孝莊文皇後所謂“清宮四大疑案”是指“太後下嫁”、“順治出家”、“雍正之死”和“乾隆身世”這四大奇案。
太後下嫁
（1）疑案的始末
太後下嫁就是太後下嫁攝政王。太後是指清太宗皇太極之妃、清世祖福臨的生母，卒於康熙二十六年（1687年），被諡為孝莊文皇後；攝政王是指攝政睿親王多爾袞。
孝莊皇後是多爾袞的嫂子，弟弟娶嫂子，按照傳統道德觀念來看，是一件太不光彩也太不文明的事。在清代，對此諱莫如深，也沒有什麼官方記載。
直到清末才刊行的《蒼水詩集》有一首詩寫到：“上壽稱為合巹樽，慈寧宮裏爛盈門；春宮昨進新儀注，大禮恭逢太後婚。”才說了太後下嫁這件事。
這首詩的作者張煌言是清初人，和多爾袞同一時代，所以，人們便根據這首詩來推斷孝莊皇後下嫁給小叔子多爾袞這一事件。
另據《朝鮮李朝實錄》也有“皇父攝政王多爾袞”這樣去“叔”字改稱“皇父”的記載，它可能間接地透露了多爾袞稱皇父“已為太上”與太後相對稱，正是太後下嫁的一個旁證。
何況多爾袞之改稱“皇父”，不但記載在《清實錄》與蔣良驥《東華錄》等書中，也在現今保存的檔案和文告中，抬頭稱呼寫為“皇叔父攝政王”，或寫為“皇父攝政王”的字樣。
（2）曆史的真相
攝政王多爾袞首先就是多爾袞的稱號“皇父攝政王”。有人說如果太後沒下嫁，怎麼會稱為“皇父攝政王”呢？
其實多爾袞的稱號是一步步抬高的。在清朝入關以後，順治元年（公元1644年）十月，多爾袞被冊封為“叔父攝政王”，到了順治二年的時候有個禦史上奏說：“叔父是皇帝的叔父，不能大家都叫叔父。”所以最後經禮部議定，就給多爾袞的封號抬高為“皇叔父攝政王”。
到了順治五年，經過部院大臣的集體討論，進一步把他的稱號抬高為“皇父攝政王”。從此以後，在清朝的公文裏頭，多爾袞稱號都為“皇父攝政王”。
此外，為大清建立功業的多爾袞並不長壽。在順治七年十一月（公元1650年），因出塞外打獵而突然發病，病死在喀喇城，年僅39歲。
當多爾袞靈柩回京時，順治親率諸王大臣出城恭迎並頒布哀悼詔書，命令以皇帝的規格來安葬他。第二年，順治又追封多爾袞為誠敬義皇帝，廟號成宗，升為太廟。
但是，僅過了不到一個月，就開始有人告發他生前曾謀篡帝位，而且話一出口，諸王大臣就紛紛響應，群起而攻之。
於是，剛剛親政的順治皇帝下令將多爾袞削去爵位，撤出宗廟，開除宗室名分，沒收家產，平毀陵墓。多爾袞從巔峰一下子跌入穀底。
如果太後確實下嫁給多爾袞的話，在多爾袞死後屍骨未寒的情況下，是沒有人敢出來陷害他。另外，如果多爾袞確實娶孝莊為妻的話，他就成了順治皇帝的繼父。順治這麼整治多爾袞，那就承認自己曾經認賊作父了。
順治出家
（1）疑案始末
《清史》記載：順治十七年（1660年）八月十九日，皇貴妃董鄂氏薨。世祖福臨哀悼殊甚，為之輟朝者五日。旋即下諭追封為皇後。董鄂氏僅僅是個貴妃，為什麼要這樣濫加諡號，並晉封她為皇後呢？
順治皇帝於是，有人說這個妃子是明朝人冒辟疆的愛妾董小宛，當清軍入關之初，被掠至京師，後來入宮，賜姓董鄂氏，跟著又冊立為貴妃。誰知董氏入宮之後，竟然生病死了。然而順治深愛董貴妃，董貴妃去世後，順治終日悶悶不樂，過不了幾個月，順治竟然看破紅塵，對外宣布自己“死訊”，實際上自己則削發為僧，跑到五台山去出家了。上述就是順治出家的由來。
而根據《清捭類鈔》記載，天台寺有一蠟製的僧裝順治像，頭戴寶冠，身披黃袍，麵目骨架與順治畫像十分相似。而康熙多次到天台寺拜祭，或賜匾額，或賜金帛，證明天台寺確為順治出家之所，那麼順治出家是否真有其事呢？
（2）曆史的真相