溫州商會產生於市場需要的形成路徑還影響了其組織結構。如上一章所述，溫州商會尤其是自發成立的民間商會從一開始就是企業的自願聯合，因而采取會員製的組織方式。這種組織方式反過來又決定了商會的職能取向首先是為會員服務。可以看到，在一開始主要開展市場秩序的維護工作後，溫州商會很快進入了職能擴展時期，其中首先發展起來的職能即是更加切實地為會員服務，集中體現在開展教育與培訓、樹立行業品牌、開拓行業市場等方麵。
溫州服裝行業在初期麵臨著技術缺乏、管理水平不高等問題，服裝質量上不去。但到了1999年，溫州服裝業中達到國家最高質量等級標準的品牌有35個。1999年9月，國家紡織工業局和中國紡織國際交流中心特別挑選5個溫州西服品牌作為中國當代男裝代表，參加“99巴黎·中國文化周”中華服飾文化展演活動。取得這些成就，服裝商會功不可沒。服裝商會成立後，一直致力於提高服裝檔次。為此，商會成立了設計專業委員會，舉行作品演示會，引導技術創新和設備更新，組織多次研討會和講座，宣傳質量觀念。同時，商會響應政府提出的“穿在溫州”號召，以創建服裝名城為目標，組織和參加多次服裝博覽會。
與服裝商會一樣，溫州其他商會也在規範市場秩序、提高產品質量的功能之外，陸續發展出品牌建設和市場開發功能。典型的如鹿城鞋業協會。到90年代初，鹿城皮革企業的質量內部整頓已初見成效，但仍然沒有擺脫其在消費者心中的不良形象，一些企業隱姓埋名，借用外地鞋業企業的名義生產。為此，協會開展了一係列引導企業自創品牌的活動。一方麵，協會協助政府開展了取締假聯營活動，另一方麵，協會組織了一年一度的溫州市“鞋城杯”鞋類產品大獎賽，推出鹿城鞋精品，鼓勵創優創名牌。在具備一定基礎後，協會又積極推薦鞋業明星企業、名牌產品參加國家、省、市評獎活動。這些措施推進了溫州鞋業品牌的樹立。同時，為了使鹿城皮鞋形成相對於其他區域品牌皮革的競爭力，減少庫存，提高銷售量，協會還積極開展了市場拓展工作。早在1992年9月，鞋業協會就協助鹿城區委和區政府舉辦了首屆鹿城鞋文化節。此後，協會多次配合政府或與有關機構聯合或單獨組織鹿城鞋類企業參加國內外各類展銷會，接待國內外代表團的考察。協會還於2000年向國家商標局申報了“溫鹿鞋協”集體商標，製訂了一係列辦法，分階段地選擇質量過硬、質保體係完善但市場知名度不高的中小企業佩掛此商標，以求形成航母型銷售體係，合力開拓國內外市場。協會還創辦了“中國鞋都”網站，通過網絡形式進行產品展示，提供交易平台，構建“網上超市”。
為會員服務是溫州商會的主要職能，同時，溫州商會也承擔了服務政府、溝通政府與企業等多項其他職能。這些職能有些是政府的管理條例所規定的，有些是商會在發展過程中逐漸形成而為政府所確認的。
作為行業協會迅速發展的地區，溫州市被國家經貿委確定為行業協會試點城市。1997年3月，國家經貿委印發《關於選擇若幹城市進行行業協會試點的方案》，確定上海、溫州、廣州和廈門作為行業協會的四個試點城市。《方案》對試點行業協會職能進行了規定，指出在我國社會主義市場經濟條件下，行業協會的基本職能是服務，通過提供信息、谘詢、交流、促銷、調研、培訓、溝通等各項工作為政府和企業進行雙向服務。同時，行業協會也承擔著一定的自律性行業管理職能。《方案》指出，在試點中要重點明確試點行業協會的六條職能。與此相應，1997年溫州市成立了行業協會試點工作領導小組和領導小組辦公室，將食品工業、包裝技術、鞋革工業等六家具有代表性的行業協會歸屬市經委主管，進行試點，並起草製定了《溫州市行業協會試點工作實施意見》。經過兩年探索，1999年4月，溫州市人民政府以30號令形式發布《溫州市行業協會管理辦法》，該《辦法》適用於溫州以協會、商會、同業公會命名的行業組織，賦予了行業組織進行行業調查、行業自律、參與製訂行業標準、培訓、谘詢等16項職能。2004年3月，中共溫州市委、溫州市人民政府出台《關於進一步提高產品質量全力打造產業品牌的實施意見》，提出有關行業協會要充分發揮在提高產品質量和打造產業品牌中的作用。同年10月，溫州市人民政府發布《關於鼓勵和支持行業協會實行安全生產自律管理的意見》，提出有關行業協會要充分發揮在安全生產自律中的作用。2005年1月，溫州市人民政府辦公室又出台《關於進一步促進行業協會（商會）規範化發展的若幹意見》，明確指出要繼續完善和落實《溫州市行業協會管理辦法》的規定賦予行業協會（商會）的職能。