金帶來了組建水師的有利條件。毛文龍被殺後，其部屬孔有德、耿仲明受到排斥，在登州舉兵反叛明政府，帶領一支水師衝破明軍堵截，於明崇禎六年（後金天聰七年，1633年）五月到鎮江堡投奔後金，成為後金外海水師的基礎。
孔、耿軍從登州奪取了300餘門炮，其中12門為紅夷炮。紅夷炮是當時西方研製的新型火炮，身管長，管壁厚，彈道低伸，射程遠，命中率高，威力大。努爾哈赤就是在寧遠之戰中被這種炮擊傷後不治身亡的。
孔、耿軍水師歸順後金僅1個月，就配合後金陸軍向旅順發動猛攻。當時，東江鎮明軍水師奉命赴鴨綠江口執行任務，旅順空虛。七月，萬餘名後金軍步、騎兵直撲旅順，從陸上正麵強攻。另有一支後金部隊乘船、筏渡海，抄襲旅順後路。黃龍督部拚死抵抗，擊斃了大量後金官兵。由於力量對比懸殊，黃龍終於兵敗自刎，旅順失守。後金軍控製旅順這個海防重地後，又獲得了一批船隻，既解除了後顧之憂，又可威脅登、萊，戰略上更為主動。孔有德、耿仲明分別被皇太極任命為都元帥和總兵。
次年，明軍廣鹿島水師副將尚可喜又率部叛明，攻占長山島等島嶼後，歸順後金，更增加了後金水師的力量。尚可喜也被授予總兵。皇太極還將孔、耿、尚等部的官兵編為漢軍八旗，提高他們的地位。
明崇禎九年（清崇德元年，1636年）冬，清軍（從四月起，後金改稱清）10萬兵馬由皇太極親自率領，從盛京出發，大舉入朝。孔有德等人指揮的清軍水師奉命配合陸師進攻朝鮮近海的皮島、雲從島、大花島及渤海的鐵山等島。
次年二月，清軍水師集中水師主力，以及新近歸順的朝鮮水軍，一起向皮島進攻。明軍總兵沈世奎率部抵禦。血戰月餘，清軍始終未能得手。皇太極又命十二弟、武英郡王阿濟格統領水陸大軍再次進攻皮島。
四月八日夜，部分清軍及助戰的朝鮮兵分乘70餘艘戰船列陣於身彌島海麵，擊鼓進兵，吸引住皮島守軍的注意力。八旗護軍則在水師掩護下，乘船繞到皮島西北海岸登陸。由於該處守軍疏於防備，清軍順利上岸，並向皮島縱深挺進。在前後兩路清軍的夾擊下，皮島明軍萬餘人大部戰死，一部被俘，沈世奎被擒斬首。
明崇禎十一年（清崇德三年，1638年）二月，在彈盡糧絕、走投無路的情況下，沈誌祥率駐石城島明軍2500多人向清軍投降。至此，遼東和朝鮮近海島嶼上的明軍蕩然無存，長達17年之久的遼東沿海爭奪戰終於結束。清軍消除了後顧之憂，便可集中全力向西進攻了。6年後，八旗鐵騎進入山海關，橫掃全國。
在進攻朝鮮前後，清軍內河水師還配合騎，步兵征服了散居在烏蘇裏江、鬆花江上遊、綏芬河流域及濱海地區（今俄羅斯境內）的瓦爾喀各部落。從而使清軍有了更加安定的後方。
清朝軍隊打天下主要是依靠騎兵。但水師也起了重要的作用，特別是在遼東半島及近海島嶼的爭奪戰中，水師的作用更加明顯。在征服東北各部落的作戰中，水師的作用也不容忽視。在戰鬥中創建起來的清軍水師，是人關前清軍的重要組成部分，隸屬於八旗各部，構成了八旗水師的基礎。