一、天皇的破落與寒酸
武家政權下的天皇與皇室生活，遠比外戚專政時破落與寒酸。從1192年源賴朝建立鐮倉幕府，到1867年德川氏江戶幕府被推翻的675年間，天皇淪為政治傀儡，雖然屢圖振興，然而僅僅是曇花一現。
當鐮倉幕府的大權落在北條氏手中時，後鳥羽天皇不甘心寄人籬下的生活，決心依靠神佛的保佑，奪回失去的權力。1221年，天皇派近衛武士突襲幕府在京都的機構，同時發布討滅北條氏的命令。然而關東武士團結一致擁護北條氏，後鳥羽上皇隻湊集了17000名士兵，在幕府19萬騎兵的兵力下潰不成軍。後鳥羽上皇不得不投降，這就是日本曆史上的“承久之亂”。隨後，北條泰時進入皇宮，強迫仲恭天皇退位，由10歲的茂仁皇子接替（後堀河天皇）。後鳥羽上皇也被迫削發為僧，參與事變的皇族人員都被流放和拘押。
後堀河天皇生病後，幕府又強迫其讓位給2歲的四條天皇。四條天皇年幼頑皮，12歲的時候，將滑石粉撒到宮中走道上，看人跌倒取樂，結果自己滑倒並撞到頭部猝死。此後，幕府執政的北條泰時違背皇族和朝廷公卿的意願，強令邦仁親王繼承皇位——第88代後嵯峨天皇（1220—1272年）。後嵯峨天皇時代，正是鐮倉幕府的勢力向朝廷步步緊逼之時。朝廷沒有官職買賣的權力，而幕府的捐助又少得可憐，天皇的領地收入也入不敷出，以至於天皇的生活十分破落寒酸。後嵯峨天皇即位的時候，皇室連做禮服的錢都沒有，隻好穿以前天皇登基時穿過的禮服，結果禮服又短又小，顯得滑稽可笑。
天皇落魄無權，也使得百姓麵對皇家肆無忌憚起來。不但盜竊皇陵的事情開始出現，甚至有百姓在光天化日之下趕著牛車到皇宮裏麵搶走天皇的衣物。審時度勢，後嵯峨天皇開始采取對幕府順從協調的方針，1246年將皇位讓給第89代天皇後深草天皇，自己在幕府的支持下以上皇身份實施院政。不久後醍醐上皇又迫使後深草天皇退位，讓位給自己的另一個兒子恒仁皇太子——第90代天皇龜山天皇。
室町時代美濃守護大名土岐賴遠是源賴光的子孫，出自攝津源氏。當土岐賴遠在京都遊玩時，正趕上光嚴上皇出巡的儀仗。開道侍衛沿途宣示回避：上皇聖駕到，速下馬！土岐賴遠聞聲大怒道：“說什麼！是聖駕還是犬駕，如果是犬駕，就讓他吃我一箭。”並且拔箭就射。土歧賴遠一下子打掉了上皇車子的簾子，進而掀翻了車子。
上皇身邊的公卿也沒有能夠逃脫，都被痛打一頓。
這是對皇室嚴重的不敬行為，雖然後來土岐賴遠被幕府處死，但是當時的武士們有很多並未譴責土歧賴遠的非禮，而是責怪幕府處理太嚴格。甚至有將軍直言不諱道：非要天皇的話，可以木頭雕刻或者用金子鑄造一尊擺放，然後把活的天皇流放到什麼地方，免得他增添麻煩！
在這一時期，天皇和皇室的地位真的是無足輕重了。
日本室町幕府末期的“應仁之亂”（亦稱應仁、文明之亂，1467—1477年）時，正值後土禦門天皇在位的時期。亂後日本進入戰國時代。
“應仁之亂”的起源要由室町幕府的將軍足利義政說起。1449年，足利義政成為室町幕府第8代將軍，他耽於酒色，不理政事。最終引起社會動蕩，各地不斷發生暴動，將軍權力逐漸衰落。此時，幕府實權旁落於重臣和實力強大的守護大名細川勝元、山名持豐（又名山名宗全）等手中。義政早年無子，1464年以弟義視為繼嗣、以細川勝元為保護人。次年其妻日野富子生子義尚，以山名持豐為保護人。二者爭奪繼嗣地位的鬥爭，使中央勢力發生分裂。在守護大名各領國內，地方領主力量也不斷增大，並幹預守護大名的繼承糾紛，因而守護大名的勢力也發生分裂。以細川勝元和山名持豐的對立為中心，中央與地方封建勢力的分裂日趨激化。1467年1月18日，畠山政長和畠山義就在京都發生武裝衝突，山名持豐助義就獲勝。以此為導火線，細川勝元和山名持豐各自調集援軍進入京都。細川方麵有斯波義敏、畠山政長、赤鬆政則、京極持清等，大本營在將軍駐地幕府，稱東軍。山名方麵有斯波義廉、畠山義就、一色義直、六角高賴等，大本營在幕府以西的山名持豐邸，稱西軍。5月26日，兩軍開始大戰。最初東軍稍強。8月，大內政弘率軍2萬東上京都，支援西軍，10月激戰於相國寺，未決勝負。此後京都地區的戰鬥進入膠著狀態，戰亂逐漸波及地方。戰爭中，東軍控製將軍足利義政、後土禦門天皇和後花園上皇，西軍則控製義視和南朝的後龜山天皇之重孫，雙方均以自己為正統，稱對方為賊軍。