2006年3月，巴格達地區的薩德爾城遭遇汽車炸彈襲擊後，伊境內掀起了又一輪宗派仇殺的高潮。僅3月13日到14日兩天，當局就在各地發現了至少87具屍體，從死者的情況看，他們大都死於宗派仇殺。3月12日，什葉派穆斯林居住的薩德爾城地區兩座市場遭到了汽車炸彈和迫擊炮的襲擊，傷亡慘重，至少58人死亡，超過200人受傷。這起事件發生後，伊拉克境內的什葉派武裝立即展開了報複行動。從13日早上開始就不斷有遭到仇殺的人員屍體被發現，這種情況一直延續到第二天。最令人震驚的是，14日，當局竟然在巴格達的一個什葉派居住區發現了一個集體墳墓，並從裏麵拖出了29具屍體，這些被害者身上隻穿了內衣。這種宗派仇殺高潮之前也曾經出現過。此前的一個月，在薩邁拉的什葉派聖地阿斯卡裏清真寺金頂遭襲被毀後，伊拉克境內便出現了一次報複、仇殺的高潮，共有500多人在這輪襲擊中死亡，多數是遜尼派穆斯林和宗教人士，此外還有數十座清真寺被毀。14日當天，美國軍方宣布，又有2名美國士兵在伊拉克安巴爾省的戰鬥中遇難。3月16日，美伊聯軍發動自2003年以來最大規模的軍事行動，打擊盤踞於薩邁拉的伊抵抗武裝。
薩邁拉位於伊拉克首都巴格達以北95公裏。此次大規模的空襲行動取名為“蜂群行動”，美軍共出動了50架戰鬥機、1500名美伊士兵及200輛戰車，行動的目標是伊拉克中部城市薩邁拉市附近的可疑武裝分子。美軍在一份聲明中稱，此次襲擊行動開始於當天早上，並將持續數天時間。該市的什葉派穆斯林聖地阿裏·哈迪清真寺遭炸彈襲擊，隨後引發了大規模的宗派衝突和仇殺，將伊拉克推向了內戰的邊緣。8月底，伊拉克政府軍與什葉派武裝發生大規模衝突，造成40多人死亡。
美軍虐待伊拉克戰俘、強奸伊拉克少女、濫殺無辜的行為，也引起伊拉克民眾的廣泛不滿。越來越多的伊拉克人流露出既厭惡美軍，也不歡迎那些到處製造流血襲擊的極端主義分子的情緒。
2004年2月，有媒體披露，美軍在伊拉克的阿布格裏卜監獄虐待俘虜，4月虐俘照片曝光並引起國際社會公憤。美國國防部長拉姆斯菲爾德迫於各方壓力，於5月下令組成調查小組，對虐俘事件進行調查。8月25日美國陸軍公布的調查報告承認，參與伊拉克阿布格裏卜監獄虐俘事件的美軍人數之多超出了已知的數字。這份主要由美軍陸軍少將費伊起草的報告說，調查發現，有27名美國軍事人員“鼓勵”或“參與”了阿布格裏卜監獄虐俘事件，其中，一些人的行為被人抓拍後於今年4月曝光，已成為世界性醜聞。報告指出，涉嫌的23名美國軍事情報人員和4名美國保安公司的工作人員至少直接參與了44起虐俘行動，比如脫光戰俘衣服進行拷打、撞牆、疊羅漢、係脖子，有些美軍士兵甚至比賽，看誰能夠用軍犬恐嚇年輕的伊拉克戰俘，迫使他們往自己身上塗抹糞便。
12月，剛被布什再次指定坐五角大樓頭把交椅的國防部長拉姆斯菲爾德還來不及品嚐連任的喜悅，又從伊拉克戰區傳來一起特大醜聞：堪稱美國三軍最精銳的特種戰部隊-“海豹”突擊隊官兵虐待伊拉克俘虜的照片曝光。更令人擔心的是，這起美國官兵虐待伊拉克戰俘的事件發生得比阿布格裏卜監獄虐囚事件要更早，手段更惡劣！接連曝光的美軍虐囚事件無異於狠打美國五角大樓有關“虐囚隻是少數現象”說法的耳光。與此同時，2005年5月25日，美國公民自由聯盟公布的聯邦調查局和其他機構根據聯邦法院命令向其提供的解密文件顯示，關塔那摩囚犯早在2002年4月就曾指責監獄看守虐待他們，並粗暴對待《古蘭經》。其中一份文件顯示，一名囚犯在接受聯邦調查局特工審訊時，曾指責監獄看守把一本《古蘭經》衝入馬桶。