雖然德國魚雷艇部隊取得了一次空前的勝利，但是，德國S艇的狩獵季節已時日不多，S艇遭受到的最重大打擊隨著盟軍在諾曼底的登陸接踵而來。6月5日當天，包括剛從挪威調來的第六支隊在內，德軍能使用的在登陸海域的S艇共有34艘。它們紛紛出動，擊沉了盟軍的3艘登陸艦、4艘貨船以及護衛艦和炮艇各1艘。但是S艇也付出了7艘沉沒的代價。更糟的事情發生在6月14日，這一天無疑是S艇部隊的受難日。白天，第二支隊首先遭到盟軍兩個中隊“英俊戰士”飛機的攻擊，有3艘S艇被炸沉；夜裏，盟軍出動超過200架轟炸機，向勒阿弗爾扔下了1230噸炸彈，結果第四支隊的6艘、第五支隊的5艘、第九支隊的3艘，總計14艘S艇全部被炸沉。第五支隊的指揮官庫特·約漢森上校也在空襲中喪生。
剩餘的S艇還想盡力一搏。但是，從8月份開始換裝新型的T3D魚雷的表現卻不盡如人意，頭兩周裏發射的77枚魚雷，擊沉的船數僅有1艘，到了9月又有5艘S艇被擊沉。隨著陸上局勢的急劇變化，德軍不得不把僅存的S艇撤到了荷蘭，在那裏編成了一個第十支隊的番號。這些S艇在那裏一直待到戰爭結束。從10月到12月，它們取得的戰果僅有1艘小型貨船，而自身卻損失了3艘。1945年1月，北海的S艇總共包括第二支隊7艘、第四支隊5艘、第六支隊6艘、第八支隊5艘、第九支隊4艘，另外第五支隊7艘則剛從波羅的海調動而來。而此時的S艇戰損率之高幾乎到了一艇換一船的程度。1月22日的一次行動，他們擊沉了一艘登陸艦和一艘貨輪，但同時有兩艘S艇沉沒。2月21日的情況也差不多，他們雖然擊沉了兩艘貨輪，卻損失了兩艘S艇。
3月18日晚，S艇攻擊了盟軍FS1759護航隊，取得了它們在3月份的唯一勝利，也是整個S艇部隊對盟國商船隊的最後一次勝利。1097噸的“克裏奇頓”號和2871噸的“羅蓋特”號成為最後兩艘被S艇用魚雷擊沉的貨輪。而S艇在二戰中的最後一次行動終結於4月7日淩晨，在和英國護航隊的交戰中，第二支隊的S－176和S－177艇雙雙被同級英國魚雷快艇擊沉。對於德國魚雷艇來說，這真是一個具有諷刺意味的結局。
盡管S艇的命運和二戰時的德國一樣，都是以失敗而告終。但是，它仍然是德國海軍水麵兵力中最具威力的部分。實際上，從1940年中期開始，S艇就已經成為德國海軍水麵攻擊的主力。它們和U艇一起，構成了對盟國海上運輸線的重大威脅。據統計，德國海軍共建造246艘S艇（含未完工），在戰爭中損失146艘，占59.3％，可以說戰損率非常高。但是，它們也擊沉了盟軍商船101艘，總計21.4萬噸；擊沉12艘驅逐艦、11艘掃雷艇、8艘登陸艦、7艘魚雷快艇、2艘炮艇、1艘布雷艦、1艘潛艇及許多其他軍用小艇。由S艇布下的水雷也“成績不俗”，共有37艘船艦觸雷沉沒，包括14.9萬噸的商船、1艘驅逐艦、2艘掃雷艦和4艘登陸艦。
二戰中，S艇部隊共產生了23位騎士十字勳章得主和112位金質德意誌十字勳章得主，其中8位更是獲得了橡葉十字勳章。1941年5月30日，在海軍元帥雷德爾的動議下，德軍特設了一種專門針對魚雷艇官兵的S艇戰功勳章。戰爭時期，每當S艇返港，水手們往往會在本艇的無線電天線杆上升起代表擊沉船艦的小旗，上麵寫著戰利品的估計噸位數。在戰爭年代，這是每艘S艇最值得驕傲的時刻。然而，這些水兵的所有努力從一開始就是沒有意義的，因為在德國發起的非正義戰爭中，他們是不可能勝利的一方。
戰後，同盟國對德國幸存的S艇進行了瓜分，其中英國34艘、美國29艘、蘇聯28艘。1957年，英國把2艘S艇交還給德國，其餘的則送給了北歐國家。其中服役於丹麥海軍的一艘S艇直到1965年才退役，從而結束了整個S艇的曆史。