溫州商會的治理失範與功能失效，阻礙了它的進一步發展。考辨造成溫州商會失靈的原因，特別是其中的一些具有普遍性的原因，對於完善行業組織的治理結構，提高行業組織的治理績效，無疑有著重要意義。這些原因主要在於以下幾個方麵：
（一）商會職能構成不合理
如前所述，根據中央政府和地方政府的有關文件，溫州商會作為行業組織的職能大致可劃分為三類：一是服務會員，二是提供行業公共物品，三是進行社會服務和管理。與發達國家行業組織相比較，溫州商會的功能無疑過於繁多，特別是後兩種功能明顯過多。美、日行業協會一般不承擔政府委托職能，歐洲行業協會隻承擔少量政府委托職能，而且無論是美日還是歐洲的行業協會，所履行的行業管理職能和社會管理職能都相對較少，它們都主要以服務會員為主要職能。更重要的是，即使溫州商會的現有職能布局從理論上講是合理的，並且符合國情，溫州商會自身能力的不足也使它難以同時發揮如此繁多的作用。
以受政府委托的行業統計職能為例。在接受我們調研的商會中，多家商會一直或曾經承擔這項工作。由於商會通常並不覆蓋全行業企業，對會員企業之外的行業企業進行統計，缺乏正當性，雖然有政府委托，一些企業仍然不願意配合商會的統計工作。溫州市化工協會就曾以統計不可能涵蓋整個行業為理由，提出不代理這項工作的要求。溫州市五金商會在接受市經貿委的委托後，要求各行業企業上報資料，但企業的上報率隻有50%。而溫州市家電協會通過下列方式開展行業統計，即先由市經貿委發文給各縣（市）經貿委，要求各縣（市）經貿委將所在地家電行業統計資料統一上報家電協會，然後由協會進行數據統計，寫出統計報告上交市經貿委。這樣，行業統計工作總算完成了，但這顯然已經不是真正意義上的行業統計，充其量隻能算作協助政府做一些計算和報告撰寫工作。類似的情況也發生在其他的代理或公共物品提供職能上，如行規行約執行、安全生產監管、行業規劃等，基於同樣的原因，這些職能都未能得到很好的履行。
溫州商會較難履行行業統計等職能的事實表明，由於會員覆蓋率普遍不高，商會一時還難以有效從事與全行業有關的事宜。。這決定了商會的根本職能是提供俱樂部產品，而非行業公共物品。當然，這並不是說商會排斥公共物品的提供，而是說，公共物品的提供應該是商會基本功能的副產品。溫州商會盡管具有較強的民間性，但它仍然承擔了不少政府委托的公共服務職能，更為重要的是，政府委托這些職能後，並沒有賦予商會相應的權力和資源，也沒有設計與商會合作履行某些職能的機製，這就容易造成商會職能履行中的失靈。不但如此，如果商會以有限資源疲於應付政府委托的工作，也容易導致商會服務會員的基本職能履行不足，從而帶來商會的生存危機。
（二）商會入會率低，權力結構不盡合理
對於商會而言，正常的運行需要一定的經費，經費由一定數量的會員來提供，如果會員數量達不到基本要求，商會就無法正常運行。溫州市壓電點火裝置商會就是一個典型例子。上世紀90年代中期，溫州的壓電點火裝置生產獨占國內市場，後因受到義烏、寧波等地的競爭而萎縮。按照該行業協會章程，每屆任期為3年，但因為沒有人願意接任會長，以致5年都沒有換屆。2006年4月，現任會長請辭，壓電點火裝置商會停止辦公。皮碎、電梯、會展、鞋機、洗滌、舊貨調劑和飲用水等行業本來規模就小，盡管除洗滌清潔家政行業協會和舊貨調劑行業協會外，其他行業協會的入會率都超過了70%，但會員數量還是太少，其中電梯行業協會和會展業協會的會員分別隻有42家和35家。在產業規模較小的10家行業協會中，除壓電點火裝置商會外，有5家年經費收入低於5萬元，4家低於10萬元，這些商會的日常辦公支出都較難維持。
商會會員的結構同樣影響到商會職能的履行。如果產業鏈的上遊為某一家企業所壟斷，下遊企業就形同該企業的分支機構，這樣一個行業成立行業協會就沒有實際意義，因為行業所需要的集體行動完全可以由這家處於絕對壟斷地位的企業來提供。國營企業菜籃子集團負責溫州市區的定點屠宰和擁有最大的蔬菜交易市場，因而成為肉類和蔬菜兩個行業的上遊壟斷企業。肉類商業協會和蔬菜行業協會都依附於菜籃子集團，集團負責人是協會的會長和副會長，會員都是下遊的經營戶。協會不收會費，沒有獨立的辦公場所和專職人員，所有開支由菜籃子集團負責。按集團負責人的話來說：“協會有名無實，有個牌子，做點表麵工作，實際工作還是由菜籃子（集團）來做。”
（三）製度環境不完善
民間組織總是處於一定的製度環境之中，即要受到各種正式或非正式準則的規範和製約。從總體上看，改革開放以來，我國的宏觀製度環境是有利於公民社會生長的。《憲法》規定了公民的結社自由，黨和國家的一係列重大政策，比如推行社會主義市場經濟，進行農村和城市管理體製改革，推進村民自治等基層民主，建設社會主義法治國家和政治文明等，客觀上都為民間組織發展創造了合法的製度空間和現實的經濟條件。但與此同時，我國的微觀製度環境卻體現出以約束民間組織為主的特征。