元代通過文永、弘安兩次入侵日本，打擊了幕府的軍事實力。同時元軍的失敗也讓很多人認為是“天佑”的結果，後宇多天皇親臨祈禱，掌握朝廷大權的龜山上皇向寺廟奉獻錢幣，在延曆寺祈願“異國降伏”等，甚至不間斷祈願七晝夜，並發動全國人民祈願，由龜山上皇手書“敵國降伏”的條子30張，放於佛像神座及社、殿的石礎下，表示以神力壓服元軍之意。
到了明代，由於倭寇的關係，明政府希望通過朝貢貿易的“羈縻”手段來消除“釁隙”，日本則將朝貢貿易作為盈利機會，各方都大加利用。
明太祖朱元璋曾詔諭南朝的懷良親王“日本國王”，並賜其《大統曆》及文綺、紗羅等，當時並不了解日本南北朝分治的情況，懷良親王也借助明朝的權威來鞏固自己在九州的南朝勢力。後來明政府得知懷良親王並非日本國王，而博多、太宰府也並非日本之京城，對非日本朝廷派來之朝貢使者一概拒絕接受，並開始積極防禦倭寇。1381年、1386年懷良親王的使者都被卻貢。
足立義滿年輕時就對明王朝的文化大為憧憬，1394年曾欲以明太祖洪武帝朱元璋的“洪”字為日本的元號，此字因與“洪水”相關，在日本被認為不吉而遭到公家的反對。足立義滿完成日本南北朝統一後，1401年以“日本國準三後源道義”的名義派使節入明。1403年，又派遣天龍寺僧人堅中圭密入明朝貢。1402年，當攜帶明惠帝國書的兩名僧人到達兵庫（神戶）時，足立義滿專程趕到兵庫，清掃街道將使者迎接島京都。在義滿跪接的明國書中寫道：
奉天承運皇帝詔曰：爾日本國王源道義，心存王室，懷愛君之誠，逾越波濤大海，遣使來朝……“源”是義滿的祖姓，“道義”是義滿出家後使用的名字。此後，義滿在給明朝的國書中自稱“日本國王臣源”，將明朝的國書視為無上的恩遇和榮耀。掌握了對中國的外交主動權後，天皇自然不被足立幕府重視。
明成祖朱棣時，則派趙居任等出使日本，賜足立義滿龜鈕金印及堪合（朝貢貿易憑證）百道，恢複了兩國朝貢貿易關係。同時，足立義滿入貢時獻所俘獲的擾邊倭寇，大受明成祖嘉獎。1406年，義滿捕捉對馬、壹岐等島倭寇，並獻所獲之倭寇魁首，盡殲其類。明成祖派使者齎璽書褒諭，並賜白金千兩及海舟兩艘，封其國之山為“壽安鎮國之山”。明朝與室町幕府之間的朝貢貿易也成為其收入的重要來源。日本學者臼井信義就認為：“義滿鼎盛期的北山時代最重要的財政收入來源，實際就是和明王朝的貿易。”
隨著室町幕府勢力衰微，日本國內各勢力對朝貢貿易的爭奪也日趨激烈，最終發展成了寧波的互相拚殺的“爭貢之役”。事情源於1513年入明貢使所帶回的正德新堪合，新堪合並沒有送到京都足立幕府手中，而是半途被九州的大內氏奪走。正德十一年（1516年），大內氏派遣朝貢船三艘攜帶一、二、三號堪合到達寧波。此事引起緊鄰京都、盤踞坍港的細川氏的不滿，細川氏要求分享朝貢貿易，由於細川氏實力強大，幕府不敢拒絕，於是給以過期的弘治堪合。細川氏遂派朝貢船一艘於1523年到達寧波，比大內氏的朝貢船遲到10天左右。按照朝貢慣例，“凡番貢至者，閱貨宴集，並以先後為序”，但寧波市舶太監接受細川氏朝貢船的賄賂，以其為先，此舉引起細川氏一方宗設謙道的不滿，兩方仇殺，焚嘉賓堂、劫東庫，大掠寧波，奪船揚長而去。事後，明政府停寧波市舶，中止了日本的朝貢貿易關係。而朝貢貿易的停止，又延伸出中國東南沿海全麵遭受倭寇騷擾的“嘉靖倭患”。
清代，中日兩國民間往來頻繁，但正式的國際關係確立卻直到清末的1871年《中日修好條規》簽訂之後。此時的日本，已經全麵以西方為楷模，吞琉球、覬覦朝鮮和中國沿海領土。1874年，借口台灣島民殺害琉球漂流民出兵台灣，挑起“台灣事件”；1894年8月1日，明治天皇向清國宣戰。“甲午戰爭”勝利後的日本不僅獲取了巨額的賠款和領土，也使得軍事統帥者天皇的地位大大提高。到了1898年清政府推行“戊戌變法”的時候，已經將明治政府作為改革和學習的楷模，中日之間的文化地位全麵逆轉，遂有清末和民國大舉留學日本的熱潮。