訓練和巡邏是清軍水師兩項基本的日常任務。清軍水師作戰和執行重大任務時，通常是根據作戰規模或任務需要，從水師各部隊抽調官兵和戰船，臨時編組部隊，而很少使用原來的建製單位。作戰結束或任務完成後，官兵和戰船歸還原建製單位。清軍水師的訓練和巡邏卻是完全按建製單位進行的，而且有較完整的規章製度。清軍水師日常訓練和巡邏主要是培養官兵的基本軍事技能，如駕船、射擊等，而協同作戰的能力則主要是在戰鬥中獲得鍛煉提高。
水師的訓練
清朝前期，水師訓練比較嚴格，並製定了一些規章。同步兵、騎兵相比，水兵訓練不僅要提高單兵的素質，更強調增強每艘戰船的整體作戰能力。
八旗水師各部一般由駐地的將軍或正、副都統率領，開赴預定海麵或江麵進行會操。在海上會操的有八旗天津、奉天、福州、廣州、乍浦水師，戰船通常在海口附近演練防守海口的戰術，很少到遠海去練兵，因此缺乏遠海作戰能力。在江河上操練的有八旗江寧、墨爾根、吉林、齊齊哈爾等水師。每年四至八月間，各地八旗水師於潮平風順時，張帆起碇，列陣啟航，鳴炮操練。官兵們體驗“風色水性”，練習“駕駛、行陣等法”和“鳧水、打槍、鬥械、爬桅”等技能。其餘時間，各部在營地進行基本操練，講習水上戰術。綠營水師訓練情況也大致相同。每年春、秋二季，各地綠營水師在駐地主將的指揮下，“乘艦列陣，揚帆駛風，鳴角發炮，操演鹹如軍律。”（《粵誌》卷五、《清史稿》卷一三九）清政府經常派出官員檢閱各地水師的會操。
清政府多次下令各地將領，要求提高水師的訓練質量。雍正五年（1727年），清政府命令八旗江寧將軍“督旗兵習水戰”，並指示江南、江西各地水師官兵除操練弓箭、鳥槍之外，還須增習大刀、藤牌、鉤鐮槍、過船槍、斧、鉞、鏢等兵器，提高接舷作戰和登陸作戰能力。
福建水師重視培養水兵遊泳和爬桅技能，不少水兵可以在風浪中爬上戰船桅頂懸掛號旗或踩水舉槍射擊。湖廣水師1000多名水兵擁有400支鳥槍，注意提高射擊水平。清政府從福建水師挑選“精卒”，前往“技藝生疏”的浙江水師和“不諳戰務”的奉天水師擔任教習，幫助浙江和奉天水師進行訓練。
清朝中期，由於多年沒有大規模水戰，各地水師訓練逐漸鬆弛。這種狀況，引起清政府重視。乾隆十年（1745年），清政府“以沿海水師，經大臣察閱，其操演多屬具文，未諳水務，通飭將軍、督、撫、提、鎮，實心訓練甄別”。（《清史稿》卷一三九）嘉慶十一年（1806年），嘉慶帝指責沿海各地將領：“當乾隆五十五年，曾嚴飭統兵官實力訓練舟師，乃日久玩生，弁兵於操駕事宜，全不練習，遇放洋之時，雇用舵工，名為舟師，不諳水務”，並命令“嗣後通飭所轄各營，勒期訓練，一切帆舵各技，務皆嫻習。其最優者，不次擢用，惰者懲之。”（《清史稿》卷一三五）盡管如此，但水師訓練並無轉機。