1942年2月12日，納粹德國海軍發起了“雷霆·瑟布魯斯”行動。此時在北海作戰的是第二、第四和第五支隊。3月13日，S－104艇擊沉了英國驅逐艦“沃提根”號，7月9日，由克勞斯·費德特上校指揮的第二支隊的7艘S艇圍攻一支護航船隊，取得了擊沉6艘船員的戰果，其中包括4艘貨船和1艘噸位達6766噸的油輪。10月7日，第二和第四支隊共出動9艘S艇襲擊貨船隊，擊沉了總噸位7576噸的3艘貨船。S艇的活動在最後兩個月裏達到了高潮。第二和第五支隊表現突出，共擊沉了包括1艘驅逐艦在內的13艘各型艦船。其中12月2日，對FN889護航隊的攻擊，一次就擊沉了5艘貨船。整個1942年，德國海軍S艇共擊沉了盟軍20艘貨船、2艘驅逐艦及其他一些小艇。
風光不再
德國S艇的不斷告捷，使英軍大為頭疼，不過，這種局麵在1943年有了較大改觀。因為經過數年周旋，英國海空兵結合新開發的戰術，已經能夠在相當程度上遏製S艇的活動了。S艇被迫以夜晚出擊為主，損失數字也開始大幅上升。1943年一年中，德軍有13艘S艇被擊沉，這13艘魚雷艇中，除了被英軍水雷和軍艦擊沉外，還有3艘是在港口被英軍空襲而傾覆。這表明，德軍已經開始失去北海上空的製空權，S艇的活動日益暴露在英軍空中打擊之下。事實上，S艇在荷蘭的基地已成為英國飛機最喜歡的攻擊目標。它們從東安格裏亞的機場出發，荷蘭海岸線正好在皇家空軍戰鬥轟炸機的理想航程之內。另外，影響S艇部隊戰鬥力的另一個原因是當時有6艘S艇被調往西班牙，暫歸西班牙獨裁者佛朗哥海軍調用。
1943年2月26日夜，德國海軍第二支隊的7艘S艇出擊FS1074護航隊，但在英軍護航軍艦的打擊下一無所獲。4月13日，第五支隊襲擊了PW323護航隊盡管用盡全力，也隻打掉了1艘汽船。10月24日夜，德國海軍來自4個支隊共28艘S艇的大規模編隊出擊FN1160護航隊，卻連靠近貨船隊都做不到，有兩艘S艇被擊沉，第四支隊指揮官維爾納·呂佐上校當場陣亡。德軍幾次不成功的出擊表明，加強了護衛力量的盟軍貨船隊再也不是德軍魚雷艇可以任意攻擊的對象了。
4月13日夜，大概算是德國S艇在1943年運氣最好的時候。第五支隊的4艘S艇瘋狂地挑戰一支擁有強大護航兵力的英國船隊，在擊沉其中1艘貨船的同時，還擊沉了英國驅逐艦“埃斯克戴”號。但是這一年，被S艇擊沉的貨船數已經下降到令人汗顏的5艘。
1944年初，德國魚雷艇部隊的兵力構成發生了如下變化：第六支隊北赴波羅的海，第二、第四和第五支隊不變，新加入的是第八和第九支隊。第二和第八支隊為一群，第五和第九支隊為一群，以法國港口為基地，第四支隊則單獨從鹿特丹出擊。雖然德軍魚雷艇部隊有5個支隊之多，但其戰績在2月份卻隻有28艘而已。從2月到5月所擊沉的商船數就降到2艘，而S艇自身的損失卻多達7艘。不過，他們卻在4月28日意外取得了一次大勝，這也是S艇部隊在二戰中的最大勝利。
4月28日清晨，德軍第五和第九支隊的9艘S艇離開了瑟堡港，當行駛到裏梅灣附近時，領頭的S艇發現了目標，但是訓練有素的觀測哨報告稱對方不是商船，而是由1艘巡洋艦護航的8艘坦克登陸艦。一次為曆史上最大登陸作戰而采取的秘密演習，就這樣陰差陽錯地被S艇遇上了。這批登陸艦搭載著美國第四步兵師的官兵，前往地形極像諾曼底的斯拉普頓灘頭，進行為期8天的“猛虎訓練計劃”。這些部隊預定參加對猶他海灘的攻擊。麵對這次絕好的機會，S艇毫不猶豫地發起了猛攻，短短幾分鍾內，美軍LST531號和LST507號登陸艦就被擊沉，LST289號也受到了重創，他們的這次襲擊共使749名美軍士兵喪生，這是除日軍偷襲珍珠港之外，美軍在二戰中傷亡人數最多的一次。由於擔心影響士氣，這一事件在當時秘而不宣。諾曼底登陸戰成功後，人們才知道那一天的慘劇，而具體的陣亡數字直到1974年才解密。