日本古代，兄妹通婚的現象在貴族和皇室中屢見不鮮。其原因則多係為了保持血統的純正。同父異母兄妹婚有仁德天皇（八田皇女、菟道稚郎姬皇女）、履中天皇（幡梭皇女）等；同母異父兄妹婚有天智天皇（間人皇後）。這與日本古代在母係社會影響下的招養婚和服役婚有關，孩子多在各自的母親家出生長大，同父異母的兄弟姐妹之間形同陌路。平安時代的日本夫妻一般都不稱夫婦而是“妻夫”、“婦夫”，《萬葉集》中也多有“母父”的記載，可見女性地位相當重要。唐代日本的招養婚，與現代我國的“倒插門”相類似，就是女方將男方招到自家做上門女婿。平安時代（794—1192年）開始流行服役婚，男方需要到女方家勞作三年，才能將女方娶走。一直到了室町時代（1338—1573年），日本才開始出現嫁娶婚。一般而言，女方在古代日本是相當自由的。
在木梨輕皇子的時代，雖然人們對異母兄妹之間的婚姻有認可，但同母兄妹之間的男女行為仍是禁忌的亂倫行為而被嚴厲禁止。最初木梨輕皇子也“畏有罪而默之”，然而“感情既盛，殆將至死”。二人的通奸行為敗露後，輕大娘皇女被流放到伊予，木犁輕皇子由於是皇太子而免於治罪，但是群臣開始疏遠他。不久允恭天皇死去，木犁輕皇子被穴穗皇子（後來的安康天皇）率兵包圍，流放到伊予溫泉（伊予的道後溫泉，今天的愛媛縣內）。輕大娘皇女不勝思念，追趕其至伊予，二人雙雙自殺。至今在鬆山市的姬原尚有祭祀二人的“輕之神社”，以及哀悼其不倫之戀的“比翼塚”。在《萬葉集》中有“衣通姬”輕大娘皇女的和歌：
君行日已久，不識幾時還，欲待無從待，欲迎又隔山。
《源氏物語》中的冷泉天皇是光源氏18歲時與其父親桐壺天皇的妃子藤壺中宮的私生子。現實中的冷泉天皇容姿端麗，但卻與光源氏無關，他是村上天皇的第二皇子，母親為藤原師輔的女兒中宮安子。第73代天皇冷泉天皇即位是在村上天皇去世的康保四年（967年）。冷泉天皇雖然即位的時候已有18歲，但是卻無法正常履行天皇的職權。因為罹患嚴重的精神疾病，冷泉天皇的行為顯得極為怪異，比如完全不顧自己的足傷持續一整天玩耍蹴鞠；一度坐在清涼殿附近小屋的屋頂上；因病臥床時歡聲高歌；退位後所住的禦所遭受火災，在避難途中的牛車上也不忘放聲高歌；在給其父皇村上天皇的信中附上一個畫了很大的男性生殖器的繪畫；場麵肅穆的皇家儀式中大叫“戴如此重物實不耐煩！”突然扯下冠冕，並將在一側侍奉的馬命婦（命婦為五位以上女官之稱）拽入帳中強行臨幸。
冷泉天皇的乖僻行為自然影響到他的天皇地位，即位2年後，冷泉天皇即讓位於同母兄弟圓融天皇（守平親王），讓位後被稱為冷泉院上皇，62歲時駕崩。
《平家物語》裏記載有“兩代的王後”的故事。近衛天皇（第76代天皇）的王後藤原多子，當時稱為皇太後。她是大炊禦門的右大臣公能公的女兒，在近衛天皇歿後移居近衛河原的邸宅，過著樸素的生活，在永曆年間已經二十二三歲了，素有天下第一美人的稱號。二條天皇（第78代天皇）天性好色，於是叫人將情書送到皇太後那裏去。皇太後不加理睬，但天皇自己把事情公開，並向右大臣傳諭，要將皇太後立為王後，速速進宮。
公卿們於是召開會議，決議反對：“別國先例，中國的則天皇後乃唐太宗的後妃，也就是高宗皇帝的繼母，太宗崩後立為高宗王後。但此乃別國先例，是特別的事情。我朝自神武天皇以來，曆人皇七十餘代，還沒有過立兩代王後的事情。”上皇也加以勸諭，然而天皇卻說：
天子無父母。我憑了十善的戒功，得萬乘之寶位，這一點點的事，還不能任我的意麼？
於是下詔決定進宮日期。皇太後無奈歎息道：“還不如先帝去世時，一同死去了，或是遁世出家，不再聞這樣可悲的事情。”作為右大臣的父親自然從自己權勢出發，不停在旁勸誘。直到半夜以後，精心裝飾的牛車才向宮裏出發。藤原多子後來看到畫屏上先帝以墨塗黑的月亮，寫了一首短歌道：
以我憂患餘生未料重來宮裏看這雲間之月坊間稱宮裏為“雲上”。這首短歌與下麵的一首和歌，傳誦著這個“兩代王後”的優雅與可憐。