足立尊氏以勝利者的姿態回到京都，並從新天皇那裏獲取了征夷大將軍的稱號。一個新的如同鐮倉幕府一樣的軍事王朝室町幕府建立了。足立家族一共延續了15位將軍，然而足立將軍們沒有能夠促成日本國內的和平，這一時期，日本持續了200餘年的動蕩與不安局麵。
1392年，南朝勢力日益衰微，第三任足立將軍足立義滿（1358—1408年）與南朝交涉，以“兩統迭立”（由持明院統和大覺寺統交互繼天皇位）等條件交換南朝後龜山天皇將三神器交由北朝的後小鬆天皇接收，從而結束了南北朝對峙近60年的分裂局麵。足立義滿時期，創造了室町幕府時期最燦爛的政治、經濟和文化成果——北山文化。
明太祖朱元璋為了鎮壓“倭寇”，冊封當時在九州太宰府的征西將軍懷良親王為“日本國王”。後來足立義滿努力獲得明政府的認可，被建文帝冊封為“日本國王”，開始了日本對明的大規模朝貢貿易往來。
日本國王的稱號無獨有偶，在1986年斯威士蘭國王姆斯瓦蒂三世的國王加冕典禮上，曾將當時的日本首相中曾根康弘稱為“日本國王康弘”，一時成為街談巷議的社會話題。
“日本國王”足立義滿死後，從日本朝廷獲贈了“鹿苑院太上法皇”的稱號，但是這個稱號由於4代將軍足立義持的反對而被辭退。
中國的《推背圖》是民間故事的一大話題。在日本的平安時代至室町時代，民間流傳著一首預言詩——《野馬台詩》。據傳該詩是梁朝的寶誌和尚所作，遣唐使吉備真備謁見唐玄宗時曾被要求解讀該詩。吉備真備解讀時，由於內容分散零落，毫無邏輯，根本無法解讀。
於是吉備真備祈神禱告，這時突然見蜘蛛落下，吉備真備順著蜘蛛所爬過痕跡，遂解讀全詩。日本的國寶《吉備大臣入唐繪卷》中有描寫吉備真備向唐太宗解讀該詩的情景。全詩內容如下：
東海姬氏國百世代天工右司為輔翼衡主建元功初興治法事終成祭祖宗本枝周天壤君臣定始終穀填田孫走魚膾生羽翔葛後幹戈動中微子孫昌白龍遊失水窘急寄故城黃雞代人食黑鼠喰牛腸丹水流盡後天命在三公百王流畢竭猿犬稱英雄星流飛野外鍾鼓喧國中靑丘與赤土茫茫遂為空平安時代後期，天皇百代終結的“百王說”廣為流傳。到了南北朝時代，天皇的代數已經達到百代。按照現代的代數計算，後小鬆天皇是第一百代天皇，然而當時以北朝為正統，並且有沒有得到認可而即位的天皇存在，所以計算方式各有不同。到了1402年，足立義滿就曾經向坊城俊任問起過“百王”之事，坊城俊任向吉田兼敦請教的結果是“百字為眾多之數，非數字之百”，後世也有人據此認為足立義滿有篡位的嫌疑。
1467年，圍繞將軍的繼承權爭奪又爆發了持續百年的戰火——應仁之亂。期間經濟持續發展，商人階層逐漸形成，建築、雕塑和陶瓷業興旺發達，詩歌、文學和戰爭故事的藝術創作也異常繁榮，同時出現了集詩歌、音樂、舞蹈於一體的能戲。
禪宗進一步發展的同時，基督教也隨葡萄牙人商人出現而獲得了傳播。1568年織田信長奪取了京都並開始逐步統一日本，織田被殺後，豐臣秀吉控製了日本66個地區。1598年豐臣死去，德川家康1603年建立了自己的將軍政權，12年後圍攻大阪城，迫使豐臣秀吉的兒子自殺，江戶幕府開始了自己穩定的武家統治。
《禁中並公家諸法度》在1615年9月發布時，正值後水尾天皇在位時期。後水尾天皇即位成功，也與德川家康與豐臣家政權交替有關。
後陽成天皇本欲讓位於自己的弟弟八條宮智仁親王，智仁親王同豐臣家有姻親關係，這自然被征夷大將軍德川家康視為眼中釘。在德川家康的強烈要求下，後陽成天皇不得不把皇位傳給政仁——後水尾天皇。這一事件使豐臣家依靠天皇朝廷的力量來實現權力交接的計劃落空，同年，豐臣秀賴前往二條城謁見德川家康，正式從屬於自家權臣德川家。