然而後代天皇又皆是北朝子孫，成王敗寇，自然以北朝為正朔。德川幕府時期，也以北朝為正統，但承認兩朝並立。但到了德川光國（德川家康之孫）編纂《大日本史》時，卻將南朝推為正統，為南朝天皇立本紀，將北朝天皇降級為“列傳”，隻為後小鬆天皇立本紀，將北朝視為“閏統”。這也可見朱子學對德川幕府的影響。
明治維新後，爭論愈來愈烈，最終迫使明治天皇在1911年作出“否定祖上”的裁決：南朝為正統，北朝曆代天皇不列入曆代天皇代數，但天皇地位不變。從此教科書中把南朝列為正統，把南北朝時期稱為“吉野朝”（南朝定都吉野）時代。
明治天皇的裁決背後，是對1910年幸德秋水“大逆事件”血腥的鎮壓，同時還殃及京都帝國大學教授西田貞吉被解職。西田教授在國定教科書《尋常小學日本曆史》中對南北朝對等記述，幸德秋水的一句“當今天皇難道不是從南朝天皇手中搶奪三種神器的篡奪者嗎？”在社會上引起軒然大波，盡管明治天皇的地位在日本如日中天，但整個日本社會都不得不麵對北朝一係未遵守諾言這一事實。
在明治天皇親自裁決以後，南朝正統論一時成為主流。但明治天皇絕不會想到，這個裁決給他的孫子裕仁帶來了更嚴重的麻煩。二戰結束以後，美軍占領日本，裕仁被迫發表“人格宣言”，聲明天皇並不是“神”。但是剛過二周，美軍機關報《星條報》的頭版赫然刊登了自稱“南朝後裔”要求裕仁讓位的熊澤寬道的照片。
熊澤寬道是名古屋市的雜貨商，他的先輩在大正時期就上書政府申訴正統性，當時日本已有嚴厲的不敬罪法律，如果無根據上奏將遭到嚴懲，足見這位熊澤“天皇”也是證據充分，底氣十足。特別在戰後天皇製和裕仁因戰爭責任陷入困境時，他的“裕仁不過是偽天子，發動侵略戰爭，篡奪正統的皇位，是北朝的殘暴本性”，更使裕仁的合法地位岌岌可危。因為麥克阿瑟隻是利用南朝正統給裕仁施加壓力，迫使他徹底俯首帖耳，而無意改朝換代，北朝子孫才勉強保住了皇位。
熊澤寬道自稱後醍醐天皇直係，皇統第123代正照王熊澤天皇。
1951年，熊澤向東京地方法院提出“現天皇不適格”即不稱其位的訴訟，東京地方法院駁回了他的訴訟請求。該事件引起很大反響，並有相關書籍問世，在日本被稱作“熊澤天皇事件”。此後，日本自稱天皇的人有十多人。
三、宮家——天皇後裔
南北朝統一後，北朝天皇不守信用而將南朝皇子趕走。為了使自己一脈延續大統，遂創設“宮家”製度。
所謂“宮家”，就是指日本皇室的一種分家製度，它起源於12世紀的鐮倉時代。天皇皇子、宮家當家人的所有男性後裔（除未來繼承當家人的長子外）在成年、婚後都可以創設宮家，並由天皇賜下宮號。根據宮家當家人和天皇關係分為：直宮家、一般宮家。
鐮倉時代以後，日本出現“親王宣下”製度。也就是說，內親王、親王的封位必須要由天皇本人宣下才能獲得。未獲封位，就隻能稱皇女、皇子。皇子、皇女的子女，稱某某王或某某女王。鐮倉時代中期的順德天皇的兩個皇子岩倉宮忠成王、四辻宮善統親王的宮號就被其子孫承襲。而普遍被看作世襲親王的開端的，是室町時代龜山天皇的皇子——恒明親王所創設的常盤井宮，以及後二條天皇的皇子邦良親王創設的木寺宮，但是這兩宮家都因為沒有後嗣而斷絕了。此後唯一綿延不絕的是伏見宮。
伏見宮是北朝第三代天皇崇光天皇的第一皇子榮仁皇子創設。在伏見宮第三代當家人貞成親王時，在位的稱光天皇沒有後人，於是立伏見宮貞成親王的兒子彥仁為天皇——後花園天皇。
伏見宮從榮仁親王開始到脫離皇籍為止，500多年間一共延續了24代。
後來又增加正親町天皇之孫智仁（秀吉養子）為桂宮，後陽成天皇之子好仁為有棲川宮，東山天皇之子直仁為閑院宮，這四個世襲親王家被稱為“四大宮家”或“四親王家”。但其他三家都不爭氣，在明治前後都絕後了，隻有伏見宮一家子孫滿堂。