“狼群”聞風而動
為了更好地管理S艇，德國在二戰中數次變更指揮機構。1939年11月，德軍成立魚雷艇司令部，對S艇進行指揮，後來這一任務被驅逐艦司令部接管。不到一個月時間，魚雷艇司令部又恢複行使指揮權。1942年4月，驅逐艦司令部再度接管，直到戰爭結束。
S艇的基本兵力單位是支隊。戰爭中，德國先後編組了24個S艇支隊，每個支隊的標準編製是10艘S艇，最多的達到14艘。這些兵力分別活動於英吉利海峽、北海、波羅的海、黑海以及地中海。二戰初期，S艇部隊的全部實力是第一和第二支隊，共有18艘。第一支隊組建於20世紀30年代中期，指揮官為庫特·施特姆上校，基地設在基爾。第二支隊於1938年8月成立於威廉港，由魯道夫·彼德森上校指揮。另外，第一支隊和第三支隊是轉戰海域最多的支隊。第24支隊是德國最後組建的支隊，專為地中海戰區而設。
S艇從港口出發後，一般采取6艘一組的編隊縱隊行進，同時隨時接收發自岸上的情報信息。1944年，德軍裝備了新式的T3D魚雷後，在這樣的6艇編隊中一般由其中3艘負責攻擊，另外3艘則扮演魚雷運輸艇的角色，其中裝備有40毫米火炮的S艇往往負責殿後警戒。當接近目標時，S艇往往慢速而安靜地滑行，有時可以借助海峽中某處的浮標固定停止在海麵上。目標選定後，支隊的S艇會集中向其發射魚雷，攻擊過後分散撤離戰場，避免招致對方炮火回擊。二戰時，英國的軍艦很想捕捉這些S艇，但非常困難。因為S艇各支隊在執行任務前會指定一個海麵坐標為緊急會合點，所以當艇隊遭遇攻擊時，在四散逃離的情況下卻總能在不久後重新集結編隊。盟軍驚訝於德國魚雷艇的冷靜與有序，其實這是和德國海軍縝密的戰術分不開的。而正是由於S艇武器和戰術思想和潛艇部隊相仿，它們被稱為“海麵上的狼群”。
1939年8月，德軍S艇第一支隊從基爾港出發，於9月1日開戰當日進入但澤港示威。在那裏，S艇贏得了二戰中的首次勝利。在克裏斯蒂安森中校的指揮下，S－23艇用艇上的20毫米炮打沉了一條準備扮演阻塞船角色的波蘭拖網船。1940年5月，隨著西線閃擊戰的打響，S艇迎來了真正的戰鬥。5月10日淩晨，第二支隊的4艘S艇與一支英國皇家海軍編隊不期而遇。在懸殊的火力差距下，S－31艇發射的魚雷成功命中英軍“凱利”號驅逐艦，後者在夜色中緩慢下沉。返回的S－31艇高興地宣稱擊沉了敵艦，事實上，“凱利”號後來被拖回了英國。
由於這一時期的德國擁有空中優勢，因此S艇敢於在白天高速出擊，頻頻對英國和法國的驅逐艦展開突襲。5月23日，S－23聯手S－21艇，把法國驅逐艦“美洲虎”號送入大西洋海底。5月26日，英法聯軍的敦刻爾克大撤退開始。28日夜，S－30艇艇長齊麥曼中尉發現了一個目標並判斷其為英國驅逐艦，遂命令開足馬力攻擊。29日0點過後，S－30艇一舉射出4枚魚雷，至少有2枚擊中了這艘滿載士兵的英國軍艦“不眠”號。經過一番掙紮後，“不眠”號最終長眠海底。5月31日，S－23和S－26艇成功擊沉法國驅逐艦“非洲熱風”號。第二天，S－34艇又擊沉了兩艘武裝拖船。
7月份，S艇創造的“輝煌”還在繼續。它們開始遊獵英吉利海峽的盟軍貨船隊。7月25日，倒黴的法國運輸船“梅克涅斯”號被S－27艇逮個正著，滿滿一船法國士兵伴隨著它徐徐沉沒。數月間，一支又一支護航隊遭到S艇的進攻。到1940年年底，被S艇擊沉的貨船已經達到23艘，由於損失嚴重，從蘇格蘭東北到倫敦的一段航線被稱為“E艇小道”。
1941年上半年，德軍4個S艇支隊一起出擊，總共擊沉了盟軍1艘驅逐艦和16艘貨船。從5月份開始，S艇主力為配合即將開始的“巴巴羅薩”行動而向東移入波羅的海，僅剩的第四支隊表現平平。另兩個支隊從波羅的海返回後，在下半年裏共擊沉了14艘貨船。這樣，S艇在當年的成績就是30艘貨船，超過了上一年。