在商會實際運作中，實現組織治理的轉型存在著一定的阻礙。除了商會管理者的思維定勢之外，商會發展初期的治理模式所形成的利益結構是最大的障礙。特別是商會中的精英成員，他們對商會發展作出過重要貢獻，在商會精英治理模式中的收益也往往比普通會員更多。治理模式的變革在短期內可能影響他們的權力和利益，在缺乏競爭壓力的情況下，隻有那些富有遠見、具有社會責任感和企業家精神的商會領導人，才有可能果斷實施變革。而那些不能克服個人利益局限的商會精英，就有可能拒絕改革。這樣的商會也往往在內部缺乏民主機製，很難通過更換領導人來啟動改革。目前實行的“一業一會”、“一地一會”製度在客觀上也造成了商會的行業壟斷性，無法將那些績效低下甚至已經癱瘓的商會淘汰出局，從而從外部製度上推進商會的治理變革。
無論是加強內部監管還是提高效率、強化服務，都對商會的長期發展有利，但對個體成員的收益有限，或許還會觸動其既得利益，這就有可能導致商會治理變革的動力不足甚至遭到抵製。因此，有必要通過強化商會個體成員特別是領導人的改革動機，來推進商會實現治理轉變。在上位法規《社會團體登記管理條例》所確立的“一業一會”、“一地一會”原則的給定約束下，地方政府要立刻放開同行業商會的自由競爭並非現實的選項。一種可行的思路是，通過細分行業，設立分行業商會或者合並小行業商會，使其成為隸屬於上一級大行業商會的分會。這在某種程度上可以繞開“一業一會”的限製。此外，我們也可以換一個角度思考，商會競爭的目的在於優勝劣汰，完全可以遵照現行法規中有關規定，引入退出機製，對運行不善、處於癱瘓狀態、已經無法達到行業協會成立條件的商會引入退出機製，從而在一定程度上發揮自由競爭、優勝劣汰的功能。同時也可以修改部分行業協會的成立條件，例如不但要有會員絕對數量的規定，還應增加會員需占全行業企業的下限比例限製，從而使得不同規模行業的商會麵臨同等的淘汰壓力。這樣，即使在商會內部領導獨斷、抵製換屆選舉、缺乏監督和改革動力的情況下，會員依然可以通過退會的方式“用腳投票”，最終促使商會實現治理變革或者被願意變革的商會所取代。