《廿二史考異》是乾嘉考據學派的代表作之一。所謂“廿二史”，是指從《史記》到《元史》的21部正史，再加上《舊唐書》。錢大昕的這部《廿二史考異》，是在他平日仔細閱讀22部史書時所做的劄記基礎上整理而成的。全書100卷，內容以考證輿地、官製、氏族為主，旁及許多其他曆史上的問題。他說：“予嚐論史家先通官製，次精輿地，次辨氏族，否則涉筆便誤。”正是因為他認為官製、輿地、氏族是讀懂史書的關鍵，所以他才著力於這三方麵的考證。他的考證方法大致分為四步：第一步是從讀書中發現史書的謬誤或問題；第二步是取證，即從正史、譜牒家乘、稗官野史，以至金石文字中搜集大量與上述謬誤或問題有關的材料；第三步是比較異同，確定何者為曆史真相，斷定史書中因何出現這種謬誤或問題；第四步是將考證所得結論寫成《考異》條文。
在官製方麵，以《廿二史考異》卷37考證《南史·王儉傳》所說的“異明二年，為長史兼侍中”為例。首先，錢大昕發現“長史”這個官名有問題，因為南北朝官製中沒有“長史”這樣一個單獨的官名，在它前麵必須係上本府的名稱，如太尉左右長史，即太尉府的左右長史；司徒左右長史，即司徒府的左右長史。或者是鎮西長史、輔國長史，即鎮西將軍府的長史和輔國將軍府的長史。那麼，《南史“王檢傳》中的“長史兼侍中”究竟是怎麼回事呢？錢大昕根據《晉書》中的《劉隗傳》和《孔愉傳》判斷說，原來那是“長兼侍中”之誤。因《南史》作者李延壽不懂南北朝官製，妄加了一個“史”字，成了“長史兼侍中”。再進一步追究，“長兼侍中”又是怎麼回事呢？錢大昕考證說，“長兼者，未正授之稱”，即沒有正式授予侍中之職而權代或暫時兼職之意。
在氏族方麵，《廿二史考異》的許多卷都列舉了正史中對這個問題的不正確看法，如他對史書列傳中往往要追溯傳主的遠祖是誰，認為這有可能是真實情況，也有可能是牽強附會。有些人，雖然譜係記載很清楚，也沒有必要追溯其遠祖，隻要記其父祖就可以了。再有，錢大昕對曆史上由於氏族關係而形成的某些異常現象，也提出了批評，如六朝人重視門閥，凡是以“寒族”而擔任要職的人，都被視為“恩廉”，沈約《宋書》列人《恩幸傳》的就有這類人物，李延壽的《南史》也因仍不改々其實這種情況是“殊未得好惡之平”，對於史家來說，“尤非善善惡惡之義”。再有，錢大昕又指出某些史書因不明氏族關係而出現差錯，特別長記載少數民族曆史的《元史》等更為明顯,這是都必須糾正的。
在輿地方麵，錢大昕對幾部正史的《地理誌》《郡國誌》都有詳細的考訂。特別是對《晉書》的《埤理誌》，考訂尤多。錢大昕認為修《晉書》的唐初史臣，誤以為晉室南遷後的僑置郡縣前麵都冠有一個“南”字，其實那是宋武帝永機年間以後所加，晉代並未有此情況，故《晉書·地理誌》中所記的南郡或南縣都是不對的，隻要從名稱上區別它是僑置郡縣就可以了。
當然，錢大昕《廿二史考異》的成就並非隻在於對官製、氏族、輿地的考訂，在其他方麵的成就也是很多的，這裏就不一一列舉了。
《元史氏族表》和《元史藝文誌》原是錢大昕因不滿明修《元史》而準備改修所寫的稿本。《元史氏族表》或稱《元史世係表》，共三卷，第一卷蒙古，第二卷色目，第三卷部族無考者。這是錢昕廣泛地采集正史、雜史、；以及碑刻、文集、題名錄中見到的眾多史料，並參照《新唐書“宰相世係表》的體例寫成的，是一部探索蒙古部族名稱和相關問題的重要著作。《元史藝文誌》共4卷，按傳統的經、史、子、集四部分類。經部除了按易、書、詩、禮、樂、春秋、孝經、論語、孟子、經解等順序著錄外，還增加了“譯語”一類、專收遼、金、元三朝統治者以本民族文字翻譯漢文的著作。史部、子部、集部所著錄的元人著作也很完備，大大超過了前人和同時代人所編的同類書籍。《元史藝文誌》還有一個特點是，它不光羅列書目，並且對書的內容和作者的情況多有簡略介紹，頗有參考價值。
《十駕齋養新錄》是錢大聽平日所寫讀書筆記的彙編，全書20卷，另有《餘錄》二卷，體例仿顧炎武的《日知錄》，內容多為關於曆史上人名、地名、官翩、音韻、文字、典籍的考證，也有對史書、人物的評論。全書不分門目，以類相從，每條都冠有標題，以便尋檢。書名的“十駕齋”是錢大昕的書齋名，取“駑馬十駕”之意。“養新”則是其祖父的齋名，表示他對祖父的懷念之意。
除了上麵提到的幾部重要史書以外，錢大昕對金石、文字、聲韻、訓詁、曆法、年代等多門學問也都很有研究，寫有不少有關的著作。他實在不愧為乾嘉時代一位博學多才的學術大師。