一、“黑船”叩關——蒸汽船喚醒太平夢
閉關鎖國的日本，在幕府末年還留有長崎這個小小的窗口，通過與中國和荷蘭商人的來往，探聽外麵世界的消息。大清帝國在“鴉片戰爭”中戰敗的消息立刻就通過各種“風說書”傳布到日本。一直作為強大國家的“大清帝國”戰敗讓日本受到巨大衝擊，也讓朝野有識之士產生了緊迫的危機感。幕府的老中（將軍以下最高級官員）水野忠邦認識到：雖為外國之事，但足為我國之戒。
但是還沒等日本考慮好大清國的前車之鑒，美國的“黑船”就登門了。1846年，美國準將詹姆斯·比德爾率領3艘美國軍艦到日本，要求開國，但被幕府拒絕。1853年，佩裏又率領4艘戰艦：密西西比號、薩斯奎哈納號、薩拉托加號、普利茅斯號，來到日本江戶灣（今天的東京灣）的浦賀，要求日本開國通商。這些戰艦共有艦載炮63門，通體黑色塗裝，因而被日本人稱為“黑船”。當晚，江戶城一片混亂，豪門巨富、官員士紳紛紛向鄉間逃避。
佩裏登陸時，正值幕府將軍德川家慶病死，老中阿部正弘於是借口需要孝明天皇的許可方可立約，於是事情暫緩。幕府立刻解除各藩建造大船的禁令。
1854年1月，佩裏再次登陸，麵對冒著黑煙的蒸汽戰艦，幕府放棄了抵抗，與美國締結《日美和親條約》。此後，荷蘭、英國、法國、俄國紛紛仿效，開始爭奪在這個島國上的利益。這個情形，正如同黃遵憲所詠“拍枕海潮來，勿再閉關眠，日本橋頭水，直接龍動（倫敦）天”。
當時正是第121代天皇孝明天皇（1831—1867年）統治京都朝廷的時期。因為清政府在鴉片戰爭中失敗的消息早早就傳到了日本，佩裏登陸的消息在當天午夜就由信鴿傳遞到了京都。麵對來自西洋的“夷”的威脅，孝明天皇在1863年給幕府將軍一道措辭嚴厲的敕令，要求就日本防務問題提出詳細的奏疏，同時要求此後有關對外事務均需上奏天皇，幕府要加強防務，堅持攘夷政策。
二、“公武合體”——幕府與皇室的聯姻
“開國”還是“攘夷”？毫無準備就被迫締結條約的幕府顯露出自己的軟弱。
孝明天皇是鎖國攘夷的堅定支持者，他對幕府與美國簽訂條約的做法深為不滿，然而天皇也對事態的嚴重性深有感觸，不得不對簽訂條約作出敕許。
通過攘夷活動，孝明天皇加強了自己對日本政治的介入。1853年佩裏登陸日本以後，孝明天皇開始采取措施加強自己在朝廷中的主導權。1858年，孝明天皇停止了主導朝政40餘年的太閣鷹司政通的內覽職權，2個月後又將關白九條尚忠的內覽職權停止，同時表示不信任幕府大老井伊直弼未經天皇敕令許可就擅自締結條約的行為，並在1863年3月發布攘夷令。日本國內開始不斷發生襲擊外國人的攘夷運動，甚至引發了下關戰爭和薩英戰爭。
與美國公使哈裏斯（1856年到日本）談判的幕府代表阿部正弘和當時的幕府征夷大將軍德川家定去世後，圍繞將軍繼任者的問題，孝明天皇和幕府元老發生了分歧。幕府元老們違背天皇聖意，反對擁立勤王派，而將12歲的德川家茂擁立為幕府將軍，並由生性強悍、剛愎自用的井伊直弼階梯阿部正弘擔任幕府大老之職。井伊直弼上台後，無視孝明天皇鎖國攘夷的主張，1858年，同美國簽訂了日美通商條約，開放了5個港口。孝明天皇拒絕批準條約，將條約退還給幕府，甚至一怒之下表明要退位。孝明天皇的寵妃中山慶子（明治天皇的生母）也是個積極的攘夷分子，在她的促動下，保皇攘夷的中堅分子們計劃除掉幕府大老井伊直弼。8月8日，孝明天皇向幕府的水戶藩下達了“戊午密敕”，密敕對日美修好通商條約的簽訂進行斥責，要求德川禦三家（水戶、尾張、紀伊）和諸藩通幕府一起協力促成公武合體，達成攘夷的幕政改革目的。
翌年“戊午密敕”被幕府搜出，遂引發大規模整飭的“安政大獄”，受牽連者包括一橋慶喜（後來的將軍德川慶喜）、吉田鬆蔭等達百人之多。這場株連廣泛的消除政治異己的運動引起了整個日本社會的反感，削弱了幕府的號召力。井伊直弼在1860年3月被暗殺於櫻田門。