《禁中並公家諸法度》的發布，使得天皇的權力喪失殆盡，成為幕府的太平裝飾。1619年，後水尾天皇與女官有染，生下一子一女，然而幕府正計劃將將軍家的公主嫁給天皇以便使下一任天皇具有德川家的血緣，在幕府的要求下，後水尾天皇不得不處理掉這兩個孩子，再1620年迎娶德川和子為皇後。通過婚姻，朝廷也從幕府獲得了經濟援助。
為了改善皇室日益窘迫的經濟處境，後水尾天皇想出了一個“廉價賞賜黃馬褂”——出售紫衣的活動。紫色在日本是最尊貴的顏色，沒有天皇的允許，是沒有資格穿著紫衣的。而後水尾天皇通過類似西歐出售免罪符類似的手段，向當時追求紫衣的大名豪族、公卿貴族售賣紫衣。然而幕府在後水尾天皇已經允諾大德寺、妙心寺僧侶後，斷然否決了天皇售賣紫衣的權力。“紫衣事件”一下子讓天皇的個人威信掃地。
經濟上仰賴於幕府的皇室，到了德川幕府第三代將軍德川家光任內，其威望又受到了損傷。年少的將軍為了顯耀自己的威風，公然向京都的朝廷提出讓天皇巡遊江戶的要求。這個要求打破了身份慣例，明顯是要作為日本國天皇的後水尾天皇到江戶謁見將軍。事關顏麵，後水尾天皇自然抵死不從。
後來退居二線的大禦所二代將軍德川秀忠請奧州的伊達政宗想出一條妙計：讓天皇隻巡遊至二條城。因為二條城是將軍在京都的行宮，其讓天皇向將軍低頭的意義是不變的。不僅如此，幕府還派出將軍的乳母阿福謁見天皇，因為阿福地位低下，遠不合當時隻有四品以上者才可拜見天皇的禮法。幕府此舉顯示了對天皇的輕視與侮辱，後水尾天皇不得不憤然退位。皇位傳給了隻有7歲的皇女興子內親王——明正天皇。幕府讓自己的外孫女繼承皇位的野心實現了。
後水尾的諡號是遺諡，來源於平安時代的清和天皇。清和天皇別號水尾帝，他的即位就是由當時當權的藤原氏所強迫的。這個諡號也是譏諷德川氏為藤原氏，可見後水尾天皇對幕府強烈的不滿。
到了江戶幕府末期的1850年到1860年間，麵對日益強大的倒幕派勢力的“尊皇攘夷”運動，幕府又想到了天皇在京都的朝廷的權威，出現了聯合朝廷（公家）和幕府（武家）的“公武合體”運動。“公武合體”的目的是強化幕府的權力，最高潮當是天皇的妹妹和宮下嫁幕府將軍德川家茂。然而，幕府統治末期的日本，同時麵臨著“西力東漸”的世界大趨勢，麵對海外壓力無力應對的幕府統治，最終引導日本走向“尊王攘夷”的倒幕方向。
四、女帝與風流天子
日本目前有記載的125代天皇中，女天皇共有“十代八位”：推古、皇後水尾天皇（1611—1629年在位）050極（齊明）、持統、元明、元正、孝謙（稱德）、明正、後櫻町。
第33代天皇推古天皇是日本第一位女帝，即位前稱額田部皇女。推古天皇原是第30代天皇敏達天皇的皇後，敏達天皇死後，皇位的爭奪十分激烈。當時佛教信仰在日本的傳播中引發了蘇我氏和物部氏的對立。物部守屋當時是飛鳥時代的大連（有力豪族），作為軍事氏族的首領，對傳入的佛教堅持強烈的排斥立場。另一方麵，聖德太子與蘇我氏的蘇我馬子一起，尊崇並在日本全麵推廣佛教。蘇我馬子殺掉了崇峻天皇後，皇位空缺。592年，推古天皇即位，同時以用明天皇的兒子聖德太子為太子。
推古天皇與聖德太子合作默契，這一時期，內政、外交、立法、文化等方麵都進行了大膽的改革，日本經濟迅猛發展，國力增強。
元明天皇是天智天皇的第四皇女，草壁皇子（天武天皇和持統天皇的皇子）的正妃，與持統天皇是同父異母姐妹，707—715年在位。元明天皇即位第43代天皇，是在兒子文武天皇突然去世、孫子聖武天皇年幼的情況下，不得已不經過皇後一職由正妃直接繼承大統的。與草壁皇子婚後不久（679年前後），草壁皇子即早逝，元明天皇的兒子珂瑠皇子在持統天皇之後繼承皇位——文武天皇。然而，文武天皇在704年草壁皇子的忌日後不久就急逝，由於留下的首皇子（後來的聖武天皇）年幼，遂由元明天皇即位。元明天皇即位後，708年改元“和銅”，並鑄造“和銅開珎”（“珎”是珍的異體字，也有人認為是“寶”的異體字）銅錢和銀幣。