隨著晚清政局的變動，從清王朝統治集團內部也產生了離心勢力，其中最顯著者，莫過於地方漢人督撫勢力和以袁世凱為首的北洋軍閥集團的崛起，嚴重地削弱了滿清專製主義中央集權的統治。
在太平天國起義爆發前，清朝軍政大權多掌握在滿族權貴手中，封疆大吏多數為滿人。在鎮壓太平天國起義過程中，湘軍和淮軍取代了八旗和綠營，以曾國藩、李鴻章為首的漢族官僚，掌握了湘淮軍的指揮權。鹹豐十年（1860）六月，鹹豐帝任命曾國藩為兩江總督並加欽差大臣銜，督辦江南軍務，節製大江南北水陸各軍。鹹豐十一年，慈禧太後上台後，又命令曾國藩統轄贛、皖、蘇、浙四省軍務，節製四省督撫、提督以下文武官員，兩月後又加曾為太子少保、大學士銜，曾國藩集恩寵權勢於一身，由此成為最大實力人物。到同治三年（1864），曾國藩集團就有21人先後出任總督、巡撫。自湘軍和淮軍建立後，十多年內向各省軍營保舉的武職總數達10餘萬，僅三品以上者就有1萬多人。地方軍政長官也多出自湘、淮係將領，曾氏兄弟、左宗棠、劉長佑、劉坤一及李氏兄弟、張樹聲、劉銘傳等一大批人都以軍功官至總督或巡撫。
清朝的總督和巡撫，是地方最高長宮。但在太平天國事起之前，各地軍政統由中央管轄，民政、財政和司法，也由直隸於中央的各省布政使司和按察使司所分掌，督、撫不能隨意幹預。而自湘、淮將領居於督、撫之位後，手中握有重兵，為清政府所倚重，便借勢擴張權力，將地方民政、財政、司法諸大權統統把持起來，使兩司降同督、撫屬員。此後，督、撫專政成為慣例，既便不是湘、淮將領出身的，也都實掌全省軍政。清王朝的中央集權製度自此破壞，由此削弱了清政府對地方的控製，孕育著統治集團內部滿漢之間日後矛盾的深化。而這些情況的出現，又潛伏下清王朝最終覆滅的危機。
在20世紀初開展的清末新政中，袁世凱北洋軍閥勢力趁勢崛起。袁世凱於戊戌變法中出賣維新派，得到慈禧太後的歡心。隨後在鎮壓義和團運動中，深受帝國主義賞識。李鴻章死後，袁世凱繼任為直隸總督。清政府推行“新政”，給了袁世凱迅速擴張勢力的機會。光緒二十八年（1902），袁世凱奉命參與督辦新政事務，負責編練新軍。光緒三十一年（1905）袁世凱最先練成北洋新軍6鎮。而直到清朝滅亡前夕，全國建製完備的新軍總共才編成14鎮。袁世凱廣集黨羽，安插親信，使軍政、警政、路礦等大權盡歸北洋，從此成為手握重兵的最大軍閥和左右政局的關鍵人物。
清王朝後來借“預備立憲”之名，集權於滿洲皇室貴胄。例如袁世凱本人被革去8項兼差，被迫交出4鎮新軍，另一擁有雄厚實力的地方總督張之洞被調到中央，被剝奪軍政大權。溥儀即位以後，其父載灃監國，竟罷黜袁世凱，令其回籍，並陸續將軍政大權收歸於滿洲貴胄手中。宣統三年（1911）四月，清政府成立“皇族內閣”。不僅擊碎立憲派的幻想，而且也使漢族官僚徹底寒心，很多漢族官僚和立憲派人士轉而倒向革命陣營。