初平三年（公元192年）四月，呂布刺殺董卓，天下人心大快，“內外士卒皆稱萬歲，百姓歌舞於道。長安中士女，賣其珠玉衣裝，市酒內相慶者，填滿街肆。”消息傳來，獄中一片沸騰。荀攸等即刻獲釋，但他為何顒的自殺深感遺憾。刺殺董卓，雖由呂布完成，而非荀攸實現，但荀攸的除奸報國之心十分可嘉。身陷囹圄之後，視死如歸，無所畏懼的勇敢精神，更是難能可貴。這種大智大勇，對他此後需要臨危決斷、出奇製勝的謀士生涯，是至關重要的。
荀攸出獄後，棄官歸家，不久，又被公府辟召，舉高第，遷為任城相。他見中原地區兵連禍結，騷擾不已，不願在此就職，自因蜀地偏遠，形勢險固，而人民殷盛，可立身安泰而有所作為，乃求為蜀郡太守，被朝廷批準。但因交通阻絕，不能赴任，隻得暫駐荊州，以觀時變。
緩軍料張繡
建安元年（公元196年），曹操迎漢獻帝遷都許昌，政治上取得主動，急於網羅人才，大展宏圖。著名謀士荀彧遂舉薦從子荀攸，曹操大喜，當即親自寫信給荀攸，請他出山相助，信中說：“當今天下大亂，正是智士勞心、建功立業的大好時機。先生獨處一隅，顧視蜀漢以靜觀天下之變，不是太久了嗎！該是出山以展大才的時候了。”於是征拜荀攸為汝南太守。荀攸欣然應命，又入為尚書。曹操一向聽說他的大名，即刻請來相見，一番談論，知其確有其才，甚為高興，對荀彧和種繇說：“公達是非常之人，有非常之才。有他和我共謀大事，統一天下尚有何難！”於是，立即任命荀攸為軍師，付以謀劃軍機的重任。
建安三年（公元198年），軍師荀攸跟隨曹操征討南陽張繡，他分析並建議說：“張繡與荊州的劉表聯合，互為依靠，其勢力尚強。但張繡是遊軍，需仰食於劉表，長期以往，劉表擔負不起這個沉重的供應負擔，雙方勢必乖離，產生矛盾。我們不如緩軍以待其變化，變生可為我所用，那時，即可乘機誘使張繡歸附。如若現在發起急攻，劉表害怕勢孤，必然救援，兩軍相合，其勢難破。”在這裏，荀攸不是孤立地看待張繡，而是對有關的各方政治軍事勢力及其相互關係，作了全麵的分析。特別是對劉表和張繡基於利害關係的行動估量，是十分精辟的。很可惜，曹操沒有接受他的意見。三月，遂進軍至穰（治所在今河南省鄧縣），向張繡發動進攻。張繡危急，向劉表求救。劉表害怕友軍敗滅而自己勢孤，遂於五月出兵救援，直插其軍後。曹操被迫撤圍退兵。張繡乘勢來追，直到安眾（今河南省南陽市北）。
“（張）繡與（劉）表兵合守險公（曹操）軍前後受敵。”曹操進退兩難，懊悔無比，對荀攸說：“後悔未聽先生之言，以致如此。”在前後受敵、十分危急的情勢下，荀攸力挽敗局，妙手回春，與曹操巧設奇計，反大破敵軍：“夜鑿險為地道，悉過輜重，設奇兵。會明，賊謂公為遁也，悉軍來追。乃縱奇兵步騎夾攻，大破之。”對戰局總算有了挽回。荀攸初謀而言中，曹操未納而受損，證明了荀攸料敵設謀的高超才能。曹操由此深知荀攸非凡的謀略才幹。
吃一塹，長一智，此後，曹操對荀攸的謀劃，往往深信不疑，敬而納之，將他對軍機的謀劃，變成軍事行動，付諸實踐，由此，常常得到出奇製勝的效果。後來曹操與袁紹相拒於官渡，在“袁強曹弱”的形勢下，張繡在賈詡勸說下，歸降了曹操。由此看來，荀攸這時提出的緩軍以待、誘降張繡的謀略，是可以實現的，也是很明智的。
急攻擒呂布
建安三年（公元198年）秋，呂布與袁術沆瀣一氣，相互勾結，派出大將高順進攻劉備。曹操派夏侯惇援救，連戰失利。劉備亦被高順打敗。曹操欲親征呂布，諸將反對說：“劉表、張繡在我之後，虎視耽耽，此時遠襲呂布，劉、張乘我之後，是十分危險的。”荀攸卻認為：“（劉）表、（張）繡新破，勢不敢動。（呂）布驍猛，又恃袁術，若縱橫淮、泗間，豪傑必應之。今乘其初叛，眾心未一，往可破也。”曹操對荀攸的分析，極為讚同，連連稱好，才下定了征討呂布的決心。九月，遂率軍東進。十月，在彭城大殺大砍一道，然後攻到下邳。呂布親自率騎兵迎戰，曹軍攻勢迅猛，大破呂布軍，活捉其驍將成廉，一直追擊到下邳城下。呂布驚恐欲降，但其大將和謀士陳宮等人，一再阻撓其求降之計，力勸他求援於袁術，固守再戰。呂布不得已出戰，又被打敗，隻得還城固守。呂布雖敗，但他究竟是勇猛慣戰之將，加之陳宮等人為之謀劃，將士懼怕城破被屠，皆拚死守城，故而將下邳守得如鐵桶一般，曹兵一再猛攻，無濟於事，加之連戰不休，曹軍疲憊不堪。曹操無奈，打算班師而歸。