可好景不長，雄踞兗州的曹操，為報殺父之仇，在漢獻帝初平四年（193）和興平元年（194）接連兩次興兵進攻徐州。特別是第二次進攻，戰火遍及徐州所轄各縣，諸葛亮的家鄉也深受戰亂之苦。
為避戰亂，作為一家之主的諸葛玄決定舉家外遷。可遷往何處呢？恰在這時，坐鎮淮南的揚州軍閥袁術派人給諸葛玄送來一封信，邀請他擔任豫章郡太守。諸葛玄喜出望外，決定帶一家老小去豫章赴任。
諸葛瑾這時已成年，頗有見識，建議叔父先帶其他人去豫章赴任，而自己和繼母留在家鄉，變賣家產後再去豫章會合。諸葛玄認為此計甚好，就同意了。
由徐州北部的琅玡陽都南下前往豫章，途中要經過一些戰亂區。一路上，諸葛亮親眼看到了社會黑暗和戰亂帶來的惡果，肥沃的中原已經土地荒蕪，沒有莊稼；老百姓扶老攜幼，顛沛流離，生活沒有出路，不少人在饑餓和兵荒馬亂中死去。他的思緒很不寧靜。十四歲的諸葛亮所目睹的天下百姓的悲慘景象，對他的人生觀產生了深遠的影響。
諸葛玄到豫章上任不久，東漢朝廷又派朱皓為豫章太守。朱皓來上任時，還從揚州刺史劉繇那裏請來軍隊，強行趕走諸葛玄。諸葛玄力薄勢孤，沒有辦法抵擋，隻得匆匆撤離。家鄉是不能回去了，但要找一個能夠安身的地方。
當時比較安定的地方，一個是江東孫權的屬地，一個是淮南袁術的地盤。諸葛瑾變賣家財後，還未來得及到豫章會合，叔父這邊就出了變故。無奈，他帶著繼母一起跑到江東，後經由孫權的姐夫弘谘推薦，與魯肅一起在孫權身邊做了一名賓客。
諸葛玄把諸葛亮等帶到了襄陽（當時的荊州治所，今湖北襄樊市），投奔他的老朋友荊州牧劉表。他們經過十幾天的舟楫顛簸之苦，終於來到了荊州。劉表接待、安置了他們。
自此，一家人在戰亂中離散，各奔東西。
諸葛玄到襄陽後，成為劉表府裏的幕僚。過了沒多久，他把大侄女許配給蒯祺，把小侄女許配給龐山民。此二人都是襄陽的望族。
兩個侄女出嫁了，諸葛玄又開始操心諸葛亮兄弟的前程。於是，諸葛亮被送進劉表辦的“學業堂”裏讀書。諸葛亮在“學業堂”結識了同窗好友徐庶、石廣元、孟公威，還有和徐庶同住在檀溪的崔州平。後來，諸葛亮又結識了龐統、楊頤、楊儀、馬良、馬謖、陳震、廖化、向朗等好友。
雖然暫時有了安身之所，但諸葛玄總覺得自己寄人籬下，不是長久之計，又為子侄的前程擔心，難免心緒不安。結果憂憤成疾，一病不起，與世長辭。叔父的去世，使年輕的諸葛亮更加孤苦伶仃，沒有親人照顧了。
從黃河流域來到長江流域，由北向南，再由東向西，輾轉千裏。流離漂泊的生活和遭遇，使諸葛亮增長了不少見識。他意識到家庭、個人的命運是和整個社會緊密地聯係在一起的。
由於顧及老朋友的情誼，劉表沒有將諸葛亮兄弟趕走，仍然照顧他們的生活。但是，諸葛亮是一個有誌氣的青年，他想到自己已經十六七歲了，不應總是仰人鼻息，長期靠人施舍過活。他決心靠自己的努力，克服困難，闖出一條路來。他去見劉表，表明了自己的意願。劉表很高興，幫助他們在襄陽城西二十多裏一個叫隆中的地方，置了點田產，兄弟二人在這裏定居下來。時為公元197年。從此，隆中便成為了諸葛亮的第二故鄉，他在這裏開始了所謂的隱居生活。
諸葛亮為什麼離開劉表的庇護，到隆中隱居呢？因為他發現，劉表並不是一把值得依賴的“保護殺。
當時，劉表以“八顧”之一而著稱，但他心胸狹窄，“外貌儒雅，而心多疑忌”。因此，懷才抱藝之士，多棄他而去。如“劉備奔表，表厚待之，然不能用”；別駕韓嵩探查曹操虛實，劉表反而懷疑韓嵩通敵，想殺掉韓嵩，虧得他的妻子蔡氏說合，才囚而不誅；禰衡是當時的名士，劉表不能用，便送給江夏太守黃祖，結果被黃祖所殺。又如龐統、馬良、馬謖、楊儀等人，都曾投奔他，卻不能為他所容，後來都成了劉備的謀士或戰將。
總地來說，劉表目光短淺，沒有理想和抱負，苟安於荊州一隅，非霸主之器，致使誌士離心。因此，諸葛亮對劉表很失望。他認為，在這個弱肉強食的亂世，跟著劉表不僅沒有前途，甚至還有生命之虞。
到建安二年（197），曹操、袁紹、呂布、孫策等各霸一方，袁術又在淮南稱帝，戰爭連年不斷，國家形勢異常混亂，群雄爭霸尚不知鹿死誰手。而原來還比較安寧的荊州，從建安二年的五月開始，由於曹操進攻宛城的張繡，戰火燒到了荊州，引起此地的人心不安。
在這強者兼並弱者的嚴酷形勢下，劉表隻求自保一州，而不思進取；荊州又處於天下必爭之地，隨時都有被人吞並的危險。在這種情況下，唯有銳意進取才有生路，一味偏安，哪有前途呢？諸葛亮也許正是看出劉表難成大事，又不願投靠別的軍閥，所以才選擇暫時隱居。
再者，諸葛亮的叔父諸葛玄求安思想對他影響較大，這讓他事事謹慎，知道荊州不可能長治久安，遂決定隱居躲避。後來他在《出師表》中說的“苟全性命於亂世，不求聞達於諸侯”，正是反映了當時真實思想。
同時，諸葛亮想找一個適合自己的環境，埋頭苦讀，積極探索治國安邦之道。
諸葛亮出身名門世族，身上有先祖遺風，又受到過良好的儒家教育，特別是顛沛流離中目睹和經受了戰亂之苦，使他產生了鏟除群雄、平定戰亂、統一天下的偉大抱負。但他也知道，要實現人生抱負，必須有擔當重任的才能，所以，他要移居隆中，為自己找一個好的環境來從事躬耕、苦讀。
隆中是一個山清水秀又很幽靜的地方，有名的沔水從北麵緩緩流過。從一個不大的穀口進去，再走三四裏山路，便是隆中村。史書記載說，諸葛亮在這個山村裏“結草廬而居”，還親自耕種過田地（《三國誌·諸葛亮傳》）。因為這時的諸葛亮無家資財產，生活來源沒有保障，除倚仗親友的接濟外，隻能不時的親自參加農業勞動，以補衣食的不足。
史書上沒有記載他在襄陽和隆中時期讀了什麼書，但從他出山後治軍治國方略中可以推斷，他在青少年時代熟讀了儒家的經典，又廣泛地閱讀了法家、兵家、道家、墨家等書，接受了諸子百家的思想。
他後來為劉禪手抄《申子》、《韓非子》、《管子》，這些都是法家著作，《六韜》是兵書。他把這些書抄寫給劉禪學習，說明他早已對這些書有過研究。
諸葛亮在隆中除了種地、讀書，研究天下大事外，同時他還練習書法、研究音樂和繪畫，使自己成為一個綜合性人才。
在書法方麵，諸葛亮從幼年到青年一直進行練習和研究。他能寫多種字體，而尤其以篆書、草書最為出色。
在宋代，諸葛亮的書法作品作為有示範意義的“法帖”流行於世。 北宋時，皇宮內還珍藏有他的書法作品。
在音樂方麵，諸葛亮精通音律，喜歡操琴吟唱，有很高的音樂修養。更重要的是，諸葛亮不僅能吟唱、操琴，而且還會製作樂器——七弦琴和石琴。他還寫了一部音樂理論專著《琴經》。
可見，諸葛亮在隆中時期是他的積累階段，為以後在政治舞台上施展身手打下了堅實的基矗
諸葛亮定居隆中之後，全家在鄉親們的幫助下，克服了困難，很快適應了山村生活，開始走上了自力謀生的道路。這裏看不到戰火硝煙，耕讀生活倒也安定清靜。但是諸葛亮是一個有抱負的青年，他並不滿足於恬靜的田園生活，他時刻關心社會上的事情，渴望有更多學習機會，以便將來幹出一番事業。
戰亂中顛沛流離的遭遇，山村中粗素清苦的生活，以及勞動中與下層民眾的接觸，使諸葛亮對勞動人民的生活狀況、思想感情有了比較深入的了解，使他的思想感情與廣大勞動人民的思想感情有一些接近之處，這對諸葛亮政治理想的形成，產生了相當大的影響。
荊州地區當時戰亂相對較少，中原地區的不少人都到這裏來避亂。其中有些年輕的地主階級知識分子，如博陵的崔州平，潁川的徐元直（徐庶），汝南（今河南平輿縣）的孟公威等，都是其中的佼佼者。他們都厭惡當時腐敗的政治和戰亂不休的局麵，都有改善政治、安定社會的抱負。他們常常在一起研習經史、切磋學問、讀書吟詩、談古論今、品評人物、砥礪誌氣，很是投合。諸葛亮原先在“學業堂”與他們同窗，又因誌趣相投，日後經常往來，遂結為推心置腹的朋友。
有一天，崔州平、徐庶、孟公威三人到隆中來與諸葛亮聚會。他們在山上的茅舍中邊品茶、邊聊天，欣賞著周圍山川的秀麗景色。
這時，諸葛亮已經是一個二十歲出頭、身材高大、相貌堂堂的青年，談到天下大事時，他不禁歎了一口氣說：“當今天下大亂，豪強割據，戰亂不休，整個中原就像一個大屠場，老百姓哪裏還有活路啊！我們也不能終日談文論賦，應該做一點於國家百姓有益的事才行啊！”
崔州平說：“此言正合我意。但是，我們有心建功立業，怎奈英雄無用武之地，怎麼辦呢？”
諸葛亮說：“自古以來，天下總是由亂而治，又由治而亂。當今天下大亂，總有一天要走向天下大治的。由亂而治，需要各種人才，我們隻要靜觀其變，選擇明主，將來還怕不能幹出一番事業？”
孟公威說：“依兄長之見，我們日後的成就如何？”
諸葛亮笑道：“各位平時都能用功讀書，又注意了解時勢，以你們的才幹，將來一定可以做到刺史、郡守。”
徐庶便問諸葛亮：“你說我們將來可以當刺史、郡守，那麼你將來能做什麼呢？”
諸葛亮笑了笑，卻沒有回答。
其實，“少有逸群之才，英霸之器”的諸葛亮，他的抱負是何其遠大！史書記載說他每自比於“管仲、樂毅”（《三國誌·諸葛亮傳》）。管仲是春秋時期齊國的大政治家，曾輔佐齊桓公整頓國政，進行一係列改革，使原來貧弱的齊國很快富強起來，成為春秋五霸之一。樂毅是戰國時期燕國的名將，燕昭王時，他曾經領兵打敗齊國軍隊，取得了連克七十多座城池的卓越戰績。春秋戰國時代諸侯割據紛爭的局麵，和東漢末年軍閥割據混戰的局麵非常相似。
諸葛亮常常自比管仲、樂毅，說明他有出將入相、治國安邦的抱負，希望能夠輔佐明君，在亂世中施展自己的才能，建立“豐功偉業”。對此，當時的一些人還不了解，甚至認為他有些狂妄。燕雀安知鴻鵠之誌哉！但他的好朋友崔州平、徐元直等了解他、佩服他，“謂為信然”。諸葛亮對他的幾個朋友的評價，也是實事求是的。後來他們在曹魏方麵確實都做了刺史、郡守一類的官。如石廣元曆任郡守、典農校尉，徐元直官至右中郎將、禦史中丞，孟公威做過梁州刺史、征東將軍。官位都不算低。後來，諸葛亮任蜀漢丞相時教育群臣說：“昔初交州平，屢聞得失，後交元直，勤見教誨。”這是他對青年時期好朋友們的回憶，從中可以看出這批胸懷大誌的青年之間互相勉勵，互相幫助，以誠相待的友情。
諸葛亮在隆中“隱居”期間，心情並不平靜。他想投身到政治舞台，早日實現自己的政治抱負，可是諸葛亮又怕輕率地投奔一個碌碌無為、剛愎自用的軍閥，很難保證自己政治抱負的實現，也容易受到嫉妒和陷害。因此，他一直躑躅不前。在未遇明主之前，隻好耐心等待，創造條件。《三國誌》記載諸葛亮經常 抱膝長嘯，好為《梁父吟》，借以抒發自己的複雜心情。《梁父吟》是一種曲調的名稱，用這種曲調寫的詩歌不止一首。相傳請葛亮所吟誦的《梁父吟》原文是這樣的：
步出齊東門；
遙望蕩陰裏。
裏中有三墳；
累累正相似。
問是誰家塚；
田疆古冶子。
力能排南山；
文能絕地紀。
一朝被讒言；
二桃殺三士。
誰能為此謀；
國相齊晏子。
田開疆、古冶子和公孫捷是春秋時代齊景公門下的三個壯士，因為他們三個恃功自傲，逐漸成為國家的禍害。國相晏嬰便要相機除掉他們，以免他們繼續危害國家社稷。晏嬰聰明無比，利用齊景公巧妙地殺掉了這三個人：賞給三個壯士兩隻桃子，叫他們各自估量自己的功勞，功勞大的可以吃桃。結果三人因爭功而自相殘殺。這就是二桃殺三士的故事。諸葛亮經常吟詠這首詩歌，從側麵也反映出他願意輔助賢明有德的君主，擁有成就一番像管仲、樂毅那樣事業的理想和抱負。
在隆中這個偏僻的小山村，諸葛亮度過了十個寒暑。這十年，對諸葛亮來說，是不平常的。但是，他並沒有被困難所嚇倒，而是迎著困難走出了自己生活的道路。來到隆中的開始幾年，人地生疏，無親無友，生活的重擔，自然主要由他承受。然而，最大的困難，還是沒有學習的條件。東漢政府雖然辦了一所太學，卻遠在洛陽，何況諸葛亮也無條件入太學學習。因此，為了獲得知識，提高自己，諸葛亮隻能一邊進行農業勞動，一邊學習。
這個時期，諸葛亮結交荊州地主階級中有影響的人物，特別是有聲望的名士，同他們搞好關係，向他們請教，以增長自己的見識，擴大自己的影響力。
龐家的龐德公是豪強大姓中的頭麵人物，是當時襄陽地區頗有聲望的大名士。他交遊甚廣，見識頗高，而且，這個人很清高，曾經多次拒絕了劉表的邀請。有一次，劉表親自去請龐德公，勸他說：“你自己不肯出來作官求祿，那拿什麼東西遺留給子孫呢？”龐德公回答說：“我和別人不同，別人給子孫留下危險，我獨給子孫留下平安，隻是所遺留的不同，並不是沒有遺留埃”其實，龐德公也不是真心不想做官，隻是他看到劉表庸碌無能，成不了大事，因此不能公開出來支持他，以免自己在政治上失足，招來殺身之禍。