2002年，溫州市政府辦公室出台《關於開展創建國家級特色產業基地活動的若幹意見》，確定了行業協會在申報“國”字號基地中的主體作用。在申報國家級基地的十項基本條件中，其中之一是“有一個管理規範、有較強組織和協調能力的行業協會為基地服務”。《意見》提出，對於達到基本條件的基地，各相關的行業協會要積極做好服務，各有關政府部門應予以積極配合和重點扶持；條件成熟後，由市有關行業協會提出申請，市經貿委負責初審後上報，由市政府統一轉報國家有關部門。
2004年初，溫州市委九屆三次全會提出要打造“品牌溫州”，全力打造產業品牌、城市形象品牌、政府服務品牌和溫州人品牌，核心是打造產業品牌。隨後，溫州市委、市政府召開了全力打造產業品牌動員大會，並出台了《關於進一步提高產品質量，全力打造產業品牌的實施意見》。該《實施意見》要求“各有關行業協會要充分發揮在提高產品質量和打造產業品牌中的作用，踴躍向政府進言獻策，支持和配合各有關部門開展質量與品牌工作；增強行業自律能力，製定行業質量規範，創造公平競爭的行業環境；積極發揮在信息交流、人員培訓、質量改進和培育行業品牌等方麵的作用，為企業提高產品質量和實施品牌戰略服務”。
2005年，溫州市委、市政府組織實施工業發展“12345工程”，明確了今後三年的品牌創建目標，即奮鬥三年，創出中國名牌產品、中國馳名商標40個以上。9月30日，溫州市委、市政府又把“質量立市”提升到“品牌強市”的新高度，召開了全市推進“12345工程”、深入實施品牌戰略大會，出台了《關於進一步實施品牌立市戰略的若幹意見》，強調發揮行業協會的橋梁紐帶作用。這包括：規範行業協會建設，引導行業協會建立行業信息收集係統，開展行業調查，並加強與國內外同行業的溝通與聯係，及時了解本行業國內外發展趨勢和品牌信息；積極配合政府及有關部門，參與名牌產品和商標的評價和推薦，並幫助企業培育名牌、宣傳名牌、保護名牌；加強行業自律，經常組織開展品牌法律法規和品牌業務知識宣傳、培訓和谘詢活動，提高企業的商標品牌意識，依法維護會員單位的合法權益和行業整體利益。
2006年，《溫州市質量與品牌發展規劃（2006-2020年）》出台，這是未來5年及今後15年溫州市質量與品牌發展的指導性文件，是深化實施“質量立市”和“品牌立市”戰略的行動綱領。該規劃要求大力培育和發展行業協會（商會），充分發揮行業協會（商會）的主體作用，努力構建以行業協會（商會）為主體的行業管理新體製；引導行業協會（商會）貫徹國家產業政策，開展行業調查，掌握全行業情況，研究製定行業發展規劃；積極開展“千家爭名牌，萬家創名牌”的活動，幫助企業培育名牌、宣傳名牌、保護名牌；參與政府及有關部門開展的名牌產品和知名商標的評價和推薦，提供科學、公正的社會中介評價，切實維護溫州品牌的聲譽。
在政府推進某些行業的產業升級中，同樣強調行業協會的作用。如2007年溫州市政府辦公室印發的《溫州皮鞋和打火機行業分類培育提升方案》針對不同類別的產品，要求行業協會發揮相應作用。對於A類產品，行業協會主要是參與製定標準。“參照國外先進標準，（質監局、出入境檢驗檢疫局等）與行業協會、企業共同研究分析，指導有條件的企業將部分適合的技術指標轉化為企業標準或企業內控標準。”對於B類產品，行業協會主要是創建區域品牌。“（工商局、經貿委等）指導幫助行業協會等區域品牌創建主體注冊集體（證明）商標，加強注冊集體商標使用管理，做好創建區域品牌的相關基礎性工作。”對於C類產品，行業協會主要是進行質量控製。“（質監局、經貿委等）指導幫助皮鞋、打火機建立行業質量自律機製，推動行業協會開展產品質量守信承諾活動。”
2008年，麵對經濟趨勢的嚴峻，溫州市人民政府頒發《關於溫州市民營經濟創新發展綜合配套改革試點第一階段的實施意見》，提出創新建立政府技術性服務性職能向協會行業（商會）轉移的機製。這包括：圍繞政府職能轉變，充分發揮行業協會（商會）的作用，培育發展行業協會（商會）等社會中間組織，開展政府技術性、服務性職能向行業協會（商會）轉移的試點工作。研究製定政府職能轉移實施方案、職能轉移目錄，將適宜由行業協會（商會）承擔的行業管理與服務職能通過授權、委托、轉移等方式轉移到行業協會（商會）。加強對行業協會（商會）的指導，鼓勵行業協會（商會）加強服務並合理行使職能。探索建立行業協會（商會）為政府提供有償服務的機製。
除行業治理外，社會管理體製創新也使政府賦予行業協會新的職能。如2004年“平安溫州”建設中，溫州市政府出台《關於鼓勵和支持行業協會實行安全生產自律管理的意見》，賦權行業協會以安全管理職能。這包括：（1）建立健全行業協會安全生產管理工作機製；（2）多途徑、多層次地引導行業協會實行安全生產自律管理；（3）鼓勵和支持行業協會在本行業內開展安全生產工作；（4）行業協會積極協助政府部門做好安全生產工作；（5）行業協會組織製訂本行業企業安全生產各項規章製度，並督促會員單位貫徹執行；（6）政府有關部門組織對危險化學品從業單位、礦山企業、建築施工企業安全審查和“三同時”審查，邀請行業協會有關技術人員參加，充分聽取他們的意見；（7）加強行業協會實行安全生產自律管理的業務指導；（8）鼓勵和支持行業協會建立專門的安全生產管理機構。
在產業升級和社會管理體製創新中，行業協會的職能得到了擴展。如果說1999年《溫州市行業協會管理辦法》規定的行業協會16項職能提供了一個基本框架，那麼在後來的產業升級中，行業協會的行業管理職能得到進一步具體化；而在社會管理體製創新中，行業協會的職能被拓展到了社會管理領域。
（三）對商會的管理和規範
溫州商會在參與公共治理中成長，通過政府賦權而確立、拓展了治理職能。但是，如有的學者所指出的那樣，任何地方的公民社會組織“都是由良莠不齊、甚至完全怪誕的成分組成的令人眼花繚亂的縱隊”。它們常常與私有的經濟利益相關，對平衡有關公共利益的不同觀點並不感興趣。各種利益集團對權力和資源的爭奪勢必“阻遏代表性的製度運作，並係統地歪曲政策效果”。溫州商會在發展中同樣存在著諸多問題，如行會內部組織結構不完善、沒有充分履行治理職能、相關部門的監督管理流於形式、缺乏財務監管機製等。因此，強調大力發展商會，充分發揮商會作用，並不意味著政府必須放棄對商會的管理和規範。政府對商會的監管正是新的社會管理體製的重要內容之一。
1999年，溫州市政府出台《溫州市行業協會管理辦法》。該辦法規定行業協會是民間性、自律性和非營利性的社會團體法人，按“自願入會、自選領導、自聘人員、自理經費”的原則組建，按“自我管理、自我服務、自我協調、自求發展”的方針活動。除成立登記條件、16項職能和會員條件外，《辦法》還對行業協會的組織機構與監督管理作出了具體規定。關於組織機構的具體內容有：（1）會員大會和理事會的召開、決議和職權；（2）會長、副會長和理事的任職條件和任期；（3）秘書長的任命方式和職責；（4）行業協會可設立專業委員會。關於行業協會的監督管理所涉內容：（1）業務主管單位和登記管理機關的職責；（2）行業協會的經費和資產來源及其使用；（3）行業協會的財務管理；（4）行業協會年度工作報告的送審。這些規定為溫州行業協會的建立、運行和管理提供了一個基本製度框架，既使行業協會有法可依，也防止行業協會行為失範。