3.三笠宮（當家人：崇仁親王），三笠宮崇仁親王的長子寬仁親王，因身為長子及下任三笠宮家的當家人之緣故，故在成年後沒有創設宮家，而是依附在三笠宮家之下。
4.桂宮（當家人：宜仁親王）。
5.高圓宮（當家人：已故憲仁親王妃久子）。
四、多災多難的天皇
與武家頗有淵源的清和天皇（850—880年）是日本第56代天皇，被後世稱為清和源氏的始祖。清和天皇的即位是由當時的藤原氏強迫的，因為清和天皇別號水尾帝，後來的後水尾天皇就給自己留下“後水尾”的遺諡，來顯示對德川幕府的強烈不滿。
清和天皇的外祖父是藤原良房，在文德天皇駕崩後，年僅9歲就登上皇位。藤原良房以外戚身份掌握政治實權。864年，盡管清和天皇已經舉行過成年冠禮“元服”，還是正式任命藤原良房為攝政。876年，在藤原基經的逼迫下，清和天皇讓位給9歲的貞明親王（陽成天皇）。兩年半後清和上皇出家，879年10月開始畿內巡遊，翌年到達丹波國水尾地方。清和天皇一心研究佛理，但是絕食等過度的苦行生活損害了他的身體健康。880年，剛剛30歲的清和天皇就離開了人世。
麵對幕府的跋扈統治，皇室也一再籌思振作。第112代天皇靈元天皇（1654—1732年）是後水尾天皇的第16皇子，其意誌堅定，作風豪邁。靈元天皇繼續父親後水尾法皇實行的振興皇室的政策，疏遠親幕府的朝中公卿，與當時的幕府保持距離。1687年讓位於東山天皇，實行院政，恢複中斷已久的大嚐祭。由於院政是朝廷之外的機構，為幕府勢力所不及，德川幕府立刻表示不認可院政。同時，朝廷內部也有左大臣近衛基熙等強力的反對派存在，在位的東山天皇也對自己沒有實權深為不滿。靈元上皇後來不得不改變反幕府的態度，將皇女八十宮吉子內親王嫁給將軍德川家繼，希望通過與幕府婚約來掣肘中禦門天皇。然而由於德川家繼的去世，上皇的願望遂化為泡影。1713年，厭世已久的靈元上皇出家成為法皇，法名素淨。
德川幕府對皇室的控製也不亞於以前的武家政權。天皇的廢立如同兒戲，後水尾天皇就曾遺諡“後水尾”，來表達自己對幕府的強烈不滿。從1663年靈元天皇到1747年桃園天皇的70多年中，竟更換了5代天皇。這些天皇在很小的年紀繼承皇位，稍有獨立於幕府的思想和行動即會被廢除。
桃園天皇是第116代天皇，在位時間為1747年到1762年。寶曆年間，氏學和神道學者竹內式部在京都設立私塾。竹內尊崇山崎暗齋的學說，當時是德大寺家的家臣，主要向德大寺公城、久我敏通等朝廷公卿講授“大義名分”的朱子學。朱子學是江戶幕府時期的官學，本來事情極平常。然而對幕府專製和攝關的朝廷支配深懷不滿的公卿們向天皇推薦竹內式部的學說，1756年，竹內式部向桃園天皇進講。16歲的桃園天皇聽講後思想起了變化，對自己的處境很是不滿，也對幕府抱有反感。然而擔心惡化朝廷和幕府關係的關白一條道香將德大寺公城等7名桃園天皇的近侍放逐，並以公卿擅自學習武藝為理由在寶曆八年（1758年）將竹內式部告發到幕府的京都所司代，竹內在被流放到八丈島的途中病死。朝廷內主張尊王論的年輕公卿被幕府大量處罰。這就是日本曆史上有名的“寶曆事件”。失去近侍的年輕的桃園天皇開始對攝關家的跋扈作風非常反感，加劇了天皇和攝關家的政治對立。桃園天皇在22歲時就去世了，也有另一種說法是被幕府所毒殺的。此後，又發生了類似的山縣大貳事件，山縣也因為主張大義名分，要求幕府還政於天皇，結果被幕府處死。雖然朱子學是江戶時代的官學，但也不過是幕府利用的工具，牢牢掌握政權的幕府自然不允許有異議出現。