雲南、貴州、廣西以及同它們鄰近的湖南、湖北、四川居住著二三十個少數民族。他們經濟落後，生產方式不同，與中央政府關係疏密不一。元、明以來，這些少數民族實行土司製度，由土司管轄各該民族，他們的承繼實行世襲製，即老土司指定他的繼承人，然後向中央政府備案，也即取得中央政府的認可，而中央政府不向這裏派遣地方官。土司自定成文的和不成文的法令，對屬民生殺予奪，中央政府概不過問，在這裏實現的是土司的意誌，而不是中央的政策。
土司製妨礙國家的統一，破壞地方經濟文化的發展，不利於社會安定，是阻礙社會進步的因素，破壞它，是曆史發展的要求。雍正時期，由於國內早已安定，中央政府力量也十分強大，因此，他決定瓦解土司的勢力，廢除這種由來已久的不正常製度。
□改土歸流，鞏固邊疆
1725冬，雍正帝任命鄂爾泰為雲南巡撫管理雲貴總督事務。
雍正四年（1726）春天，廣順長寨土舍與清朝地方駐軍發生矛盾，猖狂焚燒清軍營房。鄂爾泰看到事態嚴重，必須用兵，“窮究到底，殺一百，使不敢再犯。”雍正帝欣賞鄂爾泰的才能，認為他是“才德兼優之督臣”，必能擔此重任，同意他進兵，並預先指示他，將來事定，“當以軍功賞敘”，表明他對此事的重視。在鄂爾泰進軍過程中，何世主張適可而止，總兵官、署理貴州大定協副將事丁士傑，提出三不可剿說，鄂爾泰表示決不姑息，並以三不可不剿答複丁士傑，要把事情進行到底。雍正帝支持鄂爾泰，指責何世是書生之見，要他努力協助鄂爾泰完成此役；數說丁士傑見解謬妄，失於怯懦因循。
鄂爾泰在對長寨用兵中，感到對土司、土舍襲用一般正規戰爭的陣法，難於取得穩固的勝利和戰後進行有效的治理，因為用兵時他們逃跑了，或偽裝投降，軍隊一撤，事故立即出現。他認為籌措一勞永逸之法是當務之急。到九月，鄂爾泰正式提出改土歸流的建議。他在奏折中把改土歸流一事規劃得相當詳明周全，它的要點是：
第一，說明實行改土歸流政策的必要性。他說：土司相殺相劫，“漢民被其摧殘，夷人受其荼毒，此邊疆大害，必當解決者。”辦法就是盡行改土歸流，“將富強橫暴者漸次禽拿，迂懦昏庸者漸次改置。”否則，不過是臨事治標，不能從根本上解決問題。
第二，擬議改流的方針和方法。他說：“改流之法，計禽為上策，兵剿為下策；命自投獻為上策，勒令投獻為下策；”對於投獻者，“但收其田賦，稽其戶口，仍量予養贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵。”改流的策略，既要用兵，又不專恃武力，爭取波及麵小，盡量減少阻力，以便迅速實現。
第三，認為隻有大吏秉公奮力去做，才能實行。他知道變革土司這樣的舊製，比較困難，有失敗的可能，那樣將受到輿論的譴責和行政的製裁，要實行得好，主辦人必須殫竭心力，勤奮不懈，“稍有瞻顧，必不敢行；稍有懈怠，必不能行。”要不計個人得失地實心實力去做才可能成功。
雍正帝非常高興地閱覽了鄂爾泰的奏折，在密折的行款上寫了許多批語，最後還有總批，表示他對改土歸流的態度和心情，他的朱批有：
即此二句，上天鑒之矣。
好。
務有名問罪為好。
具題時（寫正式題本）應當將這個意思寫入。就是現在說的意思好。朕心中嘉悅，竟至於動了感情！沒有什麼可以告誡你的了，努力去實行吧！
他全都批準了鄂爾泰的建議，勉勵他好好實行，並讓寫出題本，以便正式批準。據說當鄂爾泰題本在朝臣中宣布時，大家不知道雍正帝與鄂爾泰已通過秘密奏折和朱批商量好了，還以為這是件大事，鄂爾泰這樣冒冒失失地陳奏，會不會遭到譴責，為他捏著一把汗，哪知雍正帝卻非常高興，說鄂爾泰是朕的奇臣，是上天把他賜給朕的。有了他改土歸流的事情就能妥善辦理了。雍正帝篤信“有治人無治法”的政治觀念，欣賞鄂爾泰的才德，把這件大事交給他辦，就放心了。
□調整行政區劃，實施改土歸流
為了適應改土歸流的需要，雲南、貴州、四川邊境的行政區劃，必須做適當的調整，因為有些土司、土舍地處兩省或三省的邊界，發生事故，一省處治不了；有些土司、土舍屬於某省，而從治理方麵來看，那種區劃不便於政令推行。鄂爾泰深知這些弊端，不利於改土歸流的實行，早在全麵提出改土歸流建議之前，就提議改變不合理的行政區劃。他以東川府為例說：東川屬四川，離成都二千八百裏，距昆明僅四百裏。該府已於康熙中改土歸流，然而實際情況與未改差不多。它在四川的鄰境是烏蒙土府，該土司攻劫它，知府報告四川不能及時得到救援，隻有請求雲南救護。東川還與雲南的尋甸、祿勸、沾益三土州接壤，東川土人到三土州搶掠人口牲畜，告到官府，因隔省審理，多有徇庇，而且長年不能結案。鄂爾泰又說烏蒙土司，不僅荼毒東川，滇、黔、蜀接壤之地沒有不受其害的。因此，他要求把東川劃歸雲南，以便統一事權，有步驟地實行改土歸流。他的主張也因甚合雍正帝的意願，獲得批準。雍正帝還命他會同川陝總督嶽鍾琪料理烏蒙土府事務。隨後又將烏蒙、鎮雄二土府改歸雲南建製。變更數省交界處的行政區劃，以統一事權，是改土歸流的必要條件，也是改土歸流方針的內容。