對於規模如此龐大的轉移支付資金，設立專門的負責機構是十分必要的。可以考慮設立政府間轉移支付委員會，由專家和各級政府代表組成，負責製定轉移支付的具體製度，建設數據庫，設計公式，研究轉移支付的合理規模，監督轉移支付資金的撥付，評估資金的使用效益等，以加強對轉移支付資金的規範管理。
三、調整和優化轉移支付結構
逐步取消稅收返還和體製補助。目前我國財政轉移支付的總體規模已經很大，幾乎與地方稅收入持平，因此進一步增加轉移支付的規模不太現實。在現有的轉移支付規模下，如何才能最大限度地發揮其作用，實現均等化的目標，唯一可行的做法就是調整並優化轉移支付的結構。如前所述，稅收返還擴大了地區財力差距，起著逆均等化的作用，並占據了轉移支付的最大份額，應該將其取消，把資金並入到一般性轉移支付中。考慮到實施的難度，可以設立一個過渡期，每年減少一定比例，直至最終徹底取消。體製補助作為舊體製的延續，均等化的效果越來越弱，且運行不規範，退出曆史舞台的時機已經成熟了。
調整和歸並財力性轉移支付。現行財力性轉移支付中，除一般性轉移支付和民族地區轉移支付外，其他項目都是因宏觀政策的出台減少了地方財力而做出的補償，雖然具有均等化的性質，但大多具有專項用途，並且還需要地方政府額外增加配套資金，不利於緩解基層財政困難。因此，應將這些項目歸並到一般性轉移支付中，既簡化了轉移支付的形式，又加大了一般性轉移支付的比重，有利於其充分發揮均等化效應。
控製專項轉移支付的規模和比重。專項轉移支付一般隻是作為轉移支付製度的輔助形式，用於轄區間外溢項目的補助，範圍不宜過寬，因為範圍過寬的規定具體用途的專項轉移支付會扭曲地方公共服務結構、削弱地方財政自主權，配套資金的要求會加重落後地區的財政負擔。我國專項轉移支付範圍過寬、規模過大，項目設置和撥款隨意性大，資金的使用效果不甚理想，因而應將專項轉移支付的範圍限定在外溢性、突發性、特殊性等特征的項目上，如義務教育、公共衛生、社會治安、基礎設施、跨地區的大江大河的治理、突發性災難的救治等。對確實要保留的專項轉移支付項目，必須通過規範的審批程序來加以核準。然後，采用公式化方法確定對各地的撥款額和資金配套率，應根據各地財力水平和地方財政承受能力的不同來合理確定資金的配套比例，使配套率的計算更加科學化，以盡量避免政府間的討價還價行為。另外，對專項轉移支付資金的使用要進行嚴格的監督檢查和績效評估，防止資金被截留挪用，確保其發揮最大效果。
四、完善省以下轉移支付製度
為緩解省內縱向財力差距和橫向財力差距不斷擴大的局麵，急需加強和完善省對下轄市縣以及市對縣鄉等級次的轉移支付製度。其中，最重要的是要完善省對縣的轉移支付製度。目前，我國有兩種省對縣的財政管理形式，一種是實行“市管縣”的體製，另一種是實行“省直接管縣”的體製。在“市管縣”體製下，由省和地市級政府對縣級政府進行轉移支付，在“省直管縣”體製下，直接由省級政府承擔對縣級政府的轉移支付責任。比較兩種不同的省以下轉移支付的模式，“省直管縣”模式更能體現公平和效率的原則。這種模式減少了市級財政的截留，使縣級財政的壓力有所緩解，有利於財政資金更有效地使用；同時，“省直管縣”模式有利於增強省域經濟社會發展的統籌安排和整體協調，有助於發揮省級政府在區域財力調節上的作用，有利於促進省內的社會公平。因此，可在有條件的地方大力推廣省直接對縣的轉移支付模式。
在省以下轉移支付製度的具體設計上，應在充分考慮本地實際情況的基礎上，盡量與中央的轉移支付製度保持銜接，以便在全國範圍內保持轉移支付整體框架的一致性，形成從上到下按因素法測算和分配的規範化的轉移支付體係。