莫臥兒王朝第三代帝王是阿克巴。他即位時隻有14歲，政權完全操縱在首相手裏。首相自恃有功，驕橫跋扈，濫殺異己，甚至將阿克巴的好友一個個處死，還陰謀篡奪王位。阿克巴剛滿18歲時便奪回了大權，親自主持朝政。
阿克巴執政以後，貴族、教派叛亂頻繁，王位很不鞏固。阿克巴親自率領大軍鎮壓了各地叛亂。他將2000多人的頭蓋骨築成一座可怕的骨塔，以此來警告叛亂者。隨後，他又對內部事務進行整頓。他首先下令重新丈量田地，嚴格分別等級征稅，不得任意增減；還責令取消人頭稅以及田賦附加稅，以減輕農民負擔；遇到嚴重天災，一律免繳田賦；此外對農業生產和水利也采取一些有效措施。
當時印度流行一種愚昧、殘酷的風俗：丈夫死了，妻子常常要跳入火堆為丈夫殉葬。據說這個風俗在公元4世紀笈多王朝時就形成了。阿克巴對這個相傳1000多年的惡習十分痛恨。他委派幾位督察專員到各地去辨明誰是真心自願殉葬的寡婦，以便保護那些不肯為此斷送性命的婦女。
有一天，阿克巴正在宮中舉行盛大宴飲。突然，一位督察專員走近阿克巴身邊，悄聲說道：“報告陛下，孟加拉已故總督的寡婦明天就要跳火啦！”
“好，我現在就去……”阿克巴說著就放下酒杯，站起身，匆匆向宮外走去。
阿克巴知道，孟加拉總督的寡婦，是一位聰明能幹的年輕女子，她決不會自願跳進火堆的。他騎上了一匹快馬，帶了幾十名隨從，前呼後擁，向孟加拉飛奔而去。到了總督府，沒等人迎接，便徑自走進內廳。隻見在一個大院子裏，許多人正圍著一個火堆，烈火熊熊燃燒著，一個年輕婦女在眾人攙扶下，正哭哭啼啼地向火堆走去。
“君王駕到——”門外一聲呼喊，火堆四周的人們立即跪了下來。那個哭著的婦女，正是已故總督的寡婦。她抬頭一看，是阿克巴君王，立即投去期待和乞憐的眼光。
阿克巴走近她身邊，輕聲問道：“你這樣做，是自覺自願的嗎？”
“聖王在上，賤妾不敢說慌，賤妾本來不願這樣做，隻因夫家怕妾分得總督財產，故逼迫賤妾跳火殉夫。”寡婦說著又痛哭起來。
“既然如此，那就免了吧！”阿克巴說著，又麵向眾人說道，“大家聽著，今後不論什麼人，一律不準強迫寡婦殉夫，誰違背的，嚴加懲處！”眾人聽了，隻得齊聲附和，立即草草收拾了火葬儀式。
孟加拉已故總督的寡婦得救了，但這種殉葬的殘酷行為仍無法完全禁止。直到250年以後，印度才有停止跳火殉夫的法令。
莫臥兒是一個伊斯蘭教國家，而印度長期流行的是印度教，因此教派鬥爭和教派起義十分頻繁。阿克巴為了協調印度教和伊斯蘭教之間的關係，宣布信教自由、教派平等。他特別挑選了一些印度教人士做高級官員，又娶了信奉印度教的貴族女兒為王後。
1581年，他又創立了一個沒有上帝、沒有先知、沒有教條的“聖教”。聖教徒把阿克巴當上帝看待，彼此遇見時總要呼阿克巴的名字。這種“聖教”既無宇宙，又不祈禱，隻是要求在平時愛護動物生命，盡可能施舍、賑濟或做些好事。阿克巴創立的“聖教”有一個特點，就是並不強迫人們都相信“聖教”。因此，印度教徒改信“聖教”的人並不多，伊斯蘭教徒反對“聖教”的也不少。阿克巴對此毫不介意。這些措施，緩和了印度人民反伊斯蘭教的情緒，宗教起義也得到了平息。
阿克巴雖然是個文盲，但幾乎每天都有人將各種書籍讀給他聽。替他讀書的人按所讀頁數得到報酬。他有很強的記憶力，聽讀以後便能記住，並經常以淵博的知識同一些有學問的人討論文學、哲學、宗教等方麵的問題。他供養了100多位畫家，其中主要是印度教徒。宮中每月開繪畫展覽三四次，他對每一幅畫都要加以評論並分別賞賜。
阿克巴還供養了許多音樂家，每天輪流聽取印度、波斯、中亞、克什米爾等地的音樂。他自己也能作曲，還命令將梵文樂譜譯成波斯文，再用波斯文演唱。許多印度教的官吏學習了波斯文，同時許多伊斯蘭教官吏也能寫出印度文詩歌，這樣就促進了波斯文化與印度文化的交流。
因為善於理財和用人，加上在政治上主張民族、宗教平等，這樣就緩和了國內矛盾，使百姓過著較為安定的生活。在軍事上，從1560年起，阿克巴用了15年時間統一了北印度；又用了16年時間把版圖擴大到遙遠的西北地方；最後，又用3年的時間，平定了南方的幾個王國，從而建立起一個強大的莫臥兒王朝。
1605年10月，阿克巴去世，由傑漢基、沙傑罕和奧蘭則布等人相繼為王，這時仍然是莫臥兒王朝最強盛的時期。奧蘭則布去世後，子孫們爭奪王位，經常發生內戰。這種混亂局麵給入侵者帶來可乘之機。1764年英國人闖了進來，征服了印度，成為印度半島的統治者。從此，莫臥兒王國淪為英國的殖民地。