美軍在伊拉克濫殺無辜者的醜聞也不時傳出。2005年底，駐伊美國海軍陸戰隊曾通報稱，2005年11月在伊西部哈迪塞村圍剿反政府武裝時，他們發現15名哈迪塞村民遭到路邊炸彈的襲擊。美軍車隊隨即給予了還擊，又打死了8名反美武裝分子。但是，美國《時代》周刊2006年1月在采訪哈迪塞村村民及現場目擊者後披露，哈迪塞村的慘案是這些來自駐伊美國海軍第3軍第1陸戰隊的士兵的“傑作”，他們殘忍地殺害了24名手無寸鐵的平民，死者中有7名婦女和3名兒童。隨後美軍被迫對這一事件展開調查，調查的結果可能是，特拉薩斯的戰友在其被炸死後情緒失控，他們冷酷地殺害了24名手無寸鐵的平民，其中包括婦女和兒童。12名海軍陸戰隊員正麵臨軍事法庭的審判，他們甚至有可能被控謀殺。曾當過海軍陸戰隊員、來自賓夕法尼亞州的民主黨眾議員約翰默撒說，“由於麵臨巨大壓力，我們的戰士采取了過激反應，這才會殘酷地殺害無辜平民。”伊拉克遜尼派副總統塔裏克·哈希米對《泰晤士報》說：“這是場災難，他們激怒了所有伊拉克人，尤其是遜尼派阿拉伯人，他們這是把伊拉克人推到全國抵抗運動那邊去……沒準有些人現在已經對‘基地’組織感到認同了。”繼美國總統布什將阿布格裏卜監獄虐囚醜聞稱作美國“最大的錯誤”，以及承認2003年對伊拉克叛亂分子說“讓他們來吧”可能“發出了錯誤信號”之後，該案件將會成為他的又一次重大錯誤。
2006年3月15日晚，伊拉克拜萊德鎮附近阿布希法村的村民對夜晚隆隆的炮聲早已習以為常，駐伊美軍正在那一地區搜捕反美武裝分子。美軍士兵衝出一架剛剛著陸的“奇努克”直升機，直奔法耶茲的居所而去，一路上邊跑邊開槍。不久，屋內便傳來女人和孩子們的尖叫聲。據伊拉克警方說，從房子的廢墟中挖出了11具屍體，其中包括4名婦女和5名兒童。孩子中，最大的5歲，最小的隻有6個月。據奈特·裏德報係一位美國記者獲取的警方的正式報告說：“美軍將這個家庭所有11名成員集中到了一個屋，然後將他們全部殺死。”
2006年5月31日《紐約時報》報道說，兩名伊拉克婦女在巴格達以北被美軍無辜射殺，其中1人是即將臨盆的孕婦。這進一步激起了人權組織對五角大樓指揮官未能製止美軍在伊拉克的不當行為的擔憂。
美國五角大樓迄今已宣布對至少600起在伊拉克、阿富汗發生的美軍虐待或襲擊事件展開調查，並宣稱對230多名美軍士兵進行了處分或懲罰。但來自美國3家人權組織作出的聯合調查報告顯示，幾乎所有被軍方認定有“不適當行為”的士兵都隻受到了“行政”處罰，如降級、扣薪、加班等。真正被判監禁的士兵屈指可數。然而哈迪塞鎮和阿布希法村兩起事件提供的證據表明，五角大樓越來越難以將美軍嚴重的不當行為說成是恐怖分子的同情者。
正因為如此，美軍在伊拉克不斷遭到襲擊，根據美聯社的統計，2003年3月美國發動伊拉克戰爭以來，到2006年8月上旬，已有至少2595名美國士兵在這裏陣亡，而在43天的戰爭中，美軍隻死亡了150人。伊拉克政府官員、警察等公務人員也不斷遭到襲擊。連伊拉克臨時監管委員會主席薩利姆也於2004年5月17日在位於巴格達市中心的駐伊聯軍總部院外遭到自殺式汽車炸彈襲擊，包括薩利姆在內的10名伊拉克人遇難，另有8人受傷。