為了發揮自己在史學方麵的見解，焦竑又寫了《論史》一文，指出修史的責任甚為重大，必須得其人，專其任，才能把工作做好。並且寫史書要采用多方麵的資料，既要采用官文書中的奏章，也要參考時論，既要收私家的誌銘，也要與鄉評進行核對。在史館內部，雖由眾手修史，但也要有一人總其 成。隻有這樣，才能把修史工作做好。焦竑的這些觀點，看來也都是有一定道理的。
焦茲把曆史看作是教育人的重要工具，他在翰林院任職時，按製度規定有教授皇宮小內侍讀書的職責。有人說，這些小太監，隻要讓他們學會能侍奉帝後就行了，教他們讀書有什麼用？可是焦竑的看法與眾不同，他說：這些人將來都是奄君主左右的人，怎能忽視對他們的教育呢？於是他就把自古以來太監的善惡故事編成教材，經常教育皇宮中的小內侍，希望他們將來都能向曆史上有善行的太監學習。
對太監如此，對皇子也不例外，後來焦竑擔任皇長子的侍講官時，也以曆史作為教材。他擅長用啟發的方式進行教育，每講完一章書，都要請皇長子提出疑問。皇長子提不出問題，焦竑就提出反問，啟發這位儲君認真思考。焦竑教學十分嚴格，不許可學生分散注意力。有一次，他正在講書，忽遇群鳥飛鳴而過。皇長子被飛鳥所吸引，引頸向窗外觀望。這時，焦紘立即停止講書，站起來，用嚴肅的自光注視著自己的學生。皇長子看到焦竑嚴肅的樣子，知道自己錯了，趕快低下頭，眼看著書本。焦竑這才開始繼續講課。他曾采取古代儲君行事可為法戒者編成《養正圖說》一書，準備獻上後詳細給皇長子講解，後來因為同官郭正域等人心存妒忌，認為焦茲沒有跟他們一起商量編纂這部書，是想用他自己擅長的曆史知識在儲君麵前沽名釣譽，所以就散布流言蜚語。為此，這部《養正圖說》才沒有正式獻上。但是，有人看過這部《養正圖說》，認為那是一部好書，對儲君是有教育意義的；也有人說，後來焦竑不是通過侍講的機會，而是通過別的途徑，把書送到了皇長子手中，郭正域等人的阻撓破壞並沒有獲得成功。
焦紘生性疏直，與李贄友善，在許多問題上與李贄有相同的看法。他對於不合理的事情敢說敢管，因此得罪了不少人。當時內閣四宰輔之一的張位，特別討厭焦紘，總想排擠他。萬曆二十五年0597年），焦竑主持順天鄉試，因考生曹蕃等九人的文章中有險誕語，因而引起軒然大波，張位等人群起彈劾焦竑，他為此被貶謫為福寧州同知。過了一年多，焦駭又被降級。他一氣之下，就辭職回家，專心從事著述，其時他還不到60歲。後來，他雖一度又被起用，但一方麵因年歲已大，另一方麵對官場已經失望，所以他更多的精力還是放在著述方麵，對做官已經不甚感興趣了。
萬曆四十八年（1602年），焦竑因病去世，享年80歲。明熹宗即位後，感謝焦紘講讀之恩，下令追複他的官職，贈諭德，賜祭蔭子。