應仁之亂中，京都大半化為焦土，相國寺等古建築與許多藝術珍品遭破壞，人民備嚐離亂之苦。戰亂後，幕府將軍、守護大名和莊園領主貴族的力量更加衰弱，日本曆史進入新興的戰國大名互相混戰的戰國時代。
後土禦門天皇即位後即處在“應仁之亂”之時，各地寺廟和公卿的宅邸紛紛被戰火滌蕩一空，朝廷的財源自然也成了問題。為了避亂，天皇不得不到足利義政在室町的宅邸中過了10年的避難生活。避難中，甚至有天皇與足利義政的正室日野富子私通的傳言，這個傳言使得日野富子與足立義政的關係轉至冷淡。1500年，後土禦門天皇駕崩，後柏原天皇（1500—1526年在位）於小禦所踐祚。此時日本國內諸侯紛爭，戰火不斷，幕府財政窮困不堪，後土禦門天皇的葬禮隻拿出了區區百貫文錢，無錢安葬致使天皇的屍體腐爛生蛆，最後不得不依靠各個寺院和商人出資讚助才勉強入葬。
然而，接下來新天皇即位典禮儀式的舉行就成了一個大問題。起初幕府打算在可控製的領地內征收特別稅款來籌措典禮所需費用，但是卻發生了若狹守護武田元信、元度父子被國人土豪攻殺的事件，課稅的計劃因此無法繼續。1502年，管領細川政元放言：“即位大禮儀式毫無益處，徒費錢孥。”五年後政元被養子澄之暗殺，畿內政局混亂至極，天皇的即位大典也就無人過問了。直到22年後，朝廷依靠中止各種儀式來節約費用，再加上室町幕府和本願寺的捐獻，才補上了即位的典後柏原天皇與父親後土禦門天皇都是虔誠的佛教徒。天皇將貧窮歸咎於自己的罪業，於是寄托希望於阿彌陀佛的慈悲。他曾作和歌道：
身罪何其多；
鏡映全業障；
虔誠祈望；
惟心向淨土。
二、“一天二帝南北京”
1975年10月，日本東映動畫開始播出《聰明的一休》。這個盤腿思考的安國寺小和尚一休的故事在中國也連續播放了5年，從1983年到1988年。隨著該動漫在國內的播放，一休哥幾乎伴隨了我國一代兒童的成長。這個聰明的一休和尚，在日本曆史上真有其人，他就是日本曆史上的一休宗純禪師，後小鬆天皇的皇子。
一休宗純禪師（1394—1481年）名“千菊丸”，自號“狂雲子”、“夢閨”、“瞎驢”等。“一休”名字的意思，他以一首偈詩解釋道：“欲從色界返空界，姑且短暫作一休，暴雨傾盤由它下，狂風卷地任它吹。”一休精通漢詩，行為離經叛道，他的行狀與我國南宋高僧濟公很是相似。他曾吟詩道：“瘋狂狂客起狂風，來往淫坊酒肆中。”
一休的父親是日本南北朝時期的後小鬆天皇，母親是日野中納言的女兒伊予局，一說是藤原顯純的女兒藤侍從。當時日本正由將軍足立義滿結束了長達60年的南北朝對峙局麵，政權中心由鐮倉轉移到京都，開始了“室町時代”。藤原顯純是南朝權臣，於是足立義滿逼迫後小鬆天皇將一休逐出皇宮，並令一休從小在安國寺出家，以絕後代。《聰明的一休》動片畫中的糊塗將軍的原型，就是當時的幕府將軍足立義滿。