（四）專項轉移支付比重過大，分配不規範
專項轉移支付主要用於鼓勵地方政府提供效益外溢的公共產品，或保證某些公共產品或服務的最低供應標準，因此範圍不宜過寬。然而我國目前的專項轉移支付不僅占轉移支付總額的比重大大超過一般轉移支付，而且覆蓋麵廣，幾乎涉及財政支出的方方麵麵，種類達數百個，到處“撒胡椒麵”，且有些項目之間交叉重疊，失去了其應有的功能，難以實現中央宏觀調控的政策目標。同時，專項轉移支付缺乏規範化的分配方法。專項轉移支付大多采用配套撥款的方式，配套率取決於公共服務的外溢比率，但在我國的專項撥款中，並沒有按照因素和公式來計算撥款額和配套率，而主要取決於雙方討價還價的能力，貧困地區討價還價的能力弱，再加上拿不出足額的配套資金，使得很多專項撥款反而流向了發達地區，加劇了地區公共服務和發展水平的差距。由於專項轉移支付資金規模遠超過均衡地區財力的一般轉移支付，在地方財力緊張的情況下，專項撥款被擠占和挪用的現象十分嚴重，難以做到專款專用。
（五）省以下轉移支付製度亟待完善
1994年的分稅製改革主要解決中央政府與省級政府的財政關係，對省以下各級政府間的轉移支付製度沒有做出明確規定。近年來，各地為解決省以下財政收支困難問題，在建立省以下財政轉移支付製度方麵做了大量工作，但由於缺乏明確的製度規定，各地做法不一。有些地區采用了公式化的轉移支付辦法，但是在確定因素、選取數據以及具體測算上有很多缺陷；一些地區仍然沿用過去包幹製的做法，沒有建立規範化的轉移支付製度。省以下轉移支付製度建設的滯後，導致省以下財政級次縱向財力差距和省區內橫向財力差距不斷擴大，基層財政運行困難。
三、政府投資政策的不足
20世紀90年代後期以後，政府投資政策已經向中西部地區傾斜，但是政策效果不明顯，說明了兩個問題：一是投資政策本身還存在一定的不足，二是單靠政府投資不能解決落後地區的發展問題，還需要多種手段共同應對。目前，政府投資政策在促進區域協調發展中存在的主要問題有：
（一）政府投資對社會投資的引導不夠
落後地區的開發需要巨額的資金，發達國家不僅斥巨資援助落後地區，而且很多國家都成立專門的基金用於落後地區的開發。我國作為一個發展中國家，政府財力有限，不可能像發達國家那樣投入那麼多的財政資金。但是可以向他們學習，發揮政府投資對社會投資的誘導作用，通過財政貼息、稅收優惠等措施，積極吸引民間投資、外資、甚至國際組織和外國政府的資金投向中西部地區，解決地區發展遇到的資金短缺問題。然而我們在這方麵做得還遠遠不夠，在中西部地區的投資結構中，仍然以國有單位的投資占主體，非國有單位投資的比重較低。如到1997年底，中西部地區利用外資僅占全國的10%，東部地區卻占了90%。在市場化程度日益加深的情況下，政府直接投資越來越退居次要地位，中央政府直接進行地區間資源再分配的作用也會越來越弱。東部地區就是很好的例證，雖然政府在東部地區的投資份額下降，但由於非國有單位的投資十分活躍，所以東部地區社會總投資額仍然領先於全國。因此，解決中西部地區發展資金的問題，必須加強政府投資對社會投資的引導作用。