總的說來，《魏書》是南北朝諸史中比較好的一部史書，不僅有一定的史料價值，而且在編撰體例上“與舊史體例不同”，也有可取的地方。但關於《魏書》的評價，曆來就有不同的看法。《魏書》剛一問世，便出現了“朝臣聚訟，群口沸騰”的局麵，在北齊朝廷掀起了軒然大波，“諸家子孫”把“《魏書》號為‘穢史’”，時間達十多年之久，以致文宣帝高洋、孝昭帝高演、武成帝高湛這三朝最高統治者都不得不過問此事。以後，即唐太宗貞觀十年也就是公元636年，李百藥在他所撰《北齊書·魏收傳》裏，借口北齊人把《魏書》“號為‘穢史’”，從此《魏書》為“穢史”之說便不脛而走，影響所及特別久遠，直至清朝都沒有根本的改變，趙翼還斷然認為，《魏書》“趨附避諱，是非不公，真所謂‘穢史’也”。盡管古人今人，也有為《魏書》鳴不平說公道話的，但“穢史”之說並未根本絕跡。一部史書，引起人們如此強烈關注，個中原因，其實並不複雜。在門閥製度之下，死人的曆史地位總是與活人的“切身利益”極其密切地結合一起的。因此，史書中曆史人物的門第、郡望、譜係、功業的記述，也就格外為他們的後人們所器重和關注。《魏書》問世以後的所謂“群口沸騰”和“眾口喧然”莫不如此。當然，《魏書》之所以被否定的人視為“穢史”，也與魏收的人品有關。因為魏收為北齊著名文士，長期擔任史官之職，且為北齊最高統治者所信任，所以特別“恃才傲物”，想借修史酬恩報怨。他曾對人說過：“何物小子，敢共魏收作色，舉之則使上天，按之則使入地”。由於他往往根據個人的好惡決定人物的取舍和抑揚，所以書成以後，得罪了一些門閥士族子弟，有人指摘《魏書》“遺其家職業”，有人指控《魏書》“其家不見記錄”，斥責《魏書》“妄有非毀”，“史書不直”，前後投訴者達一百多人，至使當時的統治者不得不下令《魏書》暫時停止發行，要魏收“於尚書省與諸家子孫共加論討”，後高洋還以“謗史”之名懲處了少數人，但經兩次修改，仍不盡人意，隻得“聽存家事者入署，不實者投牒”，魏收“無以抗之”。由於魏收修史得罪了“諸家子弟”，這些人一直懷恨在心，北齊滅亡時，竟把魏收的墳墓也挖開，並拋屍骨於荒野。
由於魏收撰寫的《魏書》，不甚為人滿意，且有許多不足，所以隋文帝開皇年間，以“魏收所撰書，褒貶失實”為由，命著作郎魏澹等重撰《魏書》，“別成魏史”。魏澹是魏收的族弟，魏收撰《魏書》以東魏為正統，魏澹在隋朝撰《魏書》，因隋承北周，北周承西魏，以西魏為正統乃是必然的，“自道武下及恭帝，為十二紀，七十八傳，別為史論體例一卷，並《目錄》，合九十二卷”（《隋書》卷58《魏澹傳》。但魏澹的《魏書》趕不上魏收的《魏書》，未能流傳下來，隋末唐初，還先後兩次續修過魏史，卻未成功，其結果“魏收手筆雖不高，亦未見必出諸史之下，而被謗獨甚；乃其後改修者甚多，而總不能廢收之書，千載而下，他家盡亡，收書巋然獨存，……”（《十七史商榷》卷65魏收“魏書”）。《魏書》是記載北魏曆史的最原始而珍貴的史料。
《魏書》很早就已殘缺不齊。據統計，全缺的有二十六卷，缺少一部分的有三卷。後人根據其他史籍作了增補。宋仁宗時，曾命劉攽、劉恕、安燾和範祖禹等校勘《魏書》，對所缺或不全部分均作了說明。中華書局1974年據此出版的點校本《魏書》，再次作了校勘，對全缺或不全共二十九卷均以“標補”而不“標缺”，因為後人已取《北史》等補足了所缺或不全的內容。閱讀《魏書》，還可參閱李延壽的《北史》和清人謝啟昆的《西魏書》。此外，清陳毅的《魏書官民誌疏證》、溫日鑒的《魏書地形誌校異》以及丁謙的《魏書外國傳地理考證》等，也可參閱。